More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0077 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0077  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 221 aa  453  1e-127  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.301453  normal  0.361737 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5727  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.25 
 
 		 212 aa  97.1  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.412106 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1103  two component transcriptional regulator, LuxR family  23.72 
 
 		 216 aa  85.5  6e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4664  two component LuxR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 219 aa  82  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0830  transcriptional regulator  26.42 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0726  response regulator  26.42 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0029  two component LuxR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 214 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.317943  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1954  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.18 
 
 		 220 aa  73.6  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.228638  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0765  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.07 
 
 		 222 aa  74.3  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1293  LuxR family DNA-binding response regulator  24.19 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4278  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.59 
 
 		 213 aa  70.9  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0894003 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38900  putative two-component response regulator  31.71 
 
 		 225 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.899747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1888  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.32 
 
 		 212 aa  71.2  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265772 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1846  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.29 
 
 		 212 aa  70.1  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.349565  normal  0.2019 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0894  two component LuxR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 217 aa  70.5  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1526  two component transcriptional regulator, LuxR family  23.08 
 
 		 215 aa  68.6  0.00000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.88337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1311  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.17 
 
 		 226 aa  68.6  0.00000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.165019  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2236  two-component LuxR family response regulator  27.54 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.520528  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2782  two component LuxR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 214 aa  68.2  0.00000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.834695  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2780  two component LuxR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 226 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4551  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.69 
 
 		 208 aa  67.4  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000124934  normal  0.0275678 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1881  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.54 
 
 		 218 aa  67  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0160211  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1966  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.54 
 
 		 218 aa  67  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3406  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.15 
 
 		 214 aa  66.6  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7761  two component LuxR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 213 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5322  two component LuxR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 220 aa  66.6  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929677 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0121621 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3729  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.15 
 
 		 214 aa  66.2  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0027  DNA-binding transcriptional activator UhpA  28.22 
 
 		 197 aa  65.5  0.0000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03553  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system wtih UhpB  27.45 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0034  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.45 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5099  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.45 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0828785 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4034  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.45 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383338 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0030  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.45 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03495  hypothetical protein  27.45 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4250  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.45 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3882  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.45 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4178  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.45 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0777  LuxR family DNA binding response regulator  22.9 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.891731  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2335  LuxR family DNA-binding response regulator  23.41 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1121  two component LuxR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.864132  normal  0.872256 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3504  DNA-binding transcriptional activator UhpA  27.36 
 
 		 196 aa  64.7  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1216  two component LuxR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1997  two component LuxR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1936  regulatory protein LuxR  24.29 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.548655  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3042  two component LuxR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.280021 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2943  two component LuxR family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3239  two component LuxR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3597  two component LuxR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3390  two component LuxR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4002  two component transcriptional regulator, LuxR family  23.79 
 
 		 222 aa  62.8  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.947887  normal  0.770727 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2071  LuxR family DNA-binding response regulator  22.93 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2237  two component LuxR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 211 aa  62.8  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1463  LuxR family DNA-binding response regulator  22.93 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.273145  hitchhiker  0.00000136124 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4121  DNA-binding transcriptional activator UhpA  26.96 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3091  two component LuxR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2926  two component LuxR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 223 aa  62.4  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.380263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1100  LuxR family DNA-binding response regulator  22.93 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1379  LuxR family DNA-binding response regulator  22.93 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2364  LuxR family DNA-binding response regulator  22.93 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3248  LuxR family DNA-binding response regulator  22.93 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.780539  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3133  LuxR family DNA-binding response regulator  22.93 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1284  two component LuxR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 209 aa  62  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479266  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4254  two component transcriptional regulator, LuxR family  21.67 
 
 		 225 aa  61.6  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.867992  normal  0.287586 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3314  putative two-component response regulator  29.76 
 
 		 225 aa  62  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 213 aa  61.6  0.000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1194  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.31 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.272513  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2177  response regulator receiver protein  27.01 
 
 		 220 aa  61.6  0.000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.430622  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4563  two component LuxR family transcriptional regulator  22 
 
 		 214 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0560765 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4179  DNA-binding transcriptional activator UhpA  26.47 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3676  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.54 
 
 		 214 aa  61.2  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0625047  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2900  transcriptional regulator NarL  28.65 
 
 		 216 aa  61.2  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4071  DNA-binding transcriptional activator UhpA  26.47 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4016  DNA-binding transcriptional activator UhpA  26.47 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5187  two component LuxR family transcriptional regulator  22 
 
 		 214 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4000  DNA-binding transcriptional activator UhpA  26.47 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.348805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5672  two component LuxR family transcriptional regulator  22 
 
 		 214 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685344 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3357  two component LuxR family transcriptional regulator  22.07 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.1255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2089  two component LuxR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 220 aa  61.6  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.954326  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1063  LuxR family DNA-binding response regulator  21.86 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.815436  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2672  LuxR family DNA-binding response regulator  25.85 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.24109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19740  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  22.83 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.682926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0242  two component LuxR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000159114 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3242  two component LuxR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000371761  hitchhiker  0.000468813 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4227  two component LuxR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.624898 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7160  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.4 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3576  two component LuxR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 228 aa  60.5  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3131  two component LuxR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33361 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01515  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  24.22 
 
 		 215 aa  60.8  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.422594  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3523  two component LuxR family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0700  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.88 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00980919  normal  0.316207 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_934  DNA-binding response regulator, LuxR family  24.44 
 
 		 232 aa  59.7  0.00000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.717523  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3419  LuxR response regulator receiver  25 
 
 		 231 aa  59.7  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393456  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6284  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.42 
 
 		 217 aa  60.1  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0132  two component LuxR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.401597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4946  two component LuxR family transcriptional regulator  22 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0203352 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>