144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0007 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_1127  phosphodiesterase  71.59 
 
 
522 aa  800    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.23482  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0828  phosphodiesterase  66.99 
 
 
517 aa  717    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.894152  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0122  phosphodiesterase  64.48 
 
 
519 aa  655    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06705  hypothetical protein  59.73 
 
 
522 aa  648    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0206529  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0007  phosphodiesterase  100 
 
 
523 aa  1058    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0813303  normal  0.187405 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0284  metal dependent phosphohydrolase  79.28 
 
 
536 aa  808    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.876396  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0788  phosphodiesterase  60.84 
 
 
522 aa  650    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7243  phosphodiesterase  61.12 
 
 
521 aa  662    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0401  phosphodiesterase  61.98 
 
 
513 aa  630  1e-179  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0615  RNA binding metal dependent phosphohydrolase  50.8 
 
 
558 aa  556  1e-157  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.22485  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2578  metal dependent phosphohydrolase  47.83 
 
 
520 aa  496  1e-139  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.102064  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0524  metal dependent phosphohydrolase  49.12 
 
 
513 aa  494  9.999999999999999e-139  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00240284  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3500  phosphodiesterase  49 
 
 
521 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000584399  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1137  phosphodiesterase  46.71 
 
 
520 aa  486  1e-136  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1180  phosphodiesterase  47.87 
 
 
520 aa  486  1e-136  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00430196  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0968  phosphodiesterase  45.81 
 
 
533 aa  485  1e-136  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00053282  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3293  phosphodiesterase  46 
 
 
533 aa  486  1e-136  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3312  phosphodiesterase  45.89 
 
 
521 aa  484  1e-135  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.924608  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2350  phosphodiesterase  46.73 
 
 
520 aa  479  1e-134  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000201473  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1919  phosphodiesterase  47.58 
 
 
512 aa  481  1e-134  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0169953  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1100  phosphodiesterase  47 
 
 
521 aa  480  1e-134  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000238727  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0988  RNA binding metal dependent phosphohydrolase  46.29 
 
 
521 aa  481  1e-134  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.549745  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1475  metal dependent phosphohydrolase  47.61 
 
 
515 aa  478  1e-133  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0039808  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3371  phosphodiesterase  44.57 
 
 
519 aa  473  1e-132  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3101  phosphodiesterase  45.75 
 
 
511 aa  474  1e-132  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0679097  normal  0.374081 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1625  phosphodiesterase  46.41 
 
 
508 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00284901  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1475  metal dependent phosphohydrolase  48.07 
 
 
487 aa  469  1.0000000000000001e-131  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000182866  normal  0.981892 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1262  RNA binding metal dependent phosphohydrolase  47.7 
 
 
509 aa  466  9.999999999999999e-131  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00130643  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0608  RNA binding metal dependent phosphohydrolase  48.36 
 
 
520 aa  466  9.999999999999999e-131  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000412066  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11870  metal dependent phosphohydrolase  48.82 
 
 
514 aa  466  9.999999999999999e-131  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000537836  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3813  phosphodiesterase  45.89 
 
 
520 aa  462  1e-129  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0688282  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1081  metal dependent phosphohydrolase  50 
 
 
504 aa  463  1e-129  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.075195  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1926  phosphodiesterase  46.61 
 
 
511 aa  464  1e-129  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1644  phosphodiesterase  48.64 
 
 
511 aa  464  1e-129  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2430  phosphodiesterase  46.27 
 
 
520 aa  462  1e-129  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3549  phosphodiesterase  46.23 
 
 
521 aa  462  1e-129  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000213332  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1422  phosphodiesterase  45.7 
 
 
521 aa  462  1e-129  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.008621  normal  0.971465 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1191  phosphodiesterase  46.6 
 
 
518 aa  464  1e-129  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000197151  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0237  hypothetical protein  47.13 
 
 
509 aa  458  9.999999999999999e-129  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3627  phosphodiesterase  45.89 
 
 
520 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3519  phosphodiesterase  45.89 
 
 
520 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3537  phosphodiesterase  45.89 
 
 
520 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.311927  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3914  phosphodiesterase  45.89 
 
 
520 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00777631  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0585  phosphodiesterase  42.37 
 
 
519 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1091  metal dependent phosphohydrolase  47.27 
 
 
524 aa  461  9.999999999999999e-129  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000612767  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2598  RNA binding metal dependent phosphohydrolase  45.98 
 
 
516 aa  461  9.999999999999999e-129  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000056493  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1617  RNA binding metal dependent phosphohydrolase  42.66 
 
 
510 aa  459  9.999999999999999e-129  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000205751  hitchhiker  0.00000000000531756 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3825  phosphodiesterase  45.7 
 
 
521 aa  461  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00141281  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3877  phosphodiesterase  45.7 
 
 
520 aa  459  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0179865  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3790  phosphodiesterase  45.89 
 
 
520 aa  461  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000195923 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0605  RNA binding metal dependent phosphohydrolase  44.87 
 
 
522 aa  460  9.999999999999999e-129  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10740  metal dependent phosphohydrolase  41.7 
 
 
513 aa  457  1e-127  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.462426  unclonable  0.00000000186001 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1061  phosphodiesterase  45.8 
 
 
513 aa  456  1e-127  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000000060823  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2207  phosphodiesterase  43.92 
 
 
518 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1693  phosphodiesterase  43.87 
 
 
519 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00893236  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2086  phosphodiesterase  46.41 
 
 
518 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0978  phosphodiesterase  41.68 
 
 
527 aa  450  1e-125  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0108049  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1184  phosphodiesterase  42.75 
 
 
519 aa  450  1e-125  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.105071 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0777  RNA binding metal dependent phosphohydrolase  44.73 
 
 
517 aa  447  1.0000000000000001e-124  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.0000000796077  normal  0.068248 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0798  RNA binding metal dependent phosphohydrolase  49.5 
 
 
487 aa  448  1.0000000000000001e-124  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.164487  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3104  phosphodiesterase  44.75 
 
 
516 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000128005  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0715  metal dependent phosphohydrolase  46.84 
 
 
516 aa  442  1e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.352371  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1254  HDIG/KH domain-containing protein  45.56 
 
 
515 aa  439  9.999999999999999e-123  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0168178  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2159  phosphodiesterase  44.53 
 
 
531 aa  433  1e-120  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1337  phosphodiesterase  41.59 
 
 
540 aa  433  1e-120  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000127735  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0953  RNA binding metal dependent phosphohydrolase  43.43 
 
 
518 aa  435  1e-120  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0114  metal dependent phosphohydrolase  46.92 
 
 
520 aa  431  1e-119  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0714  phosphodiesterase  42.97 
 
 
524 aa  428  1e-119  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000321405  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1475  metal dependent phosphohydrolase  46.37 
 
 
512 aa  430  1e-119  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.331031  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0818  phosphodiesterase  43.68 
 
 
524 aa  429  1e-119  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000112638  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0928  phosphodiesterase  43.57 
 
 
525 aa  426  1e-118  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.111648  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1372  phosphodiesterase  45.29 
 
 
519 aa  428  1e-118  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.800868  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1541  phosphodiesterase  44.75 
 
 
524 aa  422  1e-117  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00592062  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1425  metal dependent phosphohydrolase  46.02 
 
 
514 aa  422  1e-117  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.340697  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1724  phosphodiesterase  44.02 
 
 
518 aa  422  1e-117  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1346  phosphodiesterase  45.09 
 
 
519 aa  424  1e-117  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.66517  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0330  phosphodiesterase  44.4 
 
 
535 aa  425  1e-117  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000340911  decreased coverage  0.00581399 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2088  phosphodiesterase  43.35 
 
 
524 aa  424  1e-117  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000367312  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0853  phosphodiesterase  45.29 
 
 
519 aa  419  1e-116  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.726014  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1630  phosphodiesterase  41.62 
 
 
524 aa  419  1e-116  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00282322  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07460  metal dependent phosphohydrolase  42.21 
 
 
525 aa  418  9.999999999999999e-116  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00487641  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0856  phosphodiesterase  43.81 
 
 
535 aa  418  9.999999999999999e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.0000301712  normal  0.0173757 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0442  hypothetical protein  44.42 
 
 
532 aa  415  1e-114  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0567  metal dependent phosphohydrolase  45.19 
 
 
509 aa  414  1e-114  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1632  phosphodiesterase  43.1 
 
 
524 aa  412  1e-114  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000458404  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1558  RNA binding metal dependent phosphohydrolase  44.38 
 
 
509 aa  410  1e-113  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1120  RNA binding metal dependent phosphohydrolase  44.7 
 
 
537 aa  409  1e-113  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.520277  normal  0.168608 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0083  phosphodiesterase  45.06 
 
 
517 aa  409  1e-113  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.479038  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3711  phosphodiesterase  44.89 
 
 
510 aa  409  1e-113  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.00000469244  unclonable  0.0000000332559 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0306  hypothetical protein  41.15 
 
 
535 aa  407  1.0000000000000001e-112  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.72936  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3248  metal dependent phosphohydrolase  45.22 
 
 
480 aa  405  1.0000000000000001e-112  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.350775 
 
 
-
 
NC_002936  DET1608  phosphodiesterase  40.69 
 
 
527 aa  404  1e-111  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.92092  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1354  phosphodiesterase  40.12 
 
 
527 aa  404  1e-111  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2017  YmdA/YtgF protein  43.33 
 
 
546 aa  403  1e-111  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.855551  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1490  metal dependent phophohydrolase  40.31 
 
 
527 aa  405  1e-111  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2218  2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase  43.51 
 
 
502 aa  403  1e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.173507 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0515  phosphodiesterase  45.21 
 
 
510 aa  397  1e-109  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1490  metal dependent phosphohydrolase  47.26 
 
 
491 aa  394  1e-108  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.355219  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3291  RNA binding metal dependent phosphohydrolase  43.97 
 
 
523 aa  393  1e-108  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0260994  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4793  phosphodiesterase  46.34 
 
 
509 aa  393  1e-108  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0108516  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>