117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_R0003 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_R0003  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0047  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0065  tRNA-Val  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0035  tRNA-Val  93.42 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.81932  normal  0.306729 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0073  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.222054  normal  0.378802 
 
 
-
 
NC_003295  RS03462  tRNA-Val  88.73 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000504437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  88.73 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0035  tRNA-Val  88.73 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000268717  normal  0.222107 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0032  tRNA-Val  88.73 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  88.73 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0061  tRNA-Val  94.12 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.272807 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0022  tRNA-Val  93.48 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0121384  normal  0.0431401 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0024  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.508678  normal  0.235406 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1555  tRNA-Val  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0053  tRNA-Val  92.16 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.694322  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2783  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0812706  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0033  tRNA-Val  90.38 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000112986  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0069  tRNA-Val  89.29 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00232154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1831  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0059  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0054  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.452754 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1539  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.051003  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0025  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.149964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0061  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.700263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0018  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0061  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna47  tRNA-Val  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.625367  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0033  tRNA-Val  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.675019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0038  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.827791  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  90.2 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0054  tRNA-Val  90.2 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0038  tRNA-Val  90.2 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.405817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0036  tRNA-Val  90.2 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.012717  normal  0.28653 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0017  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.476615  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0039  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.867547  hitchhiker  0.000112761 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0033  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.417865  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0077  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.035914  normal  0.156814 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0078  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0323517  normal  0.156199 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0079  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.101536  normal  0.15355 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0080  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273364  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0081  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.277615  normal  0.0524601 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0082  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.278662  normal  0.0519347 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0083  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.380534  normal  0.052943 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0031  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.453935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0032  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.44499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0026  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00797883 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0027  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00767943 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0030  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0017  tRNA-Val  90 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.598097  normal  0.464383 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0052  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.222044  normal  0.0244207 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0053  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165796  normal  0.0236662 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0054  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.163017  normal  0.0248084 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0055  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0679296  normal  0.0243248 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0032  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.297766  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0021  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3218  tRNA-Val  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.229381  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3219  tRNA-Val  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.232653  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3220  tRNA-Val  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0584974  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3221  tRNA-Val  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0555277  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3222  tRNA-Val  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.055188  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3223  tRNA-Val  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0588431  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0043  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.125725  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0002  tRNA-Val  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0444692 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0089  tRNA-Val  93.94 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.946417 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  88.46 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  88.46 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  88.46 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0011  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0029  tRNA-Val  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000771916  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  88.46 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0011  tRNA-Thr  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0046  tRNA-Val  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0047  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.530406  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0022  tRNA-Val  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.520763  normal  0.905572 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0026  tRNA-Val  89.74 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.289153  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0012  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.207104  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0007  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0174963 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08830  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0406412  normal  0.0611739 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0024  tRNA-Val  89.74 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0024  tRNA-Val  89.74 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Val-2  tRNA-Val  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0021  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.203803 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0001  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0002  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000194526  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00600624  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>