169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0614 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0614  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  100 
 
 
190 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000167911  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2384  NapC/NirT cytochrome c domain protein  28.75 
 
 
185 aa  77  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0807  cytochrome c-type protein  29.94 
 
 
378 aa  74.7  0.0000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0802  NapC/NirT cytochrome c-like  29.69 
 
 
200 aa  72  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1085  NapC/NirT cytochrome c-like  29.69 
 
 
200 aa  72  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2659  NapC/NirT cytochrome c-like  29.69 
 
 
200 aa  72  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2609  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  31.43 
 
 
366 aa  71.2  0.000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.637408  hitchhiker  0.00703853 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0299  trimethylamine N-oxide reductase, cytochrome c-type subunit  28.57 
 
 
188 aa  70.5  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.649247  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1313  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  32.21 
 
 
366 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.563249 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0895  NapC/NirT cytochrome c-like  31.18 
 
 
219 aa  68.6  0.00000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.356443  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0195  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  30.41 
 
 
187 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.14908 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2086  NapC/NirT cytochrome c domain protein  26.74 
 
 
210 aa  68.2  0.00000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3983  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  29.73 
 
 
187 aa  67  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3540  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  29.05 
 
 
187 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0286  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  29.93 
 
 
187 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.911507  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1539  cytochrome c-type protein YecK  29.76 
 
 
368 aa  66.6  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1767  NapC/NirT cytochrome c domain protein  30.87 
 
 
366 aa  66.2  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.936098  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01844  TMAO reductase III (TorYZ), cytochrome c-type subunit  31.54 
 
 
366 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1759  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  31.54 
 
 
366 aa  65.9  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2166  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  31.54 
 
 
366 aa  65.5  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01833  hypothetical protein  31.54 
 
 
366 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1968  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  31.54 
 
 
366 aa  65.9  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2105  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  31.54 
 
 
366 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000872  cytochrome c-type protein TorY  31.14 
 
 
364 aa  65.1  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3977  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  29.93 
 
 
187 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4155  cytochrome c-type protein torC  28.82 
 
 
394 aa  64.7  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4213  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  28.82 
 
 
394 aa  64.7  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4051  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  30 
 
 
394 aa  64.7  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4106  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  28.82 
 
 
394 aa  64.7  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4034  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  28.82 
 
 
394 aa  64.7  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3777  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  29.93 
 
 
187 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.9098  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3850  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  29.93 
 
 
187 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1875  NapC/NirT cytochrome c-like  27.98 
 
 
391 aa  63.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3471  tetraheme cytochrome c  26.21 
 
 
187 aa  63.5  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.565748  normal  0.974943 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2334  NapC/NirT cytochrome c family protein  28.66 
 
 
159 aa  63.2  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000913356 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4367  putative cytochrome c-type protein  29.68 
 
 
160 aa  63.5  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4591  tetraheme cytochrome c  29.25 
 
 
187 aa  62.4  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4298  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  26.9 
 
 
187 aa  62.4  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.497622  normal  0.0254586 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0168  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  26.9 
 
 
187 aa  62.4  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4167  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  26.9 
 
 
187 aa  62.4  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4097  NapC/NirT cytochrome c domain protein  26.9 
 
 
187 aa  62.4  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05451  cytochrome c protein, subunit of nitrate reductase  26.59 
 
 
361 aa  62.4  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1113  cytochrome c-type protein torC  30.18 
 
 
390 aa  62.4  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.444567  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2646  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  30.18 
 
 
390 aa  62  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1232  cytochrome c-type protein torC  30.18 
 
 
390 aa  62  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4756  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  27.81 
 
 
188 aa  62  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.540179  unclonable  0.0000000129737 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2599  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  30.18 
 
 
390 aa  62  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.426905 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1107  cytochrome c-type protein torC  30.18 
 
 
390 aa  62  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2128  cytochrome c-type protein torC  30.18 
 
 
390 aa  62  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06847  cytochrome c protein, subunit of nitrate reductase  31.11 
 
 
364 aa  61.6  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0272  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  26.9 
 
 
187 aa  60.8  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0799  putative tetraheme cytochrome c  27.27 
 
 
183 aa  60.8  0.00000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000122582  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1672  cytochrome c-type protein  24.61 
 
 
389 aa  59.3  0.00000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00999  trimethylamine N-oxide (TMAO) reductase I, cytochrome c-type subunit  29.59 
 
 
390 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01006  hypothetical protein  29.59 
 
 
390 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0216  tetraheme cytochrome c  24.14 
 
 
187 aa  58.9  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1831  NapC/NirT cytochrome c family, N- region  23.67 
 
 
234 aa  58.2  0.00000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3630  cytochrome c nitrite reductase, small subunit NrfH  28.09 
 
 
166 aa  58.2  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000885954  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1635  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  25.95 
 
 
180 aa  57.8  0.00000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000671983  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1491  cytochrome c nitrite reductase small subunit  26.54 
 
 
159 aa  57.4  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4219  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  31.17 
 
 
359 aa  56.6  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0284374  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4219  denitrification system component NirT/cytochrome c552  29.53 
 
 
603 aa  55.1  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.50309  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3046  DMSO/TMAO pentaheme cytochrome c subunit  28.65 
 
 
392 aa  55.1  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3773  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  28.65 
 
 
392 aa  55.1  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1678  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  30.99 
 
 
196 aa  55.1  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.184526  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1448  cytochrome c-type protein NapC  32.3 
 
 
200 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2719  cytochrome c-type protein NapC  31.18 
 
 
200 aa  54.3  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2415  cytochrome c-type protein NapC  31.18 
 
 
200 aa  53.5  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5182  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  27.59 
 
 
233 aa  53.1  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.477551 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02129  nitrate reductase, cytochrome c-type, periplasmic  32.3 
 
 
200 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.268616  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1457  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  32.3 
 
 
200 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3339  cytochrome c-type protein NapC  32.3 
 
 
200 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2350  cytochrome c-type protein NapC  32.3 
 
 
200 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1893  cytochrome c nitrate reductase, small subunit  32.8 
 
 
174 aa  52.8  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0693886  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0739  cytochrome c-type protein NapC  32.3 
 
 
200 aa  53.1  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02088  hypothetical protein  32.3 
 
 
200 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.254061  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2340  cytochrome c-type protein NapC  32.3 
 
 
200 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2501  cytochrome c-type protein NapC  32.3 
 
 
200 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1582  NapC/NirT cytochrome c, N-terminal  25.14 
 
 
195 aa  52.4  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.220778  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1446  NapC/NirT cytochrome c domain protein  25.83 
 
 
206 aa  52.4  0.000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.148629  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3992  hypothetical protein  25.71 
 
 
222 aa  52  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0212723  normal  0.240868 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1947  nitrate/TMAO reductase  28.82 
 
 
192 aa  52  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.674395  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0138  putative tetraheme cytochrome c  22.38 
 
 
190 aa  51.6  0.000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0617458  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3232  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  29.93 
 
 
386 aa  51.6  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000448194 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4765  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  27.85 
 
 
195 aa  51.2  0.000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.719721  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0435  putative tetraheme cytochrome c  24 
 
 
190 aa  51.2  0.000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0127552  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2481  cytochrome c-type protein NapC  29.41 
 
 
200 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4076  NapC/NirT cytochrome c-like  25.42 
 
 
206 aa  50.4  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0547067  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0369  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  26.32 
 
 
204 aa  50.8  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000187536 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2495  cytochrome c-type protein NapC  29.41 
 
 
200 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00306548 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2598  cytochrome c-type protein NapC  29.41 
 
 
200 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.374466 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2439  cytochrome c-type protein NapC  29.41 
 
 
200 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119993  normal  0.568439 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4723  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  29.22 
 
 
237 aa  51.2  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0585086  normal  0.100383 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1551  acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha  22.86 
 
 
190 aa  50.8  0.00001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2390  cytochrome c-type protein NapC  29.41 
 
 
200 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0082  NapC/NirT cytochrome c family protein  28.92 
 
 
155 aa  50.1  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.2818  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4061  periplasmic nitrate reductase c-type cytochrome NapC/NirT  26.9 
 
 
195 aa  50.4  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418249  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4235  cytochrome c nitrate reductase, small subunit  34.85 
 
 
161 aa  50.1  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1587  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  26.92 
 
 
196 aa  50.1  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1017  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  29.49 
 
 
204 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>