More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1088 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_1088  SsrA-binding protein  100 
 
 
155 aa  318  9.999999999999999e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.469803  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2876  SsrA-binding protein  69.48 
 
 
153 aa  220  4.9999999999999996e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2153  SsrA-binding protein  66.89 
 
 
154 aa  211  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3316  SsrA-binding protein  58 
 
 
154 aa  193  8.000000000000001e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.959276  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1797  SsrA-binding protein  60.53 
 
 
151 aa  187  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2014  SsrA-binding protein  57.43 
 
 
151 aa  187  4e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.960885 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2045  SsrA-binding protein  55.86 
 
 
155 aa  172  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.524843 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2689  SsrA-binding protein  54.23 
 
 
151 aa  167  7e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.322401  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2231  SsrA-binding protein  54.79 
 
 
155 aa  166  9e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.589723  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0820  SsrA-binding protein  52.35 
 
 
155 aa  166  9e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2169  SsrA-binding protein  54.79 
 
 
155 aa  166  9e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2342  SsrA-binding protein  50 
 
 
156 aa  165  2.9999999999999998e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0903697 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2748  SsrA-binding protein  53.52 
 
 
154 aa  164  2.9999999999999998e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000119247  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3451  SsrA-binding protein  52 
 
 
157 aa  164  4e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13117  SsrA-binding protein  48.7 
 
 
160 aa  164  4e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3020  SsrA-binding protein  50 
 
 
159 aa  162  1.0000000000000001e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.631512  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2325  SsrA-binding protein  51.68 
 
 
155 aa  162  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.595693  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1916  SsrA-binding protein  49.33 
 
 
165 aa  162  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0329726  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1493  SsrA-binding protein  50 
 
 
150 aa  160  5.0000000000000005e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0661081  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4446  SsrA-binding protein  48 
 
 
165 aa  160  6e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1584  SsrA-binding protein  49.33 
 
 
168 aa  160  6e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.687182  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1613  SsrA-binding protein  49.33 
 
 
168 aa  160  6e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1638  SsrA-binding protein  49.33 
 
 
168 aa  160  6e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.223466  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0771  SsrA-binding protein  50.98 
 
 
161 aa  160  7e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0749395  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3101  SsrA-binding protein  55.13 
 
 
157 aa  158  3e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09100  SsrA-binding protein  52.11 
 
 
155 aa  157  3e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.971292  normal  0.0787138 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2620  SsrA-binding protein  52.6 
 
 
157 aa  157  4e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1679  SsrA-binding protein  48.32 
 
 
167 aa  157  4e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00257797  normal  0.468754 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05540  SsrA-binding protein  50.35 
 
 
155 aa  156  9e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.6408  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1869  SsrA-binding protein  51.33 
 
 
159 aa  156  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0315571  normal  0.12343 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0670  SsrA-binding protein  51.37 
 
 
150 aa  155  1e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000585556  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0694  SsrA-binding protein  51.37 
 
 
150 aa  155  1e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000543524  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4003  SsrA-binding protein  51.05 
 
 
162 aa  155  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0256  SsrA-binding protein  49.64 
 
 
153 aa  155  2e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00851918  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4865  SsrA-binding protein  50 
 
 
157 aa  154  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1272  SsrA-binding protein  51.68 
 
 
161 aa  155  3e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25160  SsrA-binding protein  51.75 
 
 
176 aa  154  3e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1409  SsrA-binding protein  52.17 
 
 
161 aa  154  4e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000709702  normal  0.191273 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07720  SsrA-binding protein  46 
 
 
160 aa  154  4e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4350  SsrA-binding protein  51.05 
 
 
158 aa  154  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.08512  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1725  SsrA-binding protein  49.33 
 
 
154 aa  154  5.0000000000000005e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1280  ssrA binding protein (smpB)  51.77 
 
 
154 aa  154  6e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000661775  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1092  SsrA-binding protein  50 
 
 
152 aa  153  9e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1506  SsrA-binding protein  50.35 
 
 
172 aa  152  1e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000124278  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0065  SsrA-binding protein  51.08 
 
 
141 aa  152  1e-36  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.986546  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0655  SsrA-binding protein  48.34 
 
 
158 aa  152  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00271498 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0189  SsrA-binding protein  51.05 
 
 
158 aa  152  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000399646  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0962  SsrA-binding protein  51.95 
 
 
157 aa  152  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1795  SsrA-binding protein  49.33 
 
 
154 aa  152  2e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.398108  decreased coverage  0.00283091 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1965  SsrA-binding protein  52.82 
 
 
155 aa  152  2e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1296  SsrA-binding protein  49.65 
 
 
182 aa  151  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000870079  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1236  SsrA-binding protein  47.02 
 
 
158 aa  151  2.9999999999999998e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114649  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1728  SsrA-binding protein  48 
 
 
159 aa  150  7e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0819  SsrA-binding protein  52.11 
 
 
154 aa  150  8e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.796399  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1409  SsrA-binding protein  51.95 
 
 
158 aa  150  8.999999999999999e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1354  SsrA-binding protein  53.28 
 
 
156 aa  150  8.999999999999999e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000258997  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1272  SsrA-binding protein  50.67 
 
 
159 aa  150  8.999999999999999e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.352347  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2903  SsrA-binding protein  50.63 
 
 
160 aa  149  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.70343 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2883  SsrA-binding protein  50.63 
 
 
160 aa  149  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.195745 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2954  SsrA-binding protein  50.7 
 
 
155 aa  149  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000670079  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2901  SsrA-binding protein  50.63 
 
 
160 aa  149  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2476  SsrA-binding protein  48 
 
 
160 aa  149  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0795  SsrA-binding protein  46.62 
 
 
160 aa  149  1e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.387755  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0748  SsrA-binding protein  48.65 
 
 
157 aa  149  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.107528  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2833  SsrA-binding protein  50.63 
 
 
160 aa  149  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0494582  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3015  SsrA-binding protein  50.63 
 
 
175 aa  149  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02508  SsrA-binding protein  51.9 
 
 
160 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0844393  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1055  SsrA-binding protein  51.9 
 
 
160 aa  149  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1709  SsrA-binding protein  50 
 
 
153 aa  148  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0149731  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3009  SsrA-binding protein  51.9 
 
 
160 aa  149  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0117126  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3860  SsrA-binding protein  51.9 
 
 
160 aa  149  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0583942  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02472  hypothetical protein  51.9 
 
 
160 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110756  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1064  SsrA-binding protein  51.9 
 
 
160 aa  149  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.356681  normal  0.744572 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4582  SsrA-binding protein  50.36 
 
 
160 aa  148  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.307442 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3370  SsrA-binding protein  50.96 
 
 
160 aa  148  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0666937  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2778  SsrA-binding protein  51.9 
 
 
160 aa  149  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000718154  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2904  SsrA-binding protein  51.9 
 
 
160 aa  149  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.386686  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18051  SsrA-binding protein  47.92 
 
 
165 aa  148  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0878615  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2772  SsrA-binding protein  51.9 
 
 
160 aa  149  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.114696  normal  0.13195 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2865  SsrA-binding protein  48.97 
 
 
154 aa  148  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000473081  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2083  SsrA-binding protein  50 
 
 
151 aa  148  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1592  SsrA-binding protein  49.66 
 
 
159 aa  148  3e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1033  SsrA-binding protein  52.31 
 
 
154 aa  147  5e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0801  SsrA-binding protein  46.67 
 
 
159 aa  147  5e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0724  SsrA-binding protein  51.9 
 
 
160 aa  147  5e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0920  SsrA-binding protein  46.67 
 
 
159 aa  147  6e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624021  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0959  SsrA-binding protein  51.9 
 
 
160 aa  147  6e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1464  SsrA-binding protein  49.3 
 
 
154 aa  147  7e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3672  SsrA-binding protein  47.18 
 
 
155 aa  146  9e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.35402  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0463  SsrA-binding protein  48 
 
 
158 aa  146  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000143287  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3690  SsrA-binding protein  50.63 
 
 
160 aa  146  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0581968  normal  0.17427 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0984  SsrA-binding protein  46.67 
 
 
159 aa  146  1.0000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.458725  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0691  SsrA-binding protein  46.54 
 
 
161 aa  146  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1393  SsrA-binding protein  51.72 
 
 
159 aa  146  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00517715  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18261  SsrA-binding protein  45.7 
 
 
164 aa  146  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.301941  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1314  SsrA-binding protein  47.86 
 
 
152 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00672101  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4733  SsrA-binding protein  49.67 
 
 
160 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  hitchhiker  0.00889462 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0281  SsrA-binding protein  46.31 
 
 
157 aa  145  2.0000000000000003e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000135529  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63060  SsrA-binding protein  51.28 
 
 
159 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.976463  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4712  SsrA-binding protein  48.97 
 
 
156 aa  145  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000106723  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>