149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0723 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_0723  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 
173 aa  348  2e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  38.93 
 
 
171 aa  114  8.999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4030  cyclic nucleotide-binding protein  36.65 
 
 
173 aa  110  7.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.900362 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0350  cyclic nucleotide-binding protein  34.55 
 
 
164 aa  85.5  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  30.71 
 
 
154 aa  72  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  26.95 
 
 
563 aa  67  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  26.77 
 
 
155 aa  65.5  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  30.94 
 
 
224 aa  65.5  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.77 
 
 
155 aa  64.7  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  31.15 
 
 
153 aa  62.4  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  31.15 
 
 
153 aa  62.4  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  31.15 
 
 
152 aa  62  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  28.12 
 
 
154 aa  59.7  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  28.03 
 
 
151 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4099  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.06 
 
 
237 aa  58.5  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000655046 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  25.37 
 
 
141 aa  58.2  0.00000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.09 
 
 
228 aa  57  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  27.27 
 
 
148 aa  57  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1132  transcriptional regulator  27.03 
 
 
355 aa  55.8  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.99008 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.34 
 
 
225 aa  55.5  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 
570 aa  54.7  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  24.82 
 
 
147 aa  54.3  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  26.77 
 
 
154 aa  52.8  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3626  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  28.89 
 
 
489 aa  53.1  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  24.59 
 
 
322 aa  52.8  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  26.62 
 
 
226 aa  52.4  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1854  cyclic nucleotide-binding protein  31.69 
 
 
155 aa  52.4  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1575  cyclic nucleotide-binding  31.69 
 
 
155 aa  52.4  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.6817  normal  0.0500798 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.14 
 
 
230 aa  52.4  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.01 
 
 
242 aa  52  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  24.06 
 
 
146 aa  52  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
239 aa  50.8  0.000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.43 
 
 
225 aa  50.8  0.000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.9 
 
 
226 aa  50.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  30.19 
 
 
151 aa  50.4  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5556  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.45 
 
 
352 aa  49.3  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487576  normal  0.0420739 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.71 
 
 
225 aa  49.7  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10105  hypothetical protein  35.71 
 
 
504 aa  49.7  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  26.43 
 
 
243 aa  48.9  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.33 
 
 
246 aa  49.3  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1513  cyclic nucleotide-binding protein  24.5 
 
 
308 aa  48.9  0.00004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00604424  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3728  cyclic nucleotide-binding protein  27.94 
 
 
326 aa  48.5  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.8248  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2726  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  25.96 
 
 
322 aa  48.1  0.00005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.241979  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3707  hypothetical protein  28.46 
 
 
563 aa  48.5  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.78076  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.33 
 
 
263 aa  48.5  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  21.83 
 
 
419 aa  48.5  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3442  cyclic nucleotide-regulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  28.46 
 
 
563 aa  48.5  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.352677  normal  0.0673657 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
228 aa  48.1  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.25 
 
 
151 aa  48.1  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  23.81 
 
 
157 aa  48.1  0.00007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6433  cyclic nucleotide-regulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  28.7 
 
 
561 aa  47.8  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.751963 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.41 
 
 
224 aa  47.8  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  25.19 
 
 
149 aa  47  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2699  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
232 aa  47  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.276502  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.96 
 
 
232 aa  47.4  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.6 
 
 
219 aa  47.4  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  29.1 
 
 
147 aa  47.4  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
228 aa  47.4  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2063  hypothetical protein  34.21 
 
 
153 aa  46.6  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  27.14 
 
 
160 aa  46.2  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0452  cAMP-binding protein  31.62 
 
 
160 aa  46.6  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000045265  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1499  cyclic nucleotide-binding protein  26.5 
 
 
165 aa  46.2  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.191417  normal  0.714483 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2778  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.07 
 
 
238 aa  46.6  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0529131  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  27.34 
 
 
161 aa  46.2  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
218 aa  46.6  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26 
 
 
228 aa  46.6  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  23.97 
 
 
194 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1664  cyclic nucleotide-binding protein  29.25 
 
 
159 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.617914 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  29.55 
 
 
228 aa  45.8  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.92 
 
 
227 aa  45.4  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0426  Na+/H+ antiporter  29.36 
 
 
832 aa  45.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.61 
 
 
220 aa  45.8  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.55 
 
 
149 aa  45.8  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62260  hypothetical protein  23.47 
 
 
265 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000560596  normal  0.205453 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
229 aa  45.8  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2082  cyclic nucleotide-binding protein  29.36 
 
 
832 aa  45.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.584605  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.22 
 
 
231 aa  45.4  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5420  hypothetical protein  23 
 
 
265 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00117771  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1271  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.45 
 
 
350 aa  45.4  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  24.64 
 
 
230 aa  45.4  0.0004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.43 
 
 
226 aa  45.4  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  23.26 
 
 
149 aa  45.4  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  25.58 
 
 
160 aa  45.4  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2053  hypothetical protein  27.17 
 
 
153 aa  45.1  0.0005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5204  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.68 
 
 
261 aa  45.1  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.26828 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.71 
 
 
225 aa  45.1  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0866  cyclic nucleotide-regulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  24.77 
 
 
546 aa  44.7  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.100369 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.52 
 
 
348 aa  44.7  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0998  cyclic nucleotide-binding protein  23.47 
 
 
265 aa  44.7  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000000222196  unclonable  1.0277600000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11017  hypothetical protein  29.6 
 
 
333 aa  44.7  0.0006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.210732  normal  0.341372 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.74 
 
 
223 aa  44.7  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4356  cyclic nucleotide-regulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  25 
 
 
568 aa  44.7  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2472  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.1 
 
 
238 aa  44.3  0.0008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.3707  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1461  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.53 
 
 
159 aa  44.3  0.0008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.52 
 
 
226 aa  44.3  0.0008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  30.19 
 
 
150 aa  44.3  0.0009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2387  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  25.49 
 
 
490 aa  43.9  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178532  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2624  cyclic nucleotide-binding protein  26.72 
 
 
1177 aa  43.9  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  26.92 
 
 
275 aa  43.9  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0491  cyclic nucleotide-binding protein  30.61 
 
 
410 aa  43.9  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0215963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>