50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd1591_1030 on replicon NC_012912
Organism: Dickeya zeae Ech1591



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_1030    100 
 
 		 1419 bp  2813    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000250875  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2821  poly(A) polymerase I  81.85 
 
 		 1350 bp  682    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00527466  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3116  poly(A) polymerase I  79.56 
 
 		 1449 bp  440  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1162  poly(A) polymerase I  78.79 
 
 		 1449 bp  359  1e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000172758  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3987  poly(A) polymerase I  83.46 
 
 		 1518 bp  174  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000599452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0212  poly(A) polymerase I  82.55 
 
 		 1314 bp  127  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00291988  normal  0.692878 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0218  poly(A) polymerase I  82.55 
 
 		 1365 bp  127  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000474344  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0201  poly(A) polymerase I  82.08 
 
 		 1314 bp  119  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000171206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0216  poly(A) polymerase I  82.08 
 
 		 1314 bp  119  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000405641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3470  poly(A) polymerase I  80.99 
 
 		 1476 bp  115  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268944  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1008  poly(A) polymerase I  83.53 
 
 		 1323 bp  115  4.0000000000000004e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000170509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3340  poly(A) polymerase I  80.58 
 
 		 1476 bp  107  9e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.71757e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0200  poly(A) polymerase I  81.13 
 
 		 1314 bp  103  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000820079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3516  poly(A) polymerase I  78.49 
 
 		 1398 bp  103  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000476175  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3459  poly(A) polymerase  78.49 
 
 		 1365 bp  103  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000537308  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00142  poly(A) polymerase I  78.49 
 
 		 1365 bp  103  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00002208  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00141  hypothetical protein  78.49 
 
 		 1398 bp  103  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0154  poly(A) polymerase I  83.23 
 
 		 1365 bp  101  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000110744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0134  poly(A) polymerase I  82.61 
 
 		 1365 bp  97.6  8e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000109672  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0152  poly(A) polymerase I  78.23 
 
 		 1365 bp  95.6  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000005693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0146  poly(A) polymerase I  78.23 
 
 		 1365 bp  95.6  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.2681200000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0147  poly(A) polymerase I  78.23 
 
 		 1365 bp  95.6  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000759631  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0683  poly(A) polymerase I  84.78 
 
 		 1314 bp  71.9  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.000000190798  normal  0.448758 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3294  poly(A) polymerase  83.5 
 
 		 1308 bp  69.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000608896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03448  nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  88.71 
 
 		 1389 bp  67.9  0.000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0728  poly(A) polymerase  92 
 
 		 1308 bp  67.9  0.000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3590  poly(A) polymerase  85.71 
 
 		 1392 bp  65.9  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.787264 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0562  poly(A) polymerase  85.71 
 
 		 1440 bp  65.9  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.057959  hitchhiker  0.000000459725 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62560  poly(A) polymerase  83.91 
 
 		 1404 bp  61.9  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.804873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0870  poly(A) polymerase  92.86 
 
 		 1542 bp  60  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000796933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0778  tRNA nucleotidyltransferase (CCA-adding enzyme)  92.68 
 
 		 1275 bp  58  0.000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000683144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0736  poly(A) polymerase  89.8 
 
 		 1389 bp  58  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305046 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4696  poly(A) polymerase  86.44 
 
 		 1389 bp  54  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03548  poly(A) polymerase I  90.48 
 
 		 1320 bp  52  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.339485  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002563  poly(A) polymerase  85.48 
 
 		 1362 bp  52  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000329901  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0882  poly(A) polymerase  90.48 
 
 		 1542 bp  52  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000307041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0847  poly(A) polymerase  90.48 
 
 		 1542 bp  52  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000196187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3492  poly(A) polymerase  90.48 
 
 		 1353 bp  52  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000092007  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3406  poly(A) polymerase  88 
 
 		 1308 bp  52  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000031653  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0872  polyA polymerase  88 
 
 		 1317 bp  52  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4310  polyA polymerase  86.21 
 
 		 1425 bp  52  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2862  poly(A) polymerase  83.56 
 
 		 1566 bp  50.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.658276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5444  poly(A) polymerase  87.76 
 
 		 1404 bp  50.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2418  poly(A) polymerase  84.62 
 
 		 1596 bp  50.1  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2456  poly(A) polymerase  83.56 
 
 		 1563 bp  50.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2991  poly(A) polymerase  84.62 
 
 		 1596 bp  50.1  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.444638  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1973  poly(A) polymerase  84.62 
 
 		 1596 bp  50.1  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0262405 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3901  polynucleotide adenylyltransferase  93.75 
 
 		 1491 bp  48.1  0.007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000197413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4562  poly(A) polymerase  88.64 
 
 		 1383 bp  48.1  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263697 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4697  poly(A) polymerase  88.64 
 
 		 1383 bp  48.1  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.233553  hitchhiker  0.0000455164 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>