167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3080 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_3080  Radical SAM domain protein  100 
 
 
351 aa  719    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2056  Radical SAM domain protein  31.17 
 
 
340 aa  180  4e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1217  Radical SAM domain protein  31.91 
 
 
343 aa  177  2e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0163769  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2991  Radical SAM domain protein  38 
 
 
397 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0905  radical SAM domain-containing protein  32.22 
 
 
331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.54943  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0853  radical SAM domain-containing protein  29.62 
 
 
332 aa  125  9e-28  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.796243 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1794  cofactor modifying protein (cmo)  29.49 
 
 
311 aa  120  3e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.420776 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0342  radical SAM domain-containing protein  30.42 
 
 
335 aa  119  7e-26  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0151075 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0438  radical SAM domain-containing protein  27.16 
 
 
390 aa  110  5e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.777378  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0173  cofactor modifying protein (cmo)  29.52 
 
 
301 aa  100  3e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0967  radical SAM domain-containing protein  26.46 
 
 
355 aa  80.1  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.182528  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1394  radical SAM domain-containing protein  27.92 
 
 
451 aa  75.9  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4182  Radical SAM domain protein  22.26 
 
 
367 aa  75.9  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0205  Radical SAM domain protein  24.73 
 
 
340 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0667932  normal  0.157312 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0240  Radical SAM domain protein  26.87 
 
 
340 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.548206  normal  0.016979 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0825  Radical SAM domain protein  22.15 
 
 
384 aa  70.1  0.00000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000904645  hitchhiker  0.00000108839 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2515  radical SAM domain-containing protein  25.31 
 
 
471 aa  69.7  0.00000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0796  Radical SAM domain protein  24.44 
 
 
341 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.151454 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1381  radical SAM domain-containing protein  21.54 
 
 
345 aa  67.8  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3263  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  23.12 
 
 
339 aa  67  0.0000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.620706  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.43 
 
 
368 aa  65.5  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2413  radical SAM domain-containing protein  22.49 
 
 
445 aa  64.7  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.336702  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1601  heme biosynthesis protein, putative  23.82 
 
 
354 aa  63.5  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.196015  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2507  radical SAM domain-containing protein  28.26 
 
 
421 aa  62.4  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3588  radical SAM domain-containing protein  23.27 
 
 
446 aa  62.4  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0507  radical SAM domain-containing protein  20.81 
 
 
332 aa  62.4  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0681581  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1570  radical SAM domain-containing protein  25.94 
 
 
474 aa  61.2  0.00000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2743  radical SAM family protein  27.6 
 
 
335 aa  59.7  0.00000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2884  Fe-S oxidoreductase  23.6 
 
 
447 aa  59.3  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00154845  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1873  Radical SAM domain protein  28.38 
 
 
450 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2553  radical SAM family protein  25.9 
 
 
341 aa  58.2  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  26.16 
 
 
367 aa  58.5  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4175  Radical SAM domain protein  29.05 
 
 
342 aa  57.8  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1114  radical SAM domain-containing protein  22.77 
 
 
322 aa  57.8  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1235  radical SAM domain-containing protein  29.7 
 
 
434 aa  57  0.0000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.9409  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0901  radical SAM superfamily protein  22.77 
 
 
358 aa  57.4  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3724  Radical SAM domain protein  27.06 
 
 
355 aa  56.2  0.0000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0411  Radical SAM domain protein  30.46 
 
 
356 aa  56.2  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.239535 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1124  Fe-S oxidoreductases  23.01 
 
 
338 aa  56.2  0.0000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2924  Radical SAM domain protein  21.43 
 
 
446 aa  56.2  0.0000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1360  Radical SAM domain protein  21.88 
 
 
445 aa  56.2  0.0000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2349  Radical SAM domain protein  22.99 
 
 
873 aa  55.5  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3051  Radical SAM domain protein  24.12 
 
 
461 aa  54.7  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.684834  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0433  radical SAM domain-containing protein  26.7 
 
 
433 aa  54.7  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0804  hypothetical protein  21.84 
 
 
342 aa  54.3  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  25.54 
 
 
350 aa  54.7  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1542  Radical SAM domain protein  21.28 
 
 
372 aa  54.7  0.000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0085806  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1326  hypothetical protein  21.59 
 
 
337 aa  53.9  0.000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0224562  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0838  radical SAM domain-containing protein  22.67 
 
 
465 aa  53.9  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0155744  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  22.66 
 
 
565 aa  53.5  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  31.58 
 
 
371 aa  53.9  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0943  radical SAM domain-containing protein  23.08 
 
 
287 aa  53.5  0.000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  26.67 
 
 
479 aa  53.1  0.000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  29.51 
 
 
561 aa  53.1  0.000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  28.19 
 
 
415 aa  52.8  0.000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  29.2 
 
 
373 aa  52  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3345  radical SAM domain-containing protein  24.89 
 
 
338 aa  52.4  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2556  radical SAM family protein  20.56 
 
 
337 aa  52.4  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  25.52 
 
 
323 aa  52.4  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0952  Radical SAM domain protein  24.12 
 
 
437 aa  52  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00605498  hitchhiker  0.00000184095 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  30.37 
 
 
370 aa  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3158  radical SAM domain-containing protein  22.35 
 
 
428 aa  51.6  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.271249  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  24.74 
 
 
323 aa  51.6  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3569  radical SAM domain-containing protein  30 
 
 
365 aa  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1849  Radical SAM domain protein  29.03 
 
 
310 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1091  MoaA/NifB/PqqE family protein  23.96 
 
 
379 aa  51.2  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2189  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.45 
 
 
342 aa  50.8  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.28518  hitchhiker  0.000000328904 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1586  radical SAM family protein  20.62 
 
 
356 aa  50.8  0.00003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2559  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.45 
 
 
342 aa  50.8  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.71 
 
 
380 aa  50.8  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.05 
 
 
373 aa  51.2  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1371  radical SAM domain-containing protein  28.24 
 
 
457 aa  51.2  0.00003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.000145601 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  31.03 
 
 
414 aa  50.4  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  24.82 
 
 
387 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3820  Radical SAM domain protein  21.07 
 
 
515 aa  49.7  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1838  Radical SAM domain protein  29.41 
 
 
491 aa  49.7  0.00007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  30.97 
 
 
375 aa  49.7  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  24.82 
 
 
387 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0176  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  21.12 
 
 
320 aa  49.7  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  30.09 
 
 
381 aa  49.3  0.00009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0573  radical SAM domain-containing protein  24.3 
 
 
363 aa  49.3  0.0001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.119885  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  29.82 
 
 
384 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.32 
 
 
389 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.96 
 
 
379 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3252  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.87 
 
 
313 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3033  radical SAM domain-containing protein  27.64 
 
 
468 aa  48.1  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0197  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  21.12 
 
 
320 aa  48.1  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.96 
 
 
382 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2198  radical SAM domain-containing protein  29.05 
 
 
373 aa  47.8  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0314345  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2552  radical SAM family protein  24.29 
 
 
340 aa  47.4  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0419  Fe-S oxidoreductase-like protein  34.92 
 
 
284 aa  47.8  0.0003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.399377  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0157  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  21.12 
 
 
320 aa  47  0.0004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.75 
 
 
386 aa  47.4  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0369  radical SAM domain-containing protein  26.9 
 
 
317 aa  47.4  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.722387  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3289  Radical SAM domain protein  20.99 
 
 
351 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814974  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2366  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  33.05 
 
 
332 aa  47  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.9 
 
 
380 aa  47  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.38 
 
 
371 aa  47  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.61 
 
 
380 aa  46.6  0.0006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0802  radical SAM domain-containing protein  20.67 
 
 
349 aa  46.6  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.186903  normal  0.699659 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>