More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_0309 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_0309  50S ribosomal protein L1P  100 
 
 
231 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0440135  normal  0.025275 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2851  50S ribosomal protein L1  78.35 
 
 
232 aa  361  5.0000000000000005e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441128  normal  0.418553 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3436  50S ribosomal protein L1  75.32 
 
 
232 aa  353  1e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14587  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3655  50S ribosomal protein L1  76.62 
 
 
232 aa  353  1e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0381514  hitchhiker  0.000000879291 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0303  50S ribosomal protein L1  76.62 
 
 
232 aa  352  2e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13038  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2644  50S ribosomal protein L1  74.89 
 
 
232 aa  351  5.9999999999999994e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0687921  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3789  50S ribosomal protein L1  74.89 
 
 
232 aa  351  5.9999999999999994e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.042669  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3079  50S ribosomal protein L1  74.89 
 
 
232 aa  351  5.9999999999999994e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3819  50S ribosomal protein L1  74.89 
 
 
232 aa  351  5.9999999999999994e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3757  50S ribosomal protein L1  74.89 
 
 
232 aa  351  5.9999999999999994e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0092623  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3466  50S ribosomal protein L1  74.89 
 
 
232 aa  351  5.9999999999999994e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0147067  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1911  50S ribosomal protein L1  74.89 
 
 
232 aa  351  5.9999999999999994e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299291  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3181  50S ribosomal protein L1  74.89 
 
 
232 aa  351  5.9999999999999994e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000145836  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0265  50S ribosomal protein L1  74.03 
 
 
232 aa  350  7e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.516489  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3037  50S ribosomal protein L1  76.19 
 
 
231 aa  350  7e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0489009 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0256  50S ribosomal protein L1  74.03 
 
 
232 aa  350  7e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0257763  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2770  50S ribosomal protein L1  74.46 
 
 
232 aa  350  8e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0316  50S ribosomal protein L1  74.46 
 
 
232 aa  350  8e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00176824  normal  0.225661 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0337  50S ribosomal protein L1  74.46 
 
 
232 aa  350  8e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29393  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0238  50S ribosomal protein L1  74.89 
 
 
232 aa  348  4e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.629603  normal  0.0137855 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2970  50S ribosomal protein L1  75.32 
 
 
231 aa  346  1e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3317  50S ribosomal protein L1  75.32 
 
 
231 aa  346  1e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809364  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3348  50S ribosomal protein L1  78.17 
 
 
232 aa  344  7e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.728506  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0395  50S ribosomal protein L1P  71.86 
 
 
231 aa  340  9e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.780238  hitchhiker  0.00704539 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3870  ribosomal protein L1  72.73 
 
 
237 aa  340  9e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0756  50S ribosomal protein L1  73.8 
 
 
230 aa  336  1.9999999999999998e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0507  50S ribosomal protein L1  77.06 
 
 
231 aa  322  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0585  50S ribosomal protein L1  75.32 
 
 
232 aa  323  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4445  50S ribosomal protein L1  73.59 
 
 
231 aa  322  3e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.369013  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0043  50S ribosomal protein L1  71.43 
 
 
233 aa  321  6e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000236116  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3249  50S ribosomal protein L1  75.32 
 
 
231 aa  320  9.000000000000001e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3900  50S ribosomal protein L1  75.32 
 
 
231 aa  320  9.000000000000001e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2179  ribosomal protein L1  69 
 
 
231 aa  320  9.999999999999999e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.965533 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3595  50S ribosomal protein L1  72.73 
 
 
231 aa  318  5e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.412655  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3337  50S ribosomal protein L1  74.46 
 
 
231 aa  318  5e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4534  50S ribosomal protein L1  74.89 
 
 
231 aa  318  6e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0269  50S ribosomal protein L1  72.93 
 
 
230 aa  318  6e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0927887  hitchhiker  0.00154879 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4286  50S ribosomal protein L1  68.44 
 
 
233 aa  317  7e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185505  hitchhiker  0.000000513776 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3643  50S ribosomal protein L1  71.86 
 
 
231 aa  317  9e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0039  50S ribosomal protein L1  71 
 
 
233 aa  317  1e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00138059  hitchhiker  0.00000000000807787 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4772  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 
232 aa  316  2e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0687152  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1865  50S ribosomal protein L1  64.47 
 
 
232 aa  316  2e-85  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000283442  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0324  50S ribosomal protein L1  64.47 
 
 
232 aa  316  2e-85  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0128196  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0709  50S ribosomal protein L1  69.57 
 
 
232 aa  316  2e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.146158  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3192  50S ribosomal protein L1  74.46 
 
 
231 aa  315  4e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.406576  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2334  50S ribosomal protein L1  70.13 
 
 
231 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.505693  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3454  50S ribosomal protein L1P  71.86 
 
 
235 aa  312  3.9999999999999997e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.298186  normal  0.29676 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0595  50S ribosomal protein L1  66.23 
 
 
233 aa  311  4.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00100936  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00693  ribosomal protein L1  66.09 
 
 
282 aa  311  5.999999999999999e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000527661  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2334  ribosomal protein L1  66.81 
 
 
231 aa  310  1e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000592022  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00228  50S ribosomal protein L1  65.5 
 
 
233 aa  308  4e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002170  LSU ribosomal protein L1p (L10Ae)  65.5 
 
 
233 aa  308  4e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000179792  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2261  ribosomal protein L1  72.49 
 
 
231 aa  306  1.0000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.317269  normal  0.489079 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0148  ribosomal protein L1  67.69 
 
 
233 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000518131  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0170  50S ribosomal protein L1  65.07 
 
 
229 aa  306  2.0000000000000002e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000255215  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0868  ribosomal protein L1  65.07 
 
 
231 aa  306  3e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2869  50S ribosomal protein L1  64.63 
 
 
234 aa  300  1e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000234009  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1063  50S ribosomal protein L1  68.4 
 
 
231 aa  298  4e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0602308  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4759  50S ribosomal protein L1  67.53 
 
 
231 aa  298  7e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00425214  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0313  ribosomal protein L1  66.81 
 
 
231 aa  297  9e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000426699  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0448  50S ribosomal protein L1P  69 
 
 
231 aa  296  2e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0444  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 
231 aa  295  3e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.833491  unclonable  0.000000290351 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0384  50S ribosomal protein L1  64.63 
 
 
231 aa  295  3e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0359  50S ribosomal protein L1  64.63 
 
 
231 aa  295  3e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0477  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 
231 aa  295  3e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000803824  normal  0.0129211 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0827  50S ribosomal protein L1  66.67 
 
 
231 aa  295  3e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0116287  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08730  50S ribosomal protein L1  66.67 
 
 
231 aa  295  3e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000385028 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0746  50S ribosomal protein L1  66.81 
 
 
232 aa  295  4e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.034048  normal  0.798017 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0616  ribosomal protein L1  67.53 
 
 
231 aa  294  6e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.710053  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0285  ribosomal protein L1  65.94 
 
 
231 aa  295  6e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000742644  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3449  ribosomal protein L1  66.67 
 
 
234 aa  294  7e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000354008  hitchhiker  0.00724733 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0474  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 
231 aa  294  9e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0821941  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4558  50S ribosomal protein L1  67.1 
 
 
231 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.759483  normal  0.0544864 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5089  50S ribosomal protein L1  67.69 
 
 
231 aa  293  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000142036  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4392  50S ribosomal protein L1  66.67 
 
 
234 aa  292  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000168999  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4482  50S ribosomal protein L1  66.67 
 
 
234 aa  292  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0567176  decreased coverage  0.0000000000000063048 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04533  50S ribosomal protein L1  67.26 
 
 
232 aa  293  2e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192671  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4556  50S ribosomal protein L1  66.67 
 
 
234 aa  292  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.103924  decreased coverage  0.00000000000032652 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4479  50S ribosomal protein L1  66.67 
 
 
234 aa  292  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0614276  hitchhiker  0.00155442 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4360  50S ribosomal protein L1  66.67 
 
 
234 aa  292  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0197515  normal  0.388445 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4700  50S ribosomal protein L1  69 
 
 
233 aa  292  3e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000139189  hitchhiker  0.00000553638 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3734  ribosomal protein L1  67.84 
 
 
234 aa  292  3e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3919  50S ribosomal protein L1  66.38 
 
 
231 aa  292  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0274  50S ribosomal protein L1  67.53 
 
 
234 aa  291  4e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655427  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2807  50S ribosomal protein L1  67.53 
 
 
234 aa  291  6e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000532362  normal  0.121475 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3863  50S ribosomal protein L1  67.53 
 
 
234 aa  291  6e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0336  50S ribosomal protein L1  67.53 
 
 
234 aa  291  6e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00681469  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0487  50S ribosomal protein L1  63.88 
 
 
230 aa  291  7e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0570658  hitchhiker  0.00000155612 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2564  50S ribosomal protein L1  62.45 
 
 
232 aa  291  7e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0511824 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0316  50S ribosomal protein L1  63.88 
 
 
230 aa  291  7e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.246243  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4327  50S ribosomal protein L1  68.56 
 
 
233 aa  290  1e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000769687  hitchhiker  0.00000000219942 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0203  50S ribosomal protein L1  67.53 
 
 
233 aa  290  2e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000988854  hitchhiker  0.00010102 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0194  50S ribosomal protein L1  67.53 
 
 
234 aa  288  6e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000443465  normal  0.240176 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0138  50S ribosomal protein L1  66.38 
 
 
233 aa  288  7e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000376196  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4041  50S ribosomal protein L1  67.4 
 
 
234 aa  286  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000597884  hitchhiker  0.000939338 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4524  50S ribosomal protein L1  67.4 
 
 
234 aa  286  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000100001  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03813  hypothetical protein  67.4 
 
 
234 aa  286  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000121828  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5449  50S ribosomal protein L1  67.4 
 
 
234 aa  286  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000118396  hitchhiker  0.00123384 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4217  50S ribosomal protein L1  67.4 
 
 
234 aa  286  1e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  6.26604e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4472  50S ribosomal protein L1  67.4 
 
 
234 aa  286  1e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000362466  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>