263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4584 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4584  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  100 
 
 
157 aa  311  1.9999999999999998e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.782125  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1460  ribose-5-phosphate isomerase  69.44 
 
 
149 aa  210  4.9999999999999996e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.293951 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2042  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  70.55 
 
 
159 aa  205  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0410  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  66.9 
 
 
149 aa  204  3e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.52921 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1334  ribose-5-phosphate isomerase  67.12 
 
 
148 aa  198  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.126498  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0357  ribose-5-phosphate isomerase  63.45 
 
 
166 aa  184  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2572  ribose/galactose isomerase  62.07 
 
 
153 aa  184  4e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1640  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  57.93 
 
 
152 aa  181  3e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000194465  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1815  ribose 5-phosphate isomerase  63.51 
 
 
164 aa  181  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.12125  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1791  ribose 5-phosphate isomerase B  63.51 
 
 
164 aa  181  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0813  ribose 5-phosphate isomerase  63.51 
 
 
164 aa  181  3e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1104  ribose 5-phosphate isomerase  63.51 
 
 
164 aa  181  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0454  ribose 5-phosphate isomerase B  63.51 
 
 
164 aa  181  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0359  ribose 5-phosphate isomerase B  63.51 
 
 
164 aa  181  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167619  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2077  ribose 5-phosphate isomerase  63.51 
 
 
164 aa  181  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22120  Ribose 5-phosphate isomerase B protein  59.59 
 
 
157 aa  179  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3289  ribose-5-phosphate isomerase B  54.42 
 
 
151 aa  165  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0952  ribose-5-phosphate isomerase B  54.42 
 
 
151 aa  165  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3422  ribose-5-phosphate isomerase B  54.42 
 
 
151 aa  165  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.208549  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1922  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  55 
 
 
153 aa  162  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0652  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  53.1 
 
 
149 aa  162  2.0000000000000002e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.867126  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0983  ribose-5-phosphate isomerase B  53.42 
 
 
152 aa  155  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0747  ribose-5-phosphate isomerase B  51.35 
 
 
152 aa  149  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2463  ribose-5-phosphate isomerase B  50 
 
 
149 aa  148  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2173  ribose-5-phosphate isomerase B  50 
 
 
149 aa  148  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0388966  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1359  ribose-5-phosphate isomerase  48.61 
 
 
158 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.632474  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1263  ribose-5-phosphate isomerase  51.02 
 
 
152 aa  144  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.649363 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2149  ribose-5-phosphate isomerase B  57.04 
 
 
145 aa  144  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2150  ribose-5-phosphate isomerase B  48.65 
 
 
152 aa  144  6e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4652  ribose-5-phosphate isomerase B  56.34 
 
 
148 aa  143  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.278077 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0632  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  52.38 
 
 
148 aa  141  4e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0070  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  50.34 
 
 
149 aa  140  6e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.212167  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0809  ribose 5-phosphate isomerase B  47.62 
 
 
148 aa  139  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2385  ribose 5-phosphate isomerase B  45.58 
 
 
149 aa  139  1.9999999999999998e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000941182  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17930  ribose-5-phosphate isomerase  47.62 
 
 
322 aa  138  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2597  ribose-5-phosphate isomerase  45.95 
 
 
149 aa  137  4.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0696545  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0621  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  48.65 
 
 
152 aa  137  6e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2392  ribose-5-phosphate isomerase  50.69 
 
 
181 aa  137  6e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.73759  normal  0.0712618 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0369  ribose 5-phosphate isomerase B  45.83 
 
 
148 aa  137  6e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32090  ribose 5-phosphate isomerase  50.98 
 
 
153 aa  135  3.0000000000000003e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.124709  normal  0.300701 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4828  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  46.21 
 
 
149 aa  134  6.0000000000000005e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000305549  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4178  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  49.31 
 
 
149 aa  133  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811694  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4071  ribose 5-phosphate isomerase  44.59 
 
 
156 aa  131  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.204632  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0885  ribose 5-phosphate isomerase  47.62 
 
 
163 aa  130  5e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0405085  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1638  ribose-5-phosphate isomerase B  44.22 
 
 
149 aa  128  3e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2209  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  47.14 
 
 
143 aa  127  5.0000000000000004e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.922372  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3431  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  44.22 
 
 
147 aa  127  6e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000280792  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2148  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  45.27 
 
 
152 aa  127  7.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2561  ribose 5-phosphate isomerase  45.58 
 
 
159 aa  127  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2606  ribose 5-phosphate isomerase  45.58 
 
 
159 aa  127  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2600  ribose 5-phosphate isomerase  45.58 
 
 
159 aa  127  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0881  ribose 5-phosphate isomerase  46 
 
 
165 aa  127  8.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.729816  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03962  ribose-5-phosphate isomerase B  44.44 
 
 
149 aa  126  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3901  ribose 5-phosphate isomerase B  44.44 
 
 
149 aa  126  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2905  ribose-5-phosphate isomerase B  51.05 
 
 
152 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0870  ribose-5-phosphate isomerase B  51.05 
 
 
151 aa  126  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3936  ribose-5-phosphate isomerase B  44.44 
 
 
149 aa  126  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0817  ribose-5-phosphate isomerase B  51.05 
 
 
151 aa  126  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03922  hypothetical protein  44.44 
 
 
149 aa  126  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4556  ribose-5-phosphate isomerase B  43.75 
 
 
149 aa  125  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0972  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.61 
 
 
149 aa  124  4.0000000000000003e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3315  ribose-5-phosphate isomerase B  42.86 
 
 
148 aa  124  5e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.16807  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4226  ribose 5-phosphate isomerase  48.65 
 
 
167 aa  124  5e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.245693  normal  0.688481 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0790  ribose 5-phosphate isomerase B  47.22 
 
 
145 aa  124  5e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1918  ribose 5-phosphate isomerase  48.65 
 
 
167 aa  124  6e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3163  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  41.1 
 
 
152 aa  123  8.000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000204659  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0185  ribose 5-phosphate isomerase  47.65 
 
 
171 aa  123  9e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000979367 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl105  ribose 5-phosphate isomerase  40.97 
 
 
146 aa  123  1e-27  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0098  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  43.15 
 
 
148 aa  123  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1737  ribose 5-phosphate isomerase B  47.86 
 
 
143 aa  122  1e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1376  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  41.43 
 
 
146 aa  122  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0412  ribose 5-phosphate isomerase  44.74 
 
 
163 aa  123  1e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1664  ribose 5-phosphate isomerase B  47.86 
 
 
143 aa  122  1e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0259  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  45.45 
 
 
149 aa  122  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000129497  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5329  ribose-5-phosphate isomerase B  47.33 
 
 
151 aa  122  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.594587 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03270  ribose-5-phosphate isomerase  44.83 
 
 
158 aa  122  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000645996  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0559  ribose 5-phosphate isomerase B  44.27 
 
 
150 aa  122  2e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4630  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  48.97 
 
 
147 aa  121  3e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.136383 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2859  ribose-5-phosphate isomerase  43.84 
 
 
162 aa  122  3e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000346833 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1182  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  43.75 
 
 
145 aa  121  4e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3746  ribose-5-phosphate isomerase B  42.97 
 
 
148 aa  120  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.307071  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3952  ribose-5-phosphate isomerase  44.08 
 
 
163 aa  120  6e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3103  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.96 
 
 
151 aa  120  6e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00677478  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57049  Ribose-5-phosphate isomerase B (Phosphoriboisomerase B) (LACB) (RPIB)  43.24 
 
 
156 aa  120  6e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.392593  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3427  ribose-5-phosphate isomerase B  41.5 
 
 
149 aa  120  6e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3112  ribose-5-phosphate isomerase B  48.98 
 
 
153 aa  120  7e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0171013  hitchhiker  0.000249114 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2482  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  43.51 
 
 
163 aa  120  8e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1117  ribose-5-phosphate isomerase B  45.38 
 
 
150 aa  120  9e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2450  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  43.92 
 
 
149 aa  119  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.618106 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1548  ribose 5-phosphate isomerase  45.58 
 
 
152 aa  119  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.672639  normal  0.270598 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0488  ribose-5-phosphate isomerase B  46.88 
 
 
149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.136003  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0074  ribose 5-phosphate isomerase B, putative  40.56 
 
 
165 aa  118  3e-26  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1828  ribose-5-phosphate isomerase  45.93 
 
 
162 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1159  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  42.25 
 
 
151 aa  117  7.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.832991 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0942  uracil phosphoribosyltransferase  40.38 
 
 
370 aa  117  7.999999999999999e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05907  conserved hypothetical protein  42.57 
 
 
157 aa  116  9.999999999999999e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21560  ribose-5-phosphate isomerase  43.75 
 
 
146 aa  115  1.9999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.971955  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2593  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  37.33 
 
 
153 aa  115  3e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4221  ribose 5-phosphate isomerase  45.58 
 
 
158 aa  115  3e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2515  ribose-5-phosphate isomerase B  42.19 
 
 
148 aa  115  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.499695  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>