More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4548 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4548  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  600  1e-170  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.5138 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4209  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 302 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0830  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.588944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 301 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 335 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.1 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.71 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 293 aa  186  6e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 296 aa  185  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 291 aa  185  7e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 349 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 349 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 349 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 349 aa  179  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 310 aa  179  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 295 aa  178  8e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 351 aa  178  9e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  34.22 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 349 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 349 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 349 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 312 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2464  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 309 aa  176  6e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 312 aa  176  6e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 303 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  36.3 
 
 		 312 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 320 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 316 aa  174  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 322 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  172  5.999999999999999e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 299 aa  170  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.13 
 
 		 289 aa  169  4e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 299 aa  169  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  37.71 
 
 		 297 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.07 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  37.02 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 304 aa  169  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 344 aa  169  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 362 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 313 aa  169  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  33.78 
 
 		 297 aa  169  6e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 312 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 367 aa  168  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 328 aa  168  9e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4320  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0999  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 294 aa  167  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 367 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 317 aa  167  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2618  putative HTH-type transcriptional regulator YafC  37.79 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.811729  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 334 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3873  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.15417 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4471  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190503  normal  0.801309 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5420  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.691388  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 292 aa  166  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 298 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 314 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>