More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1265 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010084  Bmul_2848  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.61 
 
 
557 aa  649    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2857  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  58.42 
 
 
569 aa  684    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3482  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.89 
 
 
557 aa  653    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0194948  hitchhiker  0.00229302 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.61 
 
 
563 aa  652    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1265  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
566 aa  1176    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60 
 
 
569 aa  706    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2685  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.36 
 
 
557 aa  641    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0867888  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.18 
 
 
560 aa  698    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.07 
 
 
567 aa  638    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3556  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.79 
 
 
557 aa  657    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207193  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0532  AMP-dependent synthetase and ligase  75.67 
 
 
561 aa  892    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3633  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.25 
 
 
557 aa  646    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.956552  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4195  AMP-dependent synthetase and ligase  74.51 
 
 
561 aa  873    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0353  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  55.24 
 
 
565 aa  642    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.333466  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3537  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.79 
 
 
557 aa  657    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1106  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.79 
 
 
557 aa  658    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4746  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.54 
 
 
563 aa  643    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1344  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.18 
 
 
572 aa  638    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.77905 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  67.56 
 
 
561 aa  805    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0518  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.07 
 
 
557 aa  647    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4074  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.07 
 
 
561 aa  639    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4225  AMP-dependent synthetase and ligase  70.77 
 
 
561 aa  848    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0474  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.54 
 
 
557 aa  650    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.54 
 
 
561 aa  642    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.14 
 
 
560 aa  647    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.89 
 
 
557 aa  645    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  59.82 
 
 
560 aa  691    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  59.82 
 
 
569 aa  707    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0064  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.25 
 
 
557 aa  648    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0516  AMP-dependent synthetase and ligase  75.49 
 
 
561 aa  891    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0152867 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0451  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.36 
 
 
557 aa  640    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321292  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0546  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.25 
 
 
557 aa  648    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4769  AMP-dependent synthetase and ligase  72.81 
 
 
563 aa  853    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3563  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.79 
 
 
557 aa  656    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  54.82 
 
 
561 aa  625  1e-178  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  54.59 
 
 
559 aa  624  1e-177  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3950  AMP-dependent synthetase and ligase  54.77 
 
 
559 aa  624  1e-177  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0302713  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  54.64 
 
 
553 aa  620  1e-176  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3572  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  53.56 
 
 
557 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  53.1 
 
 
559 aa  613  9.999999999999999e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0946  AMP-dependent synthetase and ligase  54.14 
 
 
559 aa  612  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.32 
 
 
554 aa  610  1e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.14 
 
 
581 aa  607  9.999999999999999e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  53.71 
 
 
561 aa  603  1.0000000000000001e-171  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3797  AMP-dependent synthetase and ligase  52.41 
 
 
566 aa  602  1.0000000000000001e-171  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.589487 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4543  AMP-dependent synthetase and ligase  52.05 
 
 
562 aa  603  1.0000000000000001e-171  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2551  AMP-dependent synthetase and ligase  53.36 
 
 
559 aa  602  1.0000000000000001e-171  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.083055  normal  0.0774583 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0110  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.34 
 
 
566 aa  595  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.963067 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3752  AMP-dependent synthetase and ligase  51.25 
 
 
557 aa  598  1e-169  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.419437  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1190  AMP-dependent synthetase and ligase  49.29 
 
 
565 aa  594  1e-168  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0730662  normal  0.324489 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0138  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.43 
 
 
566 aa  591  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.938727  normal  0.187232 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0373  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.54 
 
 
581 aa  590  1e-167  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.826783  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0959  AMP-dependent synthetase and ligase  49.11 
 
 
558 aa  589  1e-167  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.336851  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0069  AMP-dependent synthetase and ligase  50.8 
 
 
647 aa  588  1e-166  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0144  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.43 
 
 
566 aa  587  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1189  AMP-dependent synthetase and ligase  48.21 
 
 
566 aa  583  1.0000000000000001e-165  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.503823  normal  0.180474 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  51.07 
 
 
553 aa  580  1e-164  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0143852  hitchhiker  0.00793845 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  49.73 
 
 
561 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  49.73 
 
 
583 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.56 
 
 
561 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  48.24 
 
 
572 aa  574  1.0000000000000001e-162  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.73 
 
 
583 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0535  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.27 
 
 
566 aa  573  1.0000000000000001e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.73 
 
 
561 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  49.73 
 
 
561 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.44 
 
 
572 aa  574  1.0000000000000001e-162  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.73 
 
 
561 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.73 
 
 
561 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.27 
 
 
561 aa  569  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.27 
 
 
561 aa  569  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.38 
 
 
561 aa  569  1e-161  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.44 
 
 
561 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.27 
 
 
561 aa  569  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.27 
 
 
561 aa  569  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.18 
 
 
573 aa  563  1.0000000000000001e-159  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.58 
 
 
557 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1054  AMP-dependent synthetase and ligase  49.82 
 
 
584 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.63665  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1534  AMP-dependent synthetase and ligase  49.82 
 
 
584 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.2 
 
 
562 aa  560  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  49.65 
 
 
584 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.2 
 
 
577 aa  560  1e-158  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.94 
 
 
563 aa  558  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.2 
 
 
562 aa  560  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.31 
 
 
557 aa  558  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.49 
 
 
557 aa  558  1e-158  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1720  AMP-dependent synthetase and ligase  49.65 
 
 
586 aa  558  1e-157  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976205  hitchhiker  0.000132971 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.56 
 
 
557 aa  558  1e-157  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4674  AMP-dependent synthetase and ligase  49.29 
 
 
584 aa  556  1e-157  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0112629 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.93 
 
 
557 aa  556  1e-157  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.49 
 
 
557 aa  558  1e-157  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  47.95 
 
 
569 aa  554  1e-156  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.4 
 
 
563 aa  551  1e-156  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  49.12 
 
 
601 aa  553  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.455088 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  47 
 
 
567 aa  553  1e-156  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.77 
 
 
557 aa  551  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.69 
 
 
557 aa  553  1e-156  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1416  AMP-dependent synthetase and ligase  49.29 
 
 
584 aa  553  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.498039  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  47.59 
 
 
569 aa  551  1e-155  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  48.58 
 
 
560 aa  551  1e-155  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.04 
 
 
557 aa  551  1e-155  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>