299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0063 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0029  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000643292  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0063  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000164235  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0068  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000338378  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0062  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.697015  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0030  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000948494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0031  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000010181  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0014  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0021  tRNA-Asp  93.75 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000370726  hitchhiker  0.000000254524 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0916  tRNA-Asp  93.75 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125153  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2942  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.265359  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2945  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.393325  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2948  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.282487  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2625  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2628  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2631  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.830892  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0030  tRNA-Asp  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862295  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0003  tRNA-Asp  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0044  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000264444  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0026  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.935679 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0035  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000103036  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0017  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.214507  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0019  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.206388  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0062  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000079557  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0054  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000552526  normal  0.231331 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4219  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000946813  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0091  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1924  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0278323  normal  0.559384 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0032  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.688205  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2219  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0062  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000866023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2259  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4197  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000364203  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0028  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00318123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0037  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000102957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0063  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0470836  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0096  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000496509  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0013  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717559  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0039  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0040  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.725939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0473  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000478831  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0100  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0485231  normal  0.35934 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0054  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000566349  normal  0.354373 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0040  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.824145  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0054  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338252  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0052  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000241383  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0093  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0062  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.352281  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0033  tRNA-Asp  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0051  tRNA-Asp  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.942315 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0051  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000613833  normal  0.325471 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0046  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000290325  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0045  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.316389 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0047  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.31974 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0060  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.695834  hitchhiker  0.0000996244 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0022  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0021  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000252162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1734  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000527786  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00209721  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0016  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0392662 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.520938  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0039  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000226797  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0029  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0847414 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0126  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0050  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000259699  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0027  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000248152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0041  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0000325058  normal  0.507644 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0027  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000494544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0158  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0007  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0027  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00239727  normal  0.0594729 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0004  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0047  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000429092  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0050  tRNA-Asp  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000296648  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>