More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3144 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_3144  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
243 aa  502  1e-141  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 
299 aa  89  6e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  38.32 
 
 
299 aa  88.2  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  38.32 
 
 
299 aa  88.2  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  38.32 
 
 
299 aa  88.2  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  38.32 
 
 
299 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0182  AraC family transcriptional regulator  38.32 
 
 
299 aa  87  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0176  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 
299 aa  85.5  6e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0165  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 
298 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0526  transcriptional regulator, AraC family  36.67 
 
 
129 aa  79.3  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000198595  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  40.78 
 
 
291 aa  79.3  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 
286 aa  77  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0223  transcriptional activator, AraC family  41 
 
 
281 aa  75.1  0.0000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000178737 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0205  transcriptional activator, AraC family  41 
 
 
281 aa  75.1  0.0000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000524418 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0990  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 
281 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5265  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 
281 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  32.35 
 
 
288 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3142  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 
301 aa  72.4  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2759  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 
292 aa  72.8  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4973  transcriptional regulator, AraC family  38.54 
 
 
290 aa  72.4  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4947  transcriptional regulator, AraC family  38.54 
 
 
290 aa  72  0.000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3264  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 
287 aa  72  0.000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4724  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 
290 aa  72  0.000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440387  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5086  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 
290 aa  72  0.000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3846  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 
287 aa  72  0.000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4672  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 
290 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4986  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 
290 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4566  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 
290 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.017881  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4582  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 
290 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.763033  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0011  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 
285 aa  70.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871788  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4957  transcriptional regulator, AraC family  36.46 
 
 
290 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1683  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 
221 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 
300 aa  69.3  0.00000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 
300 aa  69.3  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 
300 aa  69.3  0.00000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0278  transcriptional regulator, AraC family  36.46 
 
 
290 aa  69.3  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 
300 aa  69.3  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 
300 aa  69.3  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 
300 aa  68.9  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 
300 aa  68.9  0.00000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 
300 aa  68.9  0.00000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 
300 aa  68.9  0.00000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 
300 aa  68.9  0.00000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  32.67 
 
 
294 aa  68.6  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3564  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 
285 aa  67.8  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  34.69 
 
 
306 aa  68.2  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3344  helix-turn-helix domain-containing protein  34.44 
 
 
232 aa  68.6  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.388455  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  30.1 
 
 
299 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2210  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 
291 aa  67.8  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3174  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 
280 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.626893  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2678  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 
284 aa  67  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2323  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 
289 aa  66.6  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.614848  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0137  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 
315 aa  67  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.10009 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1922  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 
291 aa  67  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.890213  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 
326 aa  67  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0086  transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 
313 aa  65.9  0.0000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.353006  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1266  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 
300 aa  64.7  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.23796  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  25.47 
 
 
288 aa  64.7  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  30.77 
 
 
289 aa  64.7  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0674  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 
265 aa  64.3  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2360  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 
367 aa  63.9  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000555626  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  30.93 
 
 
302 aa  64.3  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1802  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 
286 aa  63.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  26.87 
 
 
284 aa  64.3  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1523  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 
152 aa  64.3  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00364512  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2326  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 
367 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0268  putative HTH-type transcriptional regulator YkgA  33.33 
 
 
163 aa  63.5  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 
279 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0332  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 
285 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 
292 aa  63.2  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  30 
 
 
289 aa  63.2  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  34.74 
 
 
279 aa  62.8  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 
204 aa  63.2  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 
289 aa  62.8  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2107  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 
313 aa  62.8  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.342925  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00257  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 
283 aa  62.8  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  31.37 
 
 
288 aa  62.8  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 
289 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  31.37 
 
 
288 aa  62.8  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0313  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 
285 aa  62.8  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0971  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 
136 aa  62.8  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000205729  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 
295 aa  62.8  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1078  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
113 aa  62.8  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.531138 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00261  hypothetical protein  33.33 
 
 
219 aa  62.8  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0352  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 
285 aa  62.8  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.203769  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3321  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
283 aa  62.8  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3303  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
228 aa  62.4  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.401511  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2406  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 
367 aa  62.4  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.280616  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 
288 aa  62.4  0.000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2582  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 
364 aa  62.4  0.000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.147074  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0739  transposon Tn10 TetD protein  30.3 
 
 
113 aa  62.4  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0677  transposon Tn10 TetD protein  30.3 
 
 
113 aa  62.4  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198694  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0620  transposon Tn10 TetD protein  30.3 
 
 
113 aa  62.4  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 
296 aa  62  0.000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0634  transposon Tn10 TetD protein  30.3 
 
 
113 aa  62  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0693  transposon Tn10 TetD protein  30.3 
 
 
113 aa  62  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.808673  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  26.61 
 
 
326 aa  62  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3181  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 
292 aa  62  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  31.37 
 
 
288 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2556  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 
290 aa  61.6  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000235949  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>