More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2908 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2908  50S ribosomal protein L22  100 
 
 
125 aa  248  2e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0763  50S ribosomal protein L22  74.19 
 
 
158 aa  193  8.000000000000001e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000122399  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0872  50S ribosomal protein L22  68.81 
 
 
111 aa  157  3e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000233531  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0112  50S ribosomal protein L22  59.63 
 
 
113 aa  135  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1862  50S ribosomal protein L22  55.37 
 
 
139 aa  134  4e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0322744  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1297  50S ribosomal protein L22  53.66 
 
 
159 aa  134  5e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000469382  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0427  50S ribosomal protein L22  61.47 
 
 
114 aa  134  6.0000000000000005e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.005659  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1389  50S ribosomal protein L22  53.66 
 
 
159 aa  133  7.000000000000001e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000788979  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0291  ribosomal protein L22  58.72 
 
 
113 aa  133  8e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00562751  normal  0.0409902 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1740  50S ribosomal protein L22  61.47 
 
 
120 aa  133  9.999999999999999e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000076776  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0220  50S ribosomal protein L22  53.21 
 
 
113 aa  131  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000894126  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0116  50S ribosomal protein L22  59.63 
 
 
113 aa  132  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000205775  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3753  ribosomal protein L22  59.81 
 
 
136 aa  131  3e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.453861  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2709  50S ribosomal protein L22  58.18 
 
 
111 aa  131  3e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2394  50S ribosomal protein L22  58.18 
 
 
111 aa  131  3e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0199  LSU ribosomal protein L22P  56.88 
 
 
113 aa  131  3.9999999999999996e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.019088  normal  0.0505621 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2706  ribosomal protein L22  56.48 
 
 
118 aa  130  5e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0196461  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1478  50S ribosomal protein L22  58.72 
 
 
115 aa  129  1.0000000000000001e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000148826  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3019  50S ribosomal protein L22  55.45 
 
 
113 aa  129  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0177222  hitchhiker  0.00747036 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0110  50S ribosomal protein L22  56.88 
 
 
113 aa  128  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000193561  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2614  50S ribosomal protein L22  56.88 
 
 
165 aa  128  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00503824  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01220  50S ribosomal protein L22  56.88 
 
 
113 aa  128  3e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.860809  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23420  LSU ribosomal protein L22P  55.96 
 
 
113 aa  127  3e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000199226  hitchhiker  0.000000104974 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0958  50S ribosomal protein L22  53.21 
 
 
149 aa  127  4.0000000000000003e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00139982  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0109  50S ribosomal protein L22  56.88 
 
 
113 aa  127  5.0000000000000004e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000370436  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1902  50S ribosomal protein L22  55.05 
 
 
114 aa  127  5.0000000000000004e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.40685  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0063  50S ribosomal protein L22  54.13 
 
 
114 aa  127  6e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.279384  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0115  50S ribosomal protein L22  56.88 
 
 
113 aa  127  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000818335  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0136  50S ribosomal protein L22  56.88 
 
 
113 aa  127  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000009071  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5190  50S ribosomal protein L22  56.88 
 
 
113 aa  127  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000302093  unclonable  1.1617299999999999e-25 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0146  50S ribosomal protein L22  56.88 
 
 
113 aa  127  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000364158  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1133  50S ribosomal protein L22  48.76 
 
 
147 aa  126  1.0000000000000001e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000462461  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0115  50S ribosomal protein L22  55.96 
 
 
113 aa  125  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000000621136  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0111  50S ribosomal protein L22  55.96 
 
 
113 aa  125  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.44613e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0109  50S ribosomal protein L22  55.96 
 
 
113 aa  125  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108329  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1180  50S ribosomal protein L22  55.56 
 
 
113 aa  124  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.78172  normal  0.528873 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0127  50S ribosomal protein L22  55.96 
 
 
113 aa  125  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.10741e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0115  50S ribosomal protein L22  55.96 
 
 
113 aa  125  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000016654  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4021  50S ribosomal protein L22  55.56 
 
 
113 aa  124  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552506  hitchhiker  0.00000514416 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3430  ribosomal protein L22  52.59 
 
 
136 aa  124  4.0000000000000003e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1826  50S ribosomal protein L22  58.33 
 
 
117 aa  122  1e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.424136  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2173  ribosomal protein L22  55.05 
 
 
113 aa  123  1e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.799495  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0600  50S ribosomal protein L22  52.78 
 
 
120 aa  123  1e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000168861  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0296  50S ribosomal protein L22  55.86 
 
 
117 aa  122  1e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  unclonable  1.09394e-28 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2272  50S ribosomal protein L22  58.33 
 
 
117 aa  122  2e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000696854  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2313  50S ribosomal protein L22  58.33 
 
 
117 aa  122  2e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000419164  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2455  50S ribosomal protein L22P  58.72 
 
 
112 aa  121  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.082512 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04030  LSU ribosomal protein L22P  60.19 
 
 
142 aa  121  3e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.951007 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09950  LSU ribosomal protein L22P  55.05 
 
 
113 aa  121  3e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.250914  hitchhiker  0.000000894233 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6044  50S ribosomal protein L22  53.57 
 
 
140 aa  120  7e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.797605  normal  0.219528 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0201  50S ribosomal protein L22  51.38 
 
 
118 aa  120  7e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0571206  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0230  50S ribosomal protein L22  52.78 
 
 
113 aa  120  9e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001737  LSU ribosomal protein L22p (L17e)  54.9 
 
 
110 aa  119  9e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000377263  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1156  ribosomal protein L22  52.34 
 
 
120 aa  119  9.999999999999999e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000440865  hitchhiker  0.000000562165 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0567  50S ribosomal protein L22  52.34 
 
 
125 aa  119  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1190  50S ribosomal protein L22  51.89 
 
 
158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0681571 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0706  50S ribosomal protein L22  50.46 
 
 
110 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000543227  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00735  50S ribosomal protein L22  54.9 
 
 
110 aa  119  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5129  ribosomal protein L22  54.63 
 
 
122 aa  117  3.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.76287 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1091  50S ribosomal protein L22  51.38 
 
 
117 aa  117  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0865205 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4316  ribosomal protein L22  55.05 
 
 
125 aa  117  4.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3662  50S ribosomal protein L22  52.94 
 
 
128 aa  117  6e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000501046  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1519  ribosomal protein L22  54.55 
 
 
116 aa  116  7.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.417666  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0410  50S ribosomal protein L22  55.34 
 
 
110 aa  116  9e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00607313  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1128  ribosomal protein L22  52.1 
 
 
139 aa  116  9e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0785  50S ribosomal protein L22  47.93 
 
 
149 aa  116  9.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.363431  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2397  50S ribosomal protein L22  51.38 
 
 
115 aa  116  9.999999999999999e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0178523  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3900  50S ribosomal protein L22  49.57 
 
 
146 aa  115  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3746  50S ribosomal protein L22  55.34 
 
 
110 aa  115  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000646625  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0328  50S ribosomal protein L22  54.37 
 
 
110 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000986458  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3996  50S ribosomal protein L22  53.92 
 
 
110 aa  114  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000093676  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0064  50S ribosomal protein L22  52.43 
 
 
110 aa  115  3e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121293  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3817  50S ribosomal protein L22  53.92 
 
 
110 aa  114  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000551944  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03166  50S ribosomal protein L22  54.37 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0020187  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0398  ribosomal protein L22  54.37 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000320162  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4638  50S ribosomal protein L22  54.37 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0328992  normal  0.0807063 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0325  50S ribosomal protein L22  52.43 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0199306  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0398  50S ribosomal protein L22  54.37 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000614919  hitchhiker  0.000253189 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3700  50S ribosomal protein L22  54.37 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000326609  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3798  50S ribosomal protein L22  54.37 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000622145  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3509  50S ribosomal protein L22  54.37 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131038  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3631  50S ribosomal protein L22  54.37 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.026549  normal  0.464818 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3610  50S ribosomal protein L22  54.37 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000037432  hitchhiker  0.00902859 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3704  50S ribosomal protein L22  54.37 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000889443  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3631  50S ribosomal protein L22  54.37 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000221962  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3739  50S ribosomal protein L22  54.37 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.334388  normal  0.0231342 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3802  50S ribosomal protein L22  54.37 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0244265  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03117  hypothetical protein  54.37 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00216887  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0853  50S ribosomal protein L22  50.93 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2169  50S ribosomal protein L22  51.96 
 
 
110 aa  114  6e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000951613  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6609  ribosomal protein L22  55.34 
 
 
133 aa  114  6e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0288  50S ribosomal protein L22  53.4 
 
 
110 aa  113  7.999999999999999e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000016922  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3910  50S ribosomal protein L22  53.4 
 
 
110 aa  113  7.999999999999999e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000355521  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0589  50S ribosomal protein L22  53.4 
 
 
110 aa  113  7.999999999999999e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118161  normal  0.432956 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4539  50S ribosomal protein L22  53.4 
 
 
110 aa  113  8.999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175116  hitchhiker  0.00188816 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3918  50S ribosomal protein L22  53.92 
 
 
152 aa  112  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0163  50S ribosomal protein L22  52.43 
 
 
110 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000850597  decreased coverage  0.0000466099 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0720  ribosomal protein L22  56.07 
 
 
110 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2564  50S ribosomal protein L22  51.79 
 
 
119 aa  112  1.0000000000000001e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4310  50S ribosomal protein L22  53.92 
 
 
152 aa  112  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.620955  normal  0.0104158 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>