40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1742 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1742  helix-turn-helix, type 11 containing protein  100 
 
 		 107 aa  217  5e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000021315  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  43.48 
 
 		 301 aa  60.5  0.000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.33 
 
 		 299 aa  52.4  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.79 
 
 		 302 aa  51.2  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.33 
 
 		 313 aa  50.1  0.000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  35.64 
 
 		 311 aa  48.5  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2026  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40 
 
 		 245 aa  47  0.00008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.826373  normal  0.365081 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1078  transcriptional regulator  44.29 
 
 		 132 aa  45.4  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0312133  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.03 
 
 		 302 aa  45.4  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.96 
 
 		 324 aa  45.4  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.42 
 
 		 328 aa  44.7  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  31.52 
 
 		 317 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.52 
 
 		 317 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.52 
 
 		 317 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.55 
 
 		 252 aa  44.3  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2425  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40 
 
 		 245 aa  44.3  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0915708 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 313 aa  44.3  0.0006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.1 
 
 		 298 aa  44.3  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  32.41 
 
 		 313 aa  43.9  0.0008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.25 
 
 		 317 aa  43.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.64 
 
 		 303 aa  43.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.05 
 
 		 321 aa  43.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35 
 
 		 323 aa  42.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  31.48 
 
 		 313 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  31.48 
 
 		 313 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.59 
 
 		 231 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.17 
 
 		 232 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  31.68 
 
 		 306 aa  41.6  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.32 
 
 		 320 aa  41.6  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.35 
 
 		 335 aa  41.6  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  37.5 
 
 		 323 aa  41.6  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.06 
 
 		 337 aa  41.2  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.84 
 
 		 339 aa  40.8  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.84 
 
 		 337 aa  40.8  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.97 
 
 		 332 aa  40.8  0.007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  37.31 
 
 		 304 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.17 
 
 		 232 aa  40.4  0.008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3902  hypothetical protein  36.36 
 
 		 221 aa  40.4  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4003  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.36 
 
 		 221 aa  40  0.01  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.62 
 
 		 335 aa  40  0.01  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>