More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1659 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1659  TrkA-N  100 
 
 
217 aa  441  1e-123  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0583689  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1585  TrkA-N domain protein  55.87 
 
 
216 aa  257  8e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.453253  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2142  putative potassium uptake protein  38.39 
 
 
221 aa  168  7e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.897368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1854  potassium uptake protein  38.39 
 
 
221 aa  167  1e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0461191  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0141  TrkA domain-containing protein  36.74 
 
 
217 aa  162  3e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00479404  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1826  TrkA-N domain protein  37.44 
 
 
220 aa  157  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0104  TrkA-N domain protein  36.49 
 
 
220 aa  153  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200527  hitchhiker  0.0000000000000167844 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11690  TrkA-N domain protein  35.05 
 
 
215 aa  153  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00343321  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1380  TrkA domain-containing protein  35.38 
 
 
215 aa  152  2.9999999999999998e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000226197  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0430  TrkA-N domain protein  37.74 
 
 
217 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00150602  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4027  TrkA family potassium uptake protein  37.38 
 
 
221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.426006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3888  TrkA family potassium uptake protein  37.38 
 
 
221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.475517  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3720  Trk family potassium uptake protein  37.38 
 
 
221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.430715  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3736  Trk family potassium uptake protein  37.38 
 
 
221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4191  TrkA family potassium uptake protein  37.38 
 
 
221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.841712  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4081  potassium uptake protein, TrkA family  37.38 
 
 
221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3993  potassium uptake protein, TrkA family  37.38 
 
 
221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3805  TrkA domain-containing protein  37.38 
 
 
221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0251033  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4098  potassium uptake protein, TrkA family  37.38 
 
 
221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00103413  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1159  potassium uptake protein, TrkA family  37.38 
 
 
221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10257  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2680  TrkA domain-containing protein  36.92 
 
 
221 aa  145  5e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000338081  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0416  TrkA domain-containing protein  34.12 
 
 
217 aa  140  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000130553  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1148  TrkA domain-containing protein  35.94 
 
 
220 aa  139  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.967319  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1754  hypothetical protein  32.55 
 
 
227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0169137  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1170  TrkA domain-containing protein  35.94 
 
 
220 aa  139  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.241712  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0674  potassium uptake protein TrkA  34.26 
 
 
219 aa  137  1e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1584  TrkA-N  33.8 
 
 
219 aa  137  1e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.514465  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0952  TrkA-N domain protein  33.33 
 
 
217 aa  135  3.0000000000000003e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1617  TrkA domain-containing protein  34.43 
 
 
217 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000138787  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0339  TrkA-N domain protein  33.18 
 
 
218 aa  132  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00738023  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0267  TrkA-N domain protein  33.79 
 
 
233 aa  132  5e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2087  TrkA domain-containing protein  33.97 
 
 
222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1781  TrkA domain-containing protein  33.97 
 
 
222 aa  129  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.08127  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0122  TrkA-N domain protein  35.23 
 
 
217 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00122863  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1928  TrkA domain-containing protein  35.98 
 
 
223 aa  128  5.0000000000000004e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1043  hypothetical protein  34.27 
 
 
221 aa  125  4.0000000000000003e-28  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0012  TrkA-N domain protein  36.41 
 
 
216 aa  122  4e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0249  TrkA-N domain protein  30.88 
 
 
219 aa  122  4e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00172297  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1557  TrkA domain-containing protein  30.99 
 
 
222 aa  121  6e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.176981  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0064  K+ transport systems, NAD-binding component  32.08 
 
 
221 aa  121  9e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00981  VIC family potassium channel protein  31.96 
 
 
234 aa  120  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00971  VIC family potassium channel protein  31.96 
 
 
234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0321337  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00951  VIC family potassium channel protein  31.96 
 
 
234 aa  119  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.304573  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0088  VIC family potassium channel protein  31.96 
 
 
234 aa  119  4.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.608406  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3557  TrkA-N domain protein  29.85 
 
 
223 aa  117  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.647516  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36690  K+ transport system, NAD-binding component  28.77 
 
 
224 aa  117  9.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.164115  normal  0.724398 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02541  putative potassium channel, VIC family  32.72 
 
 
234 aa  116  3e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0458  potassium uptake protein KtrA  32.02 
 
 
220 aa  115  3.9999999999999997e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1449  putative potassium channel, VIC family  31.94 
 
 
234 aa  115  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.286988  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0085  K+ transport systems, NAD-binding component  29.58 
 
 
218 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.73294e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01511  VIC family potassium channel protein  31.94 
 
 
234 aa  115  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00941  VIC family potassium channel protein  32.09 
 
 
234 aa  112  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01407  hypothetical protein  27.44 
 
 
220 aa  112  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004055  potassium uptake protein integral membrane component KtrA  27.91 
 
 
220 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.248543  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1081  hypothetical protein  31.92 
 
 
233 aa  110  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00425328 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2314  VIC family potassium channel protein  29.36 
 
 
234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.537657  normal  0.229836 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1273  TrkA-N  26.42 
 
 
224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0139  TrkA-N domain protein  30.88 
 
 
218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0379  VIC family potassium channel protein  30.41 
 
 
234 aa  109  3e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4249  TrkA-N domain protein  27.88 
 
 
213 aa  109  4.0000000000000004e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4052  TrkA-N domain protein  33.33 
 
 
229 aa  108  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4091  TrkA-N domain protein  33.33 
 
 
229 aa  108  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0232188  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3209  TrkA-N domain protein  32.86 
 
 
231 aa  108  8.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.580767  normal  0.652247 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1631  Trk family potassium uptake protein , putative  30.46 
 
 
223 aa  107  1e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0523  TrkA-N domain protein  28.91 
 
 
223 aa  107  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0627  TrkA-N domain protein  31.71 
 
 
224 aa  105  4e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2303  putative cation transporter  27.96 
 
 
222 aa  105  6e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1642  hypothetical protein  31.48 
 
 
216 aa  105  6e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4247  TrkA-N domain protein  27.36 
 
 
225 aa  102  4e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.61262 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4040  TrkA-N domain protein  29.95 
 
 
221 aa  101  9e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.425859  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1833  TrkA-N domain protein  25.88 
 
 
244 aa  100  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.946247 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3465  TrkA-N domain-containing protein  30.05 
 
 
231 aa  100  2e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1711  TrkA-N domain protein  26.92 
 
 
220 aa  99.4  4e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382687  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4804  TrkA-N  31.28 
 
 
231 aa  99.4  4e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1793  TrkA-N domain protein  27.96 
 
 
220 aa  99  5e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0398  TrkA-N  25.59 
 
 
224 aa  99  5e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.81484  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6144  TrkA-N  28.71 
 
 
220 aa  98.2  9e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.674267  normal  0.153677 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2841  TrkA-N domain protein  27.14 
 
 
222 aa  97.4  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.208198  normal  0.066626 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24350  K+ transport system, NAD-binding component  27.83 
 
 
221 aa  97.8  1e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1353  TrkA-N domain protein  30.56 
 
 
217 aa  96.7  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0313  TrkA domain-containing protein  30.68 
 
 
230 aa  96.7  2e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000239618  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1834  TrkA-N  25.55 
 
 
233 aa  96.7  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.423842  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0519  TrkA-N domain protein  29.05 
 
 
225 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.416454  normal  0.506126 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3347  TrkA domain-containing protein  30.77 
 
 
228 aa  97.4  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3145  TrkA-N domain protein  30.77 
 
 
228 aa  97.1  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.436065 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1392  TrkA-N domain protein  25 
 
 
227 aa  96.7  3e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.643107  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14840  K+ transport system, NAD-binding component  25.48 
 
 
229 aa  95.9  4e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.289305  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1541  TrkA-N domain protein  28.24 
 
 
221 aa  95.5  5e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0350  K+ transport system, NAD-binding component  32 
 
 
223 aa  95.5  5e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.53262  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2828  TrkA-N domain protein  30.7 
 
 
250 aa  95.1  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0119084 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1463  TrkA-N domain protein  27.36 
 
 
220 aa  94.4  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00504118  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3882  TrkA-N  29.17 
 
 
232 aa  93.6  2e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.94887  decreased coverage  0.00720211 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2522  TrkA domain-containing protein  30 
 
 
221 aa  93.2  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.000136868  normal  0.0316786 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0529  hypothetical protein  26.64 
 
 
217 aa  92.8  4e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18040  K+ transport system, NAD-binding component  26.92 
 
 
225 aa  90.1  2e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0566  potassium uptake protein TrkA, putative  27.27 
 
 
218 aa  89.4  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0459  TrkA-N domain protein  27.62 
 
 
231 aa  89  6e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.821137  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06980  K+ transport system, NAD-binding component  30.17 
 
 
232 aa  86.3  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0137  TRK system potassium uptake protein TrkA, putative  26.54 
 
 
213 aa  86.3  3e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001288  potassium uptake protein integral membrane component KtrA  27.14 
 
 
217 aa  85.5  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.91889  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>