131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1562 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1562  hypothetical protein  100 
 
 
403 aa  808    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00597787  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0625  ABC-type transport system for lysophospholipase L1 biosynthesis permease  37.24 
 
 
405 aa  282  8.000000000000001e-75  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0260119  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1518  permease, putative  36.27 
 
 
403 aa  272  1e-71  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000418137  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0367  efflux ABC transporter, permease protein  36 
 
 
403 aa  240  2.9999999999999997e-62  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2006  hypothetical protein  31.79 
 
 
395 aa  209  8e-53  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.151013  normal  0.929725 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0166  hypothetical protein  30.89 
 
 
395 aa  199  7e-50  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0200  protein of unknown function DUF214  26.26 
 
 
400 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3474  protein of unknown function DUF214  31.44 
 
 
399 aa  160  3e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2015  hypothetical protein  28.78 
 
 
411 aa  144  2e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0449562 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3893  protein of unknown function DUF214  27.64 
 
 
406 aa  135  9e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1922  protein of unknown function DUF214  27.13 
 
 
400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1372  protein of unknown function DUF214  22.3 
 
 
378 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.669142  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0677  ABC transporter, permease protein, putative  21.79 
 
 
387 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.297561  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0067  hypothetical protein  22.86 
 
 
488 aa  68.2  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2168  protein of unknown function DUF214  23.63 
 
 
386 aa  66.6  0.0000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1340  ABC transporter, permease protein  23.26 
 
 
386 aa  63.5  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0895  hypothetical protein  22.04 
 
 
387 aa  60.8  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0198854  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0790  putative ABC transporter permease protein  26.79 
 
 
371 aa  59.7  0.00000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.119405 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2932  hypothetical protein  28.45 
 
 
390 aa  59.3  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.0000965565  normal  0.65467 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0065  hypothetical protein  27.7 
 
 
381 aa  58.2  0.0000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395417  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2074  protein of unknown function DUF214  22.78 
 
 
405 aa  57.8  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2385  hypothetical protein  22.01 
 
 
387 aa  57.4  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00156944  normal  0.95956 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1894  protein of unknown function DUF214  21.47 
 
 
385 aa  55.8  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3618  protein of unknown function DUF214  23.86 
 
 
414 aa  55.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.198201  normal  0.648782 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0082  hypothetical protein  22.72 
 
 
386 aa  55.1  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2054  protein of unknown function DUF214  23.3 
 
 
386 aa  55.5  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.01978e-17 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7003  protein of unknown function DUF214  32.33 
 
 
423 aa  54.3  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00437024  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1577  protein of unknown function DUF214  23.04 
 
 
401 aa  54.7  0.000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.340093  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1794  hypothetical protein  22.58 
 
 
388 aa  53.5  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0173513  normal  0.533116 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0457  protein of unknown function DUF214  25 
 
 
866 aa  53.1  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.306104  normal  0.015476 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3722  ABC transporter related  28.57 
 
 
779 aa  52.4  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1177  protein of unknown function DUF214  25.21 
 
 
484 aa  52.8  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000214205 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1553  hypothetical protein  23.58 
 
 
386 aa  51.2  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2195  hypothetical protein  22 
 
 
389 aa  51.2  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.264463 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3643  hypothetical protein  22.46 
 
 
386 aa  50.8  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0049  hypothetical protein  22.64 
 
 
397 aa  51.2  0.00004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1564  hypothetical protein  24.51 
 
 
397 aa  50.1  0.00006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4471  hypothetical protein  26.92 
 
 
421 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1857  ABC transporter related  25 
 
 
885 aa  50.1  0.00007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0462324  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1776  hypothetical protein  27.5 
 
 
383 aa  49.7  0.00009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0193  hypothetical protein  22.61 
 
 
413 aa  49.3  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00183424  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0653  hypothetical protein  22.99 
 
 
407 aa  49.3  0.0001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0681  permease, putative  25.96 
 
 
421 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3394  hypothetical protein  21.24 
 
 
421 aa  48.5  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.453261  normal  0.276031 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0541  hypothetical protein  25.62 
 
 
421 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0059  hypothetical protein  27.74 
 
 
397 aa  48.9  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0096  protein of unknown function DUF214  23.33 
 
 
813 aa  48.5  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0269  protein of unknown function DUF214  24.41 
 
 
430 aa  48.5  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.36794 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0506  hypothetical protein  25.62 
 
 
421 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0682613  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1812  putative permease  25.56 
 
 
412 aa  47.8  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.971161  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3715  protein of unknown function DUF214  24.5 
 
 
852 aa  47.8  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.713812  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1446  protein of unknown function DUF214  22.35 
 
 
398 aa  47.8  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.577785  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0697  protein of unknown function DUF214  26.46 
 
 
401 aa  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0218  protein of unknown function DUF214  24.39 
 
 
379 aa  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.181881 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0770  hypothetical protein  27.48 
 
 
425 aa  48.1  0.0003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.534854  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0551  hypothetical protein  25.31 
 
 
421 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.706049 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2989  hypothetical protein  24.58 
 
 
397 aa  47.4  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32350  predicted ABC-type transport system involved in lysophospholipase L1 biosynthesis, permease component  20.81 
 
 
861 aa  47.8  0.0004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.490585 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26210  ABC-type antimicrobial peptide transport system, ATPase component  25.98 
 
 
919 aa  47.4  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.443044  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0200  hypothetical protein  27.71 
 
 
391 aa  47.8  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01070  ABC-type antimicrobial peptide transport system, ATPase component  22.89 
 
 
1207 aa  47.8  0.0004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0704  hypothetical protein  25.83 
 
 
423 aa  47.4  0.0005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2811  hypothetical protein  23.6 
 
 
422 aa  47.4  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.597769  normal  0.679954 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1822  hypothetical protein  28.71 
 
 
408 aa  47.4  0.0005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.368625  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3419  hypothetical protein  30 
 
 
821 aa  47.4  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.319511  normal  0.0789128 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2964  protein of unknown function DUF214  34.21 
 
 
415 aa  47.4  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0036613 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0078  hypothetical protein  23.94 
 
 
404 aa  47  0.0006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000923125  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20480  ABC-type transport system, involved in lipoprotein release, permease component  29.27 
 
 
835 aa  47  0.0006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0759  macrolide-specific ABC-type efflux carrier  29.37 
 
 
641 aa  47  0.0006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.043367  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1363  hypothetical protein  24.08 
 
 
381 aa  46.6  0.0007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.222862  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1563  protein of unknown function DUF214  25.21 
 
 
420 aa  47  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0307  hypothetical protein  22.46 
 
 
410 aa  45.8  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.682528  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0146  hypothetical protein  22.05 
 
 
401 aa  45.8  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1006  hypothetical protein  26.5 
 
 
401 aa  45.8  0.001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4472  protein of unknown function DUF214  25.81 
 
 
859 aa  46.2  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0220673  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0455  protein of unknown function DUF214  23.81 
 
 
849 aa  46.2  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1047  protein of unknown function DUF214  22.83 
 
 
401 aa  45.8  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.60518  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0122  protein of unknown function DUF214  24.75 
 
 
845 aa  45.8  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00908006  hitchhiker  0.000145231 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2906  protein of unknown function DUF214  28.34 
 
 
304 aa  46.2  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02570  ABC-type antimicrobial peptide transport system, permease component  23.66 
 
 
417 aa  46.2  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000358315  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3218  permease, putative  20.86 
 
 
850 aa  45.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.479064  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3445  hypothetical protein  23.17 
 
 
389 aa  45.4  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000000235465  normal  0.187048 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0390  protein of unknown function DUF214  23.1 
 
 
406 aa  45.1  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0936  protein of unknown function DUF214  24.14 
 
 
793 aa  45.1  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.146106  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1517  hypothetical protein  23.94 
 
 
851 aa  45.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0456  protein of unknown function DUF214  28.57 
 
 
412 aa  45.4  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3833  hypothetical protein  21.28 
 
 
401 aa  45.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3850  hypothetical protein  21.28 
 
 
401 aa  45.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.17644  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1918  hypothetical protein  21.28 
 
 
401 aa  45.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1450  protein of unknown function DUF214  24.85 
 
 
789 aa  45.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.264856  normal  0.706049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2684  hypothetical protein  21.28 
 
 
401 aa  45.1  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.613809  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5006  protein of unknown function DUF214  27.45 
 
 
857 aa  45.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.624438  normal  0.0207603 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3228  permease, putative  20.86 
 
 
794 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.701051  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2953  protein of unknown function DUF214  25.42 
 
 
406 aa  45.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0879098 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1251  protein of unknown function DUF214  24.51 
 
 
386 aa  45.1  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.859867  normal  0.288925 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2646  ABC transporter, permease component  24.27 
 
 
374 aa  44.7  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1825  hypothetical protein  20.78 
 
 
424 aa  44.7  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2759  hypothetical protein  23.9 
 
 
854 aa  44.7  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.732322  normal  0.0170519 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1658  hypothetical protein  23.42 
 
 
850 aa  44.7  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1348  protein of unknown function DUF214  26.67 
 
 
846 aa  44.7  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>