More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1224 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1224  50S ribosomal protein L35P  100 
 
 		 65 aa  121  3e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000287397  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2145  50S ribosomal protein L35  64.06 
 
 		 65 aa  83.2  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000037882  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1857  50S ribosomal protein L35  64.06 
 
 		 65 aa  83.2  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000905032  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1091  50S ribosomal protein L35  62.5 
 
 		 64 aa  80.9  0.000000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000360763  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3755  ribosomal protein L35  55.38 
 
 		 65 aa  79.7  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00241542 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1871  ribosomal protein L35  64.06 
 
 		 65 aa  79  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000188111  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1614  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 		 64 aa  77  0.00000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000148702  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0448  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 		 65 aa  77  0.00000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000139111  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1908  ribosomal protein L35  58.06 
 
 		 66 aa  77  0.00000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2626  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 		 65 aa  77  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000318579  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0365  50S ribosomal protein L35P  51.56 
 
 		 65 aa  77  0.00000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000290331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1822  LSU ribosomal protein L35P  64.06 
 
 		 64 aa  76.6  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000209842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0045  ribosomal protein L35  53.12 
 
 		 65 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1420  ribosomal protein L35  56.25 
 
 		 65 aa  75.9  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000490106  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2053  50S ribosomal protein L35  57.81 
 
 		 65 aa  75.5  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471288  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0523  ribosomal protein L35  60.34 
 
 		 66 aa  74.7  0.0000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.0000000250837  unclonable  0.0000000265454 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1517  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 		 65 aa  74.3  0.0000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00941946  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2228  ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  73.6  0.0000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00277145 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1992  ribosomal protein L35  58.46 
 
 		 65 aa  73.6  0.0000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.709618  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0714  50S ribosomal protein L35P  56.25 
 
 		 79 aa  72.8  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.391408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1644a  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 		 64 aa  73.6  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00277503  normal  0.0564408 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2995  ribosomal protein L35  53.12 
 
 		 66 aa  72.8  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1234  ribosomal protein L35  56.9 
 
 		 65 aa  72.4  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000264492  normal  0.0861149 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2217  ribosomal protein L35  58.06 
 
 		 64 aa  72.4  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0577163 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0216  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 		 65 aa  71.6  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000459393  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0766  50S ribosomal protein L35  51.56 
 
 		 65 aa  72  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0426  ribosomal protein L35  53.12 
 
 		 65 aa  71.6  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000276792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1312  ribosomal protein L35  53.85 
 
 		 65 aa  71.2  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000103845  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0914  ribosomal protein L35  49.23 
 
 		 65 aa  71.2  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1413  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 		 65 aa  71.2  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000696271  normal  0.451536 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05730  LSU ribosomal protein L35P  56.9 
 
 		 65 aa  71.2  0.000000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000571086  normal  0.0115615 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15190  LSU ribosomal protein L35P  62.07 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00179087  normal  0.120131 
 
 
-
 
NC_002950  PG0990  50S ribosomal protein L35  56.45 
 
 		 65 aa  70.1  0.000000000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3521  50S ribosomal protein L35P  53.12 
 
 		 65 aa  69.7  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0090517  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2001  50S ribosomal protein L35P  55.56 
 
 		 65 aa  69.3  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0130394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2306  ribosomal protein L35  52.31 
 
 		 65 aa  69.3  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0184658  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0621  ribosomal protein L35  50 
 
 		 68 aa  68.6  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1142  50S ribosomal protein L35  50 
 
 		 65 aa  69.3  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000161072  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1205  50S ribosomal protein L35  51.56 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000004157  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2241  50S ribosomal protein L35  46.88 
 
 		 65 aa  68.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00115942  hitchhiker  0.00480689 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2612  50S ribosomal protein L35  46.88 
 
 		 65 aa  68.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0594985  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3023  50S ribosomal protein L35  51.56 
 
 		 65 aa  68.2  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1881  50S ribosomal protein L35  50 
 
 		 65 aa  68.2  0.00000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0387064  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2659  ribosomal protein L35  53.23 
 
 		 66 aa  67.8  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000049252  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1757  50S ribosomal protein L35P  47.69 
 
 		 66 aa  67.4  0.00000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000556581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2675  50S ribosomal protein L35  50 
 
 		 65 aa  67.4  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.227493 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1223  ribosomal protein L35  61.11 
 
 		 64 aa  67  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00194553  hitchhiker  0.00674467 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0709  50S ribosomal protein L35  50 
 
 		 65 aa  67  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000132711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1452  ribosomal protein L35  45.31 
 
 		 65 aa  66.2  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.150894  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0218  ribosomal protein L35  53.85 
 
 		 66 aa  66.2  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3070  ribosomal protein L35  54.84 
 
 		 64 aa  66.6  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22420  LSU ribosomal protein L35P  53.23 
 
 		 64 aa  65.5  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05600  ribosomal protein L35  71.43 
 
 		 57 aa  65.9  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000612539  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0725  ribosomal protein L35  50 
 
 		 65 aa  65.9  0.0000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00316856  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1747  50S ribosomal protein L35  50 
 
 		 67 aa  65.9  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00635626 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4310  50S ribosomal protein L35  43.75 
 
 		 65 aa  65.1  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2140  ribosomal protein L35  53.23 
 
 		 71 aa  65.5  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00205764  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0535  ribosomal protein L35  52.31 
 
 		 66 aa  65.1  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000240133  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1665  50S ribosomal protein L35  43.75 
 
 		 65 aa  64.3  0.0000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2018  50S ribosomal protein L35  48.44 
 
 		 65 aa  64.7  0.0000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01385  50S ribosomal protein L35  48.44 
 
 		 65 aa  64.3  0.0000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0799  50S ribosomal protein L35  50 
 
 		 66 aa  63.9  0.0000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2803  50S ribosomal protein L35  48.44 
 
 		 65 aa  63.9  0.0000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2399  ribosomal protein L35  53.97 
 
 		 63 aa  63.9  0.0000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00298171  normal  0.367465 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2857  50S ribosomal protein L35  48.44 
 
 		 67 aa  63.9  0.0000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.20359  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1243  50S ribosomal protein L35  44.62 
 
 		 66 aa  63.5  0.0000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000143813  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2097  50S ribosomal protein L35  46.88 
 
 		 65 aa  63.5  0.0000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2034  hypothetical protein  47.62 
 
 		 123 aa  62.8  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0230  50S ribosomal protein L35  50 
 
 		 66 aa  62.8  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2119  50S ribosomal protein L35  47.62 
 
 		 66 aa  63.5  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0517001  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0561  hypothetical protein  50 
 
 		 64 aa  62.8  0.000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0100298 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1338  ribosomal protein L35  49.21 
 
 		 73 aa  63.2  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2754  50S ribosomal protein L35  48.44 
 
 		 65 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.10263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4614  50S ribosomal protein L35  50 
 
 		 67 aa  63.5  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.247052  normal  0.0110084 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0026  50S ribosomal protein L35  54.84 
 
 		 65 aa  62.4  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2852  50S ribosomal protein L35  49.21 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0103934 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0801  50S ribosomal protein L35  46.03 
 
 		 66 aa  62.8  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1008  50S ribosomal protein L35  48.44 
 
 		 65 aa  62.8  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3168  ribosomal protein L35  53.23 
 
 		 64 aa  62.8  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.422818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0982  50S ribosomal protein L35  48.44 
 
 		 65 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0841883 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0695  ribosomal protein L35  43.75 
 
 		 65 aa  62  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0980955  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1450  50S ribosomal protein L35  50.79 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5554  50S ribosomal protein L35  51.61 
 
 		 66 aa  62  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.089487  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2398  50S ribosomal protein L35  50.79 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.35653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1104  ribosomal protein L35  50 
 
 		 64 aa  61.6  0.000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.124943  normal  0.863123 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5321  50S ribosomal protein L35  51.61 
 
 		 66 aa  62  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.059102 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1729  50S ribosomal protein L35  48.39 
 
 		 64 aa  62  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00486125  hitchhiker  0.0014444 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2104  50S ribosomal protein L35  47.62 
 
 		 67 aa  62  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365417  normal  0.232505 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02483  50S ribosomal protein L35  45.31 
 
 		 65 aa  62  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00760288  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1625  ribosomal protein L35  50 
 
 		 64 aa  62  0.000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.516266 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3042  50S ribosomal protein L35  55.56 
 
 		 65 aa  61.2  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173164  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1909  50S ribosomal protein L35  51.56 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.35343 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1009  50S ribosomal protein L35P  43.75 
 
 		 65 aa  61.2  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0922518  hitchhiker  0.0085078 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3152  50S ribosomal protein L35  51.56 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1627  50S ribosomal protein L35  51.56 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0528958  hitchhiker  0.00478597 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1872  ribosomal protein L35  49.21 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742216  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0489  ribosomal protein L35  46.88 
 
 		 65 aa  61.2  0.000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351657  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1373  50S ribosomal protein L35  46.88 
 
 		 65 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2497  50S ribosomal protein L35  45.31 
 
 		 65 aa  61.6  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00340395  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0114  50S ribosomal protein L35  51.61 
 
 		 63 aa  61.2  0.000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>