More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0903 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0903  protein translocase subunit secF  100 
 
 		 318 aa  637    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000021842  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0537  protein-export membrane protein SecF  46.91 
 
 		 327 aa  272  6e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000416815  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0626  protein-export membrane protein SecF  39.25 
 
 		 310 aa  219  5e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000549124  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1463  preprotein translocase subunit SecF  39.56 
 
 		 303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000137336  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1907  preprotein translocase subunit SecF  39.87 
 
 		 289 aa  206  5e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0418717  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2196  preprotein translocase subunit SecF  39.54 
 
 		 289 aa  203  4e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1690  preprotein translocase subunit SecF  36.09 
 
 		 310 aa  193  4e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.113213  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1670  preprotein translocase subunit SecF  38.01 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00270917  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1424  preprotein translocase subunit SecF  36.66 
 
 		 280 aa  183  4.0000000000000006e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000449698  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2432  preprotein translocase subunit SecF  38.12 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.604218  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12250  protein-export membrane protein SecF  36 
 
 		 286 aa  180  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000312155  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1271  preprotein translocase subunit SecF  35.65 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1891  preprotein translocase subunit SecF  36.96 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000401903  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  33.86 
 
 		 735 aa  178  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1355  preprotein translocase subunit SecF  33.86 
 
 		 293 aa  175  8e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1785  preprotein translocase subunit SecF  36.56 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00817769 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0716  SecD/SecF family protein-export membrane protein  36.12 
 
 		 734 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000203356  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4258  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.54 
 
 		 755 aa  171  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2616  preprotein translocase subunit SecF  34.62 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0855  preprotein translocase subunit SecF  35.44 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2513  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.56 
 
 		 750 aa  169  6e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000183584  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1797  preprotein translocase subunit SecF  33.75 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1124  preprotein translocase subunit SecF  35.35 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0705  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.69 
 
 		 754 aa  166  5e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2336  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.23 
 
 		 759 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217617  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.38 
 
 		 754 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4306  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.38 
 
 		 754 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4530  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.38 
 
 		 754 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.566924  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4641  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.38 
 
 		 754 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0997  preprotein translocase subunit SecF  34.6 
 
 		 322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1719  preprotein translocase subunit SecF  37.66 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4545  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.38 
 
 		 754 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4155  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.7 
 
 		 754 aa  162  6e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0072  preprotein translocase subunit SecF  35.53 
 
 		 323 aa  162  7e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0014  preprotein translocase subunit SecF  34.57 
 
 		 311 aa  162  7e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00246116  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0935  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.3 
 
 		 750 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.01 
 
 		 759 aa  162  9e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1727  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.01 
 
 		 759 aa  162  9e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.347489  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0631  preprotein translocase subunit SecF  36.74 
 
 		 323 aa  162  9e-39  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1235  preprotein translocase subunit SecF  36.04 
 
 		 323 aa  161  1e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.178131  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.21 
 
 		 785 aa  161  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1110  preprotein translocase subunit SecF  36.04 
 
 		 323 aa  161  1e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0562  protein-export membrane protein SecF  35.11 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.21 
 
 		 785 aa  161  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1489  preprotein translocase subunit SecF  32.08 
 
 		 325 aa  161  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.921272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1286  protein-export membrane protein SecF  34.92 
 
 		 305 aa  161  2e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.115107  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4144  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.07 
 
 		 754 aa  160  3e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0540  preprotein translocase subunit SecF  30.43 
 
 		 361 aa  160  3e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0258314 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2101  protein-export membrane protein SecF  32.5 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.116132  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4491  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.07 
 
 		 754 aa  160  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000282789 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1115  protein-export membrane protein SecF  34.26 
 
 		 302 aa  159  4e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0027  preprotein translocase subunit SecF  34.38 
 
 		 310 aa  159  5e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0113  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.49 
 
 		 991 aa  159  6e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.758548 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1238  preprotein translocase subunit SecF  34.56 
 
 		 304 aa  158  9e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.132934  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3127  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.62 
 
 		 752 aa  159  9e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1289  preprotein translocase subunit SecF  34.56 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000106623  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2885  preprotein translocase subunit SecF  32.49 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2443  preprotein translocase subunit SecF  33.05 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000105757  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1201  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.94 
 
 		 763 aa  157  2e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.732454  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0013  preprotein translocase subunit SecF  35.67 
 
 		 311 aa  156  3e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000001158  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0008  preprotein translocase subunit SecF  34.69 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.748405  normal  0.104556 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0708  preprotein translocase subunit SecF  32.41 
 
 		 323 aa  156  5.0000000000000005e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0013  preprotein translocase subunit SecF  34.78 
 
 		 309 aa  155  8e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245212 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1904  protein-export membrane protein SecF  35.2 
 
 		 302 aa  155  8e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.15 
 
 		 995 aa  155  1e-36  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0475  preprotein translocase subunit SecF  34.34 
 
 		 323 aa  155  1e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2185  protein-export membrane protein SecF  35.05 
 
 		 312 aa  155  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2008  preprotein translocase subunit SecF  35 
 
 		 313 aa  153  4e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1341  protein-export membrane protein SecF  32.9 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0673  preprotein translocase subunit SecF  33.11 
 
 		 299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.392414  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0682  protein-export membrane protein SecF  31.01 
 
 		 357 aa  152  7e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1928  preprotein translocase subunit SecF  31.03 
 
 		 367 aa  152  8.999999999999999e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08751  putative protein-export transmembrane SecDF protein  30.91 
 
 		 1001 aa  152  1e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392094  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0504  preprotein translocase subunit SecF  35.71 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.300197  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1340  preprotein translocase subunit SecF  31.27 
 
 		 414 aa  151  1e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.265736  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12600  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  32.36 
 
 		 977 aa  151  2e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1981  preprotein translocase subunit SecF  34.46 
 
 		 305 aa  149  4e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1976  preprotein translocase subunit SecF  34.46 
 
 		 305 aa  149  4e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3221  protein-export membrane protein SecD  32.99 
 
 		 761 aa  149  4e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.390214  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0012  preprotein translocase subunit SecF  34.28 
 
 		 308 aa  150  4e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000296376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0080  protein-export membrane protein SecF  33.23 
 
 		 317 aa  149  5e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3211  preprotein translocase subunit SecF  35 
 
 		 310 aa  149  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.828599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0034  preprotein translocase subunit SecF  33.95 
 
 		 311 aa  149  8e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3331  preprotein translocase subunit SecF  33.22 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0935512  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3993  preprotein translocase subunit SecF  32.69 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.117459  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3211  protein translocase subunit secF  34.06 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0866  preprotein translocase subunit SecF  34 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222243  normal  0.607881 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0984  protein-export membrane protein SecD  34.84 
 
 		 900 aa  148  1.0000000000000001e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.583326 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0702  preprotein translocase subunit SecF  32.27 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.686375  normal  0.807805 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3374  preprotein translocase subunit SecF  33.23 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1275  preprotein translocase subunit SecF  33.23 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0687  preprotein translocase subunit SecF  33.55 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0879  preprotein translocase subunit SecF  33.67 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0954141 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0235  preprotein translocase subunit SecF  33.55 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3365  preprotein translocase subunit SecF  33.23 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0719  preprotein translocase subunit SecF  33.55 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2570  preprotein translocase subunit SecF  33.33 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1162  preprotein translocase subunit SecF  33.33 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.954336  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0300  preprotein translocase subunit SecF  33.33 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0066  protein-export membrane protein SecF  34.56 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>