85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0340 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0340  ferredoxin  100 
 
 		 122 aa  247  3e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000592647  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2234  ferredoxin  69.23 
 
 		 123 aa  174  4e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1297  hypothetical protein  66.39 
 
 		 129 aa  162  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2140  hypothetical protein  61.54 
 
 		 121 aa  145  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3803  hypothetical protein  56.78 
 
 		 123 aa  139  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0098  ferredoxin-like protein  44.26 
 
 		 124 aa  116  9e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000332289 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1718  NADH dehydrogenase (quinone)  43.59 
 
 		 619 aa  108  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.081204  normal  0.595114 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0918  NADP-reducing hydrogenase, subunit B  43.75 
 
 		 123 aa  108  3e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0174  NADP-reducing hydrogenase, subunit B  40.34 
 
 		 119 aa  106  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0994  ferredoxin-like protein  37.19 
 
 		 126 aa  98.2  3e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0934  ferredoxin-like protein  39.34 
 
 		 126 aa  95.9  2e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1171  ferredoxin-like protein  35.25 
 
 		 125 aa  95.9  2e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0912  ferredoxin-like protein  39.34 
 
 		 126 aa  95.9  2e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0148  NADP-reducing hydrogenase chain B  35.2 
 
 		 134 aa  77  0.00000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0834  NADH dehydrogenase I, F subunit  39.29 
 
 		 617 aa  71.6  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3505  NADH dehydrogenase (quinone)  41.67 
 
 		 619 aa  70.5  0.000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.960223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1248  NADH dehydrogenase (quinone)  40.43 
 
 		 604 aa  68.2  0.00000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.600832  normal  0.0289049 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1274  NADH dehydrogenase (quinone)  33.98 
 
 		 562 aa  62.8  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.651709 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2099  NADH dehydrogenase (quinone)  36.56 
 
 		 634 aa  59.7  0.00000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0860011  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1845  NADP-reducing hydrogenase chain B  32.43 
 
 		 127 aa  59.7  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0657  NADH dehydrogenase (quinone)  28.12 
 
 		 590 aa  59.3  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.210561  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1603  NADP-reducing hydrogenase chain B  32.11 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0913  NADH dehydrogenase (quinone)  41.77 
 
 		 607 aa  58.5  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0935  NADH dehydrogenase (quinone)  41.77 
 
 		 607 aa  58.5  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0914  NADH:ubiquinone oxidoreductase, NADH-binding (51 kD) subunit  31.82 
 
 		 571 aa  58.5  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0725  NADH dehydrogenase (quinone)  31.15 
 
 		 124 aa  58.2  0.00000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0099  NADH dehydrogenase (quinone)  37.35 
 
 		 597 aa  57.4  0.00000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.953797  hitchhiker  0.000000556523 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0993  NADH dehydrogenase (quinone)  39.29 
 
 		 610 aa  57.4  0.00000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0343  NADH dehydrogenase I, F subunit  33.33 
 
 		 591 aa  55.8  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1170  NADH dehydrogenase (quinone)  39.53 
 
 		 602 aa  55.5  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4239  NADH dehydrogenase (quinone)  34.78 
 
 		 593 aa  55.1  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3830  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  30.16 
 
 		 677 aa  55.1  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1635  NADP-reducing hydrogenase chain B  28.44 
 
 		 127 aa  54.3  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000061136  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0149  NADH dehydrogenase (quinone)  39.76 
 
 		 596 aa  53.9  0.0000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0845  NADH dehydrogenase (quinone)  29.66 
 
 		 572 aa  53.9  0.0000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3350  NADH dehydrogenase I, F subunit  32.56 
 
 		 591 aa  53.1  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.50901  normal  0.051471 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1338  NADH dehydrogenase (quinone)  32.73 
 
 		 572 aa  52  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3517  NADP-reducing hydrogenase, subunit B  29.73 
 
 		 127 aa  52.4  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2139  NADH dehydrogenase (quinone)  37.66 
 
 		 596 aa  50.8  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.306565  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0472  NADH dehydrogenase (quinone)  32.94 
 
 		 594 aa  51.2  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.524488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3133  NADH dehydrogenase (quinone)  34.09 
 
 		 590 aa  51.2  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.846536  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0256  ferredoxin, 2Fe-2S  34.62 
 
 		 108 aa  50.1  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0157  NADH dehydrogenase (quinone)  36.14 
 
 		 626 aa  48.9  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0554  ferredoxin, 2Fe-2S  41.18 
 
 		 102 aa  48.9  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.279264 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06320  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 51 kDa subunit  36.14 
 
 		 594 aa  48.9  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000903471  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01520  nitrogen fixation (2Fe-2S) ferredoxin (Shethna I protein) , FeS1  38.96 
 
 		 107 aa  48.1  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5882  ferredoxin, 2Fe-2S (AaFd4)  29.87 
 
 		 120 aa  48.1  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141586  normal  0.60259 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0844  NADH dehydrogenase (quinone)  30.51 
 
 		 562 aa  48.1  0.00004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0257852  normal  0.19292 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  28.41 
 
 		 588 aa  48.1  0.00004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3574  ferredoxin, 2Fe-2S (AaFd4)  31.88 
 
 		 110 aa  47.8  0.00006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0548526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0173  NADH dehydrogenase (quinone)  34.52 
 
 		 597 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3804  NADH dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 		 595 aa  46.2  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0566  putative ferredoxin 2Fe-2S protein  36.9 
 
 		 108 aa  47  0.0001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3291  NADH dehydrogenase (quinone)  30.77 
 
 		 575 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2721  NAD-reducing hydrogenase, alpha subunit  30.95 
 
 		 570 aa  45.8  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2332  ferredoxin, 2Fe-2S (AaFd4)  27.27 
 
 		 117 aa  46.2  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4005  NADH dehydrogenase (quinone)  28.42 
 
 		 593 aa  45.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42089e-25 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1485  ferredoxin, 2Fe-2S  33.73 
 
 		 109 aa  45.8  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.992354 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1298  NADH dehydrogenase (quinone)  35.29 
 
 		 598 aa  46.2  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0095  NADH dehydrogenase (quinone)  30.69 
 
 		 535 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.693174 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1450  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  33.65 
 
 		 636 aa  44.7  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101445  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0919  NADH dehydrogenase (quinone)  28.09 
 
 		 596 aa  44.3  0.0005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0098  NADH dehydrogenase (quinone)  30.69 
 
 		 535 aa  44.7  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3921  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  27.37 
 
 		 593 aa  44.3  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1318  NADH dehydrogenase (quinone)  29.57 
 
 		 626 aa  44.3  0.0006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1368  NADH dehydrogenase (quinone)  29.57 
 
 		 626 aa  44.3  0.0006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1489  NADH dehydrogenase (quinone)  26.26 
 
 		 570 aa  43.9  0.0007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1031  ferredoxin, 2Fe-2S  35.14 
 
 		 102 aa  43.9  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1652  NADH dehydrogenase (quinone)  25.6 
 
 		 569 aa  43.9  0.0008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0208295  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2080  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  33.93 
 
 		 635 aa  43.9  0.0008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0310665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3600  NADH dehydrogenase (quinone)  26.14 
 
 		 614 aa  43.1  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0205  hypothetical protein  33.73 
 
 		 204 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.247949  normal  0.166868 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_635  [Fe] hydrogenase, HymB subunit  30.36 
 
 		 626 aa  42.4  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2804  NADH dehydrogenase (quinone)  32.69 
 
 		 636 aa  42.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.260588 
 
 
-
 
NC_002936  DET0729  [Fe] hydrogenase, HymB subunit, putative  30.36 
 
 		 623 aa  42.4  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0047  ferredoxin, 2Fe-2S  36.11 
 
 		 103 aa  42.7  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000617447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1545  NADH dehydrogenase (quinone)  26.67 
 
 		 668 aa  42.7  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.793702  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2241  hypothetical protein  27.06 
 
 		 109 aa  42  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.522672 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1110  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  26.37 
 
 		 569 aa  41.6  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.163971 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0989  NADH dehydrogenase (quinone)  27.71 
 
 		 516 aa  41.6  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2621  putative ferredoxin  35.48 
 
 		 132 aa  41.2  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2713  NADH dehydrogenase (quinone)  26.5 
 
 		 552 aa  40.8  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1149  ferredoxin, 2Fe-2S  33.33 
 
 		 102 aa  40.4  0.008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.206142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0341  NADH dehydrogenase (quinone)  32.14 
 
 		 597 aa  40.4  0.008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.024737  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0624  NADH dehydrogenase (quinone)  27.52 
 
 		 614 aa  40.4  0.009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000168904  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>