81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0074 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0074  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 		 63 aa  127  5.0000000000000004e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4716  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50 
 
 		 176 aa  54.3  0.0000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4602  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  50 
 
 		 176 aa  54.3  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4795  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  48.84 
 
 		 171 aa  50.1  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.568094  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4778  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  48.84 
 
 		 171 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1506  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit sigma24 -like protein  52.38 
 
 		 196 aa  48.9  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.0000688953  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4490  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.84 
 
 		 181 aa  49.3  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4772  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  48.84 
 
 		 171 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.336986  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4409  RNA polymerase sigma-70 factor  48.84 
 
 		 171 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4798  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  48.84 
 
 		 181 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4558  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  46.51 
 
 		 181 aa  47.4  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4913  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  46.51 
 
 		 181 aa  47.4  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.608282  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1532  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  63.89 
 
 		 189 aa  47.4  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4243  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.45 
 
 		 175 aa  46.6  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4104  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.06 
 
 		 171 aa  45.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.495485  normal  0.0202864 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9032  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.28 
 
 		 173 aa  45.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.562592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0211  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48 
 
 		 169 aa  45.4  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00192658  normal  0.01077 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3852  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.51 
 
 		 170 aa  45.1  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5652  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.62 
 
 		 166 aa  44.3  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6762  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.48 
 
 		 181 aa  44.7  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.517442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0346  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.16 
 
 		 181 aa  44.3  0.0006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3783  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  45.28 
 
 		 198 aa  43.9  0.0007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.374124  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2966  RNA polymerase sigma factor  50 
 
 		 192 aa  43.9  0.0008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000101714 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2970  RNA polymerase sigma factor  50 
 
 		 192 aa  43.9  0.0008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000801574  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2758  RNA polymerase sigma factor  50 
 
 		 192 aa  43.9  0.0008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000734686  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1027  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.73 
 
 		 200 aa  43.5  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_003296  RS02210  RNA polymerase sigma factor  43.14 
 
 		 208 aa  43.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5976  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.74 
 
 		 170 aa  43.5  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.562376 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0147  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42 
 
 		 170 aa  43.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0245  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.28 
 
 		 167 aa  42.4  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3190  RNA polymerase sigma factor  48.72 
 
 		 192 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2266  RNA polymerase sigma factor  48.72 
 
 		 192 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.51 
 
 		 177 aa  42.7  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  50 
 
 		 213 aa  42.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1389  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.35 
 
 		 168 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0100  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.86 
 
 		 175 aa  42.7  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.200725  normal  0.0299825 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  50 
 
 		 211 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2195  RNA polymerase sigma factor  48.72 
 
 		 192 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120469  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  50 
 
 		 211 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1613  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.92 
 
 		 221 aa  41.6  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1921  RNA polymerase sigma factor  48.72 
 
 		 192 aa  41.6  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.5 
 
 		 203 aa  42  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0297  RNA polymerase sigma factor  40.91 
 
 		 188 aa  42  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240758 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0712  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  46.34 
 
 		 159 aa  41.6  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0820498  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3027  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.75 
 
 		 181 aa  42  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.296349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7267  transcriptional regulator, LuxR family  45.24 
 
 		 172 aa  41.6  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.45 
 
 		 177 aa  41.6  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1966  RNA polymerase sigma factor  48.72 
 
 		 192 aa  41.6  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8352  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.91 
 
 		 173 aa  41.2  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8307  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.22 
 
 		 239 aa  41.2  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1945  RNA polymerase sigma factor  48.72 
 
 		 192 aa  41.6  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0207098  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2148  RNA polymerase sigma factor  48.72 
 
 		 192 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2124  RNA polymerase sigma factor  48.72 
 
 		 192 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1046  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.15 
 
 		 172 aa  41.2  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1958  RNA polymerase sigma factor  48.72 
 
 		 192 aa  41.6  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00853605  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2114  RNA polymerase sigma factor  48.72 
 
 		 192 aa  41.6  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1118  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.18 
 
 		 175 aa  41.2  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.973248 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4892  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.34 
 
 		 202 aa  41.2  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.428217  normal  0.889748 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  47.5 
 
 		 213 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.35 
 
 		 214 aa  40.8  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.82 
 
 		 182 aa  40.8  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6890  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.19 
 
 		 175 aa  40.8  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  47.5 
 
 		 183 aa  40.8  0.006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0523  RNA polymerase sigma-70 factor  36.54 
 
 		 191 aa  40.8  0.006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.543899  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0539  RNA polymerase sigma-70 factor  36.54 
 
 		 187 aa  40.8  0.006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133113  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.64 
 
 		 178 aa  40.8  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1055  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40 
 
 		 167 aa  40.8  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.395851 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2966  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.78 
 
 		 181 aa  40.8  0.007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0460373 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0644  RNA polymerase sigma factor SigY  41.67 
 
 		 176 aa  40.8  0.007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0078  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.18 
 
 		 203 aa  40.4  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.484067 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09630  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  36.54 
 
 		 183 aa  40.4  0.008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.229524 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  45 
 
 		 190 aa  40.4  0.008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.22 
 
 		 195 aa  40.4  0.008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3022  putative RNA polymerase sigma factor  48.65 
 
 		 175 aa  40.4  0.008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0900  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.84 
 
 		 191 aa  40.4  0.008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.581812  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6117  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.3 
 
 		 170 aa  40.4  0.009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3700  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  41.86 
 
 		 177 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000123612  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6922  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.5 
 
 		 192 aa  40.4  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3600  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  41.86 
 
 		 177 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.66826e-17 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3349  RNA polymerase ECF-type sigma factor  41.86 
 
 		 177 aa  40.4  0.009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.28705e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0863  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.25 
 
 		 190 aa  40  0.01  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  4.44823e-21  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>