112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0062 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0062  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0063  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  168  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0086  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  167  5e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.378994  normal  0.691474 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0072  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0075  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000964905  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0015  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211944 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1969  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0036  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.977915  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2520  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000455871  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0033  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000096858  normal  0.831114 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0082  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00186312  normal  0.0281447 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0086  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1748  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.487544  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0144  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00805168  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1797  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0101943  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1815  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1022  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0362135  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0018  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.123501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0003  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277294  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt10  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1614  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0991  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0026  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.344693  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0027  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0036  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.230012  normal  0.790911 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0064  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0065  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0069  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202771  hitchhiker  0.000000827914 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0023  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00937245  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0077  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1968  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0051  tRNA-Leu  90 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000888669  normal  0.130057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0052  tRNA-Leu  90 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000145228  normal  0.134982 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0053  tRNA-Leu  90 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000187871  normal  0.436888 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2521  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000206835  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0032  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000233164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0025  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0680936  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0038  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0028  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0191582  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0029  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00220383  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0030  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00192839  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0043  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.002346  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0044  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00489579  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0045  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481349  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65210  tRNA-Leu  90 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65220  tRNA-Leu  90 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0041  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00498551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0042  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00146649  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0043  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00579317  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1753  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0142  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0162702  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1796  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0107643  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1814  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1024  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00686094  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0038  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5665  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5666  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0041  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.603186  normal  0.0670034 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0042  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00515288  normal  0.0896861 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0043  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0955991  normal  0.0560674 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0043  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00336489  normal  0.0463602 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0044  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00713145  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0045  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0150342  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0043  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.100426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0044  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.143319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0045  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0249109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0057  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0058  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.031722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0017  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.192855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0002  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0422651  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60600  tRNA-Leu  90 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60590  tRNA-Leu  90 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t36  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0727385  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA43  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815799  normal  0.0189224 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0072  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0193588  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.27251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.426902  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0005  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0004  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0015  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.984561 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60580  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.223284  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0059  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0099  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu02  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.453597  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0049  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1053  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.161017  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000181775  normal  0.0158723 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000561598  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0051  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0075209  normal  0.504516 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0051  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.361468  hitchhiker  0.00416301 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0058  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000819667  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0005  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  0.341408 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>