189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0056 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0056  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0634  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.323401  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0082  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000269162  normal  0.128864 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0025  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116004  normal  0.383928 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0006  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000413572  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00058  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.293441  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0010  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410025  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3587  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.453688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4496  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00806213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0078  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3660  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0342114  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3551  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3481  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3649  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3481  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.241057  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0071  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.64652  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4701  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000616666  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5072  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000520026  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0012  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313153 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3470  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00513731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna35  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45897  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0002  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0528002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0070  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.187893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0018  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0018  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt50  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 84 bp  54  0.000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.916446 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0019  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.369555  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62800  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 83 bp  54  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.424906  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0065  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5466  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.138574  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4277  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111824  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0018  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.296928  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60360  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 83 bp  54  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3989  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000460311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0051  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00811518  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t016  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000211867  unclonable  0.00000000000316935 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0105  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000142403  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0098  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000435377  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0113  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000302101  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0122  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000473175  decreased coverage  0.0000892077 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0047  tRNA-Leu  86.79 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000366727  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0032    90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.333089  normal  0.311216 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1614  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0031  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362907  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0011  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0552759  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0047  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.279454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0038  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.544461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0035  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0052  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.888943  normal  0.34403 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0022  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.214962  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0035  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0011  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA39  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.220768 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0048  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0074  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0055  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.924042  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0026  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000243318 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0023  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.663839  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0022  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0031  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0017  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000000544187  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309257  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1890  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0058  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0282506 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00069  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000211563  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00086  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0554728  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t13  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 80 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t021  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2520  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000455871  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0750  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0042  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105612  normal  0.123579 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0039  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000274538  hitchhiker  0.00010396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0040  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000655039  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0035  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.114161  normal  0.133958 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0022  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.17393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1748  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.487544  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0144  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00805168  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1797  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0101943  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1815  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1022  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0362135  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0016  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00811405  normal  0.0178437 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5114  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000153961  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0005  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000329783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0028  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.324618 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0066  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.421355 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>