218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_7273 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_7273  protein of unknown function UPF0027  100 
 
 
478 aa  987    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000026234  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2291  protein of unknown function UPF0027  51.18 
 
 
475 aa  465  9.999999999999999e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.607361  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2904  hypothetical protein  52.05 
 
 
470 aa  466  9.999999999999999e-131  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0776011 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3458  hypothetical protein  51.18 
 
 
463 aa  466  9.999999999999999e-131  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.235018  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4745  hypothetical protein  52.47 
 
 
473 aa  460  9.999999999999999e-129  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.256245  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3725  protein of unknown function UPF0027  48.81 
 
 
508 aa  441  9.999999999999999e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.471294 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1492  protein of unknown function UPF0027  49.14 
 
 
512 aa  431  1e-119  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00457459  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0086  protein of unknown function UPF0027  47.08 
 
 
484 aa  415  9.999999999999999e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2835  hypothetical protein  45.69 
 
 
470 aa  373  1e-102  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3385  protein of unknown function UPF0027  47.33 
 
 
462 aa  369  1e-101  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.67035  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0699  protein of unknown function UPF0027  47.63 
 
 
474 aa  335  1e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.142692  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1306  protein of unknown function UPF0027  46.17 
 
 
439 aa  317  4e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000560605 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0205  hypothetical protein  45.8 
 
 
440 aa  300  3e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.044781  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2770  protein of unknown function UPF0027  35.43 
 
 
393 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5290  hypothetical protein  36.22 
 
 
446 aa  183  7e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.130957 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1279  protein of unknown function UPF0027  33.86 
 
 
372 aa  182  1e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000928274  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2009  hypothetical protein  34.55 
 
 
396 aa  178  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0383885  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4508  hypothetical protein  34.45 
 
 
408 aa  176  9.999999999999999e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.314055 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23210  hypothetical protein  36.68 
 
 
398 aa  173  6.999999999999999e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.280562  normal  0.598303 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1411  protein of unknown function UPF0027  34.64 
 
 
395 aa  171  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0164259  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2449  protein of unknown function UPF0027  33.67 
 
 
402 aa  168  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.995987  normal  0.287762 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3081  protein of unknown function UPF0027  33.08 
 
 
409 aa  168  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.278482 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5339  hypothetical protein  35.29 
 
 
384 aa  166  8e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.535527  normal  0.804772 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0273  Fis family transcriptional regulator  32.05 
 
 
398 aa  166  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000862524 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0678  hypothetical protein  32.72 
 
 
412 aa  166  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1357  hypothetical protein  34.31 
 
 
395 aa  164  3e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0858  hypothetical protein  32.69 
 
 
404 aa  163  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00121475 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1934  protein of unknown function UPF0027  32.48 
 
 
410 aa  163  6e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.209355  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0873  hypothetical protein  32.61 
 
 
408 aa  163  7e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0250063  hitchhiker  0.0000000169408 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0530  protein of unknown function UPF0027  34.28 
 
 
393 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4421  protein of unknown function UPF0027  31.41 
 
 
407 aa  162  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0639  hypothetical protein  35.68 
 
 
399 aa  162  1e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.826954  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0576  hypothetical protein  32.47 
 
 
401 aa  162  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0224  RTCB protein  32.04 
 
 
406 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3418  hypothetical protein  33.98 
 
 
393 aa  161  3e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0812  hypothetical protein  31.68 
 
 
391 aa  160  6e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.217299  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2265  protein of unknown function UPF0027  32.99 
 
 
397 aa  160  6e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000176241  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1473  hypothetical protein  31.62 
 
 
410 aa  159  9e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.375634  normal  0.152694 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1716  protein of unknown function UPF0027  34.29 
 
 
390 aa  159  1e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.115138  normal  0.0983851 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0487  protein of unknown function UPF0027  30.1 
 
 
411 aa  159  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3720  conserved protein RtcB  30.65 
 
 
405 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0404  hypothetical protein  30.1 
 
 
411 aa  157  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1475  protein of unknown function UPF0027  35.2 
 
 
384 aa  157  3e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3890  RtcB protein  30.15 
 
 
405 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1193  hypothetical protein  32.82 
 
 
408 aa  157  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3893  protein of unknown function UPF0027  32.63 
 
 
406 aa  157  5.0000000000000005e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3827  hypothetical protein  30.15 
 
 
405 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1946  hypothetical protein  31.91 
 
 
409 aa  157  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1711  protein of unknown function UPF0027  32.54 
 
 
398 aa  157  6e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2130  protein of unknown function UPF0027  33.42 
 
 
398 aa  156  9e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4449  hypothetical protein  32.32 
 
 
395 aa  154  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.317252 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5225  hypothetical protein  31.96 
 
 
404 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.891662  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5869  hypothetical protein  32.29 
 
 
409 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0012  protein of unknown function UPF0027  31.23 
 
 
409 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0498  hypothetical protein  31.55 
 
 
430 aa  154  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60650  hypothetical protein  31.7 
 
 
404 aa  153  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3677  protein of unknown function UPF0027  33.42 
 
 
385 aa  152  8.999999999999999e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03272  hypothetical protein  29.41 
 
 
408 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.103712  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0293  hypothetical protein  29.41 
 
 
408 aa  152  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.973171 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03224  hypothetical protein  29.41 
 
 
408 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0813124  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3618  RtcB protein  29.41 
 
 
408 aa  152  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0293  protein of unknown function UPF0027  29.67 
 
 
408 aa  151  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3119  hypothetical protein  33.8 
 
 
388 aa  151  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1410  protein of unknown function UPF0027  33.25 
 
 
389 aa  152  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0288746 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1051  hypothetical protein  31.09 
 
 
511 aa  151  2e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.738167  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0681  hypothetical protein  31.21 
 
 
472 aa  151  3e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3896  RtcB protein  29.77 
 
 
408 aa  151  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4254  protein of unknown function UPF0027  30.24 
 
 
464 aa  151  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1273  hypothetical protein  30.13 
 
 
409 aa  150  5e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4729  RtcB protein  29.41 
 
 
408 aa  150  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0235  protein of unknown function UPF0027  30.99 
 
 
406 aa  150  7e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5947  hypothetical protein  32.47 
 
 
395 aa  149  8e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.9215  normal  0.0109632 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05440  hypothetical protein  31.87 
 
 
407 aa  149  9e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3701  RtcB protein  29.41 
 
 
408 aa  149  9e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.124467 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0909  protein of unknown function UPF0027  32.55 
 
 
371 aa  149  1.0000000000000001e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2417  hypothetical protein  31.54 
 
 
428 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0769394  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3926  hypothetical protein  32.22 
 
 
407 aa  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.449305  normal  0.0394993 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0013  protein of unknown function UPF0027  30.71 
 
 
407 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0155  protein of unknown function UPF0027  29.8 
 
 
462 aa  149  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00324351  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0875  hypothetical protein  31.2 
 
 
443 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0543  protein of unknown function UPF0027  30.86 
 
 
388 aa  147  4.0000000000000006e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4478  protein of unknown function UPF0027  33.25 
 
 
394 aa  147  5e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00757416 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3801  RtcB protein  29.16 
 
 
408 aa  147  6e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.586783  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4671  hypothetical protein  31.25 
 
 
407 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.653476  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3692  hypothetical protein  31.25 
 
 
407 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3587  hypothetical protein  31.51 
 
 
411 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.588472 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3829  hypothetical protein  32.22 
 
 
407 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5432  hypothetical protein  30.94 
 
 
407 aa  143  7e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1873  hypothetical protein  30.73 
 
 
398 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2130  hypothetical protein  32.72 
 
 
399 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.549422  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1011  hypothetical protein  30.81 
 
 
510 aa  142  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0369421 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1472  hypothetical protein  32.23 
 
 
474 aa  139  1e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2615  protein of unknown function UPF0027  32.72 
 
 
369 aa  138  2e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000177521 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22420  hypothetical protein  27.84 
 
 
447 aa  137  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1426  hypothetical protein  32.07 
 
 
474 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1757  protein of unknown function UPF0027  30.14 
 
 
473 aa  133  6.999999999999999e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1373  protein of unknown function UPF0027  30.57 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000549258  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0823  hypothetical protein  29.95 
 
 
486 aa  131  3e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.521188  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2736  hypothetical protein  28.08 
 
 
395 aa  131  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000182015  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3033  hypothetical protein  27.56 
 
 
395 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000141174  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>