More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6242 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6242  L-serine dehydratase 1  100 
 
 		 482 aa  1002    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.679058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0239  L-serine dehydratase 1  73.42 
 
 		 475 aa  714    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.180472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5758  L-serine dehydratase 1  64.77 
 
 		 475 aa  609  1e-173  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2109  L-serine dehydratase 1  57.77 
 
 		 472 aa  532  1e-150  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4709  L-serine dehydratase 1  57.74 
 
 		 475 aa  526  1e-148  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10673  L-serine dehydratase  54.74 
 
 		 477 aa  501  1e-140  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.436502  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  50.75 
 
 		 458 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  50.32 
 
 		 457 aa  449  1e-125  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  51.17 
 
 		 458 aa  450  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  51.17 
 
 		 469 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  50.53 
 
 		 458 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  48.93 
 
 		 460 aa  441  9.999999999999999e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01946  L-serine dehydratase 1  49.89 
 
 		 457 aa  441  9.999999999999999e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0568801  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  48.73 
 
 		 468 aa  440  9.999999999999999e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  49.47 
 
 		 470 aa  435  1e-121  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  49.79 
 
 		 463 aa  437  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  48.83 
 
 		 458 aa  438  1e-121  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0430  L-serine dehydratase 1  50 
 
 		 465 aa  432  1e-120  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  49.47 
 
 		 458 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  48.63 
 
 		 464 aa  433  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  49.37 
 
 		 462 aa  434  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  50 
 
 		 458 aa  433  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0987  L-serine dehydratase 1  49.68 
 
 		 458 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2603  L-serine dehydratase 1  50.11 
 
 		 473 aa  429  1e-119  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  49.47 
 
 		 459 aa  431  1e-119  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  49.68 
 
 		 458 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  47.36 
 
 		 463 aa  426  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0518  L-serine dehydratase 1  50.64 
 
 		 465 aa  427  1e-118  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.166535  decreased coverage  0.000152397 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3144  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  47.96 
 
 		 458 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3296  L-serine dehydratase  49.79 
 
 		 458 aa  424  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4831  L-serine ammonia-lyase  49.15 
 
 		 462 aa  423  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2570  L-serine dehydratase 1  48.17 
 
 		 458 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  47.45 
 
 		 457 aa  423  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  47.67 
 
 		 455 aa  422  1e-117  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  48.72 
 
 		 458 aa  422  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0395889 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3503  L-serine dehydratase 1  49.36 
 
 		 461 aa  421  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2524  L-serine dehydratase 1  48.83 
 
 		 458 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.418304  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3490  L-serine dehydratase 1  49.58 
 
 		 458 aa  421  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0045  L-serine dehydratase  49.68 
 
 		 461 aa  420  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.388959 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1942  L-serine dehydratase 1  48.83 
 
 		 458 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0383387  normal  0.499337 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2248  L-serine dehydratase 1  48.51 
 
 		 458 aa  419  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1886  L-serine dehydratase 1  48.61 
 
 		 458 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0732731  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3522  Iron-sulfur-dependent L-serine dehydratase single chain form  48.39 
 
 		 458 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0540512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0982  L-serine ammonia-lyase  49.79 
 
 		 459 aa  419  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0897  L-serine dehydratase 1  47.74 
 
 		 450 aa  420  1e-116  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266509  normal  0.482369 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3164  L-serine dehydratase 1  49.36 
 
 		 458 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2406  L-serine dehydratase 1  48.83 
 
 		 458 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3884  L-serine dehydratase 1  47.37 
 
 		 462 aa  419  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  48.72 
 
 		 458 aa  421  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4547  L-serine dehydratase 1  49.15 
 
 		 461 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5070  L-serine dehydratase 1  49.15 
 
 		 461 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  48.51 
 
 		 458 aa  420  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2900  L-serine dehydratase 1  47.74 
 
 		 458 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2711  L-serine dehydratase 1  48.17 
 
 		 458 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.468733 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3225  L-serine dehydratase 1  49.16 
 
 		 475 aa  420  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2417  L-serine dehydratase 1  48.83 
 
 		 458 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3591  L-serine dehydratase 1  47.57 
 
 		 475 aa  417  9.999999999999999e-116  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0155  L-serine dehydratase 1  48.43 
 
 		 462 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0297  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  48.28 
 
 		 458 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246036 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0317  L-serine dehydratase 1  48.07 
 
 		 458 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0491818 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5127  L-serine dehydratase 1  48.72 
 
 		 461 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2171  L-serine dehydratase 1  48.19 
 
 		 458 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.633035  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0920  L-serine ammonia-lyase  47.64 
 
 		 458 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5237  L-serine ammonia-lyase  47.85 
 
 		 458 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0233321 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3620  L-serine dehydratase 1  46.64 
 
 		 467 aa  418  9.999999999999999e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.294532  normal  0.0574017 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0485  L-serine ammonia-lyase  48.72 
 
 		 461 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0322  L-serine dehydratase 1  48.71 
 
 		 458 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3215  L-serine dehydratase 1  48.72 
 
 		 529 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  47.59 
 
 		 462 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0527  L-serine dehydratase 1  50 
 
 		 459 aa  418  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  48.3 
 
 		 458 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  46.37 
 
 		 457 aa  415  9.999999999999999e-116  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5152  L-serine dehydratase 1  48.72 
 
 		 461 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4911  L-serine dehydratase 1  48.5 
 
 		 458 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0049698 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  46.62 
 
 		 460 aa  418  9.999999999999999e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  47.23 
 
 		 458 aa  417  9.999999999999999e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3321  L-serine ammonia-lyase  48.22 
 
 		 462 aa  412  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0116  L-serine dehydratase 1  48.62 
 
 		 460 aa  414  1e-114  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.117006  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2913  L-serine dehydratase 1  48.22 
 
 		 462 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1985  L-serine dehydratase 1  47.1 
 
 		 453 aa  413  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1538  L-serine dehydratase 1  47.66 
 
 		 458 aa  412  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00324731  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0142  L-serine dehydratase 1  48.22 
 
 		 462 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  48.51 
 
 		 458 aa  412  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2874  L-serine dehydratase 1  47.02 
 
 		 457 aa  409  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.30844  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6165  L-serine dehydratase  47.85 
 
 		 485 aa  411  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137181  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  48.09 
 
 		 458 aa  411  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5047  L-serine dehydratase 1  47.68 
 
 		 464 aa  411  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.533739  normal  0.269496 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1806  L-serine dehydratase 1  47.87 
 
 		 458 aa  410  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  normal  0.0255188 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0131  L-serine ammonia-lyase  48.01 
 
 		 462 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0995  L-serine ammonia-lyase  48.72 
 
 		 490 aa  411  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3251  L-serine ammonia-lyase  48.01 
 
 		 462 aa  410  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0052  L-serine ammonia-lyase  46.61 
 
 		 462 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1601  L-serine ammonia-lyase  47.68 
 
 		 464 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1946  L-serine dehydratase 1  48.94 
 
 		 458 aa  410  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1195  L-serine dehydratase 1  48.21 
 
 		 477 aa  409  1e-113  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.197277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0129  L-serine dehydratase 1  48.01 
 
 		 462 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0141  L-serine dehydratase 1  48.01 
 
 		 462 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0139  L-serine dehydratase 1  47.8 
 
 		 462 aa  409  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3931  L-serine ammonia-lyase  48.01 
 
 		 462 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.706313  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1955  L-serine ammonia-lyase  48.72 
 
 		 504 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>