71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6176 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6176  beta-lactamase  100 
 
 
286 aa  594  1e-169  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0566092 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3104  beta-lactamase  74.22 
 
 
292 aa  442  1e-123  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0156614  normal  0.401813 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3212  beta-lactamase  51.94 
 
 
304 aa  295  6e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184009 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0602  beta-lactamase  32.3 
 
 
274 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2815  beta-lactamase  30.45 
 
 
296 aa  116  5e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3876  beta-lactamase  28.94 
 
 
468 aa  104  2e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0589748 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1408  penicillin-binding protein, transpeptidase  26.51 
 
 
504 aa  101  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4223  beta-lactamase  26.21 
 
 
508 aa  100  3e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1603  beta-lactamase  26.38 
 
 
375 aa  99.4  6e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.955317  normal  0.378927 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4774  beta-lactamase  27.55 
 
 
442 aa  99  8e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00167145 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2092  penicillin-binding protein, transpeptidase  27.14 
 
 
424 aa  98.6  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00783255  hitchhiker  0.00000266476 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1712  beta-lactamase  28.27 
 
 
576 aa  95.5  8e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0491  putative beta-lactamase protein  25.37 
 
 
440 aa  91.7  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1147  putative beta-lactamase  24.81 
 
 
423 aa  88.6  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1608  beta-lactamase  26.67 
 
 
425 aa  87.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1634  beta-lactamase  26.67 
 
 
425 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.54925  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2055  peptidoglycan-binding LysM  29.18 
 
 
333 aa  82.8  0.000000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000227262  normal  0.0328069 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4151  beta-lactamase  27.67 
 
 
300 aa  82.4  0.000000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.433565 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1435  Beta-lactamase  24.57 
 
 
295 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3334  Beta-lactamase  25.9 
 
 
349 aa  73.2  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0280  Beta-lactamase  24.6 
 
 
353 aa  71.6  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0715  beta-lactamase family protein  25 
 
 
388 aa  70.1  0.00000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5194  beta-lactamase  23.89 
 
 
323 aa  70.1  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1169  Beta-lactamase class A-like protein  27.24 
 
 
383 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15311  putative beta-lactamase  23.86 
 
 
357 aa  67  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.709796  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1950  beta-lactamase family protein  24.71 
 
 
381 aa  65.5  0.0000000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0697  putative beta-lactamase  26.49 
 
 
357 aa  64.7  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0316  beta-lactamase  23.48 
 
 
315 aa  64.7  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00360568 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2343  beta-lactamase  23.4 
 
 
803 aa  63.9  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.23617 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1746  hypothetical protein  25 
 
 
337 aa  60.5  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.470795  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0954  peptidoglycan binding domain-containing protein  24.81 
 
 
422 aa  60.5  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0183  Beta-lactamase  22.48 
 
 
306 aa  60.1  0.00000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.51311 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08971  putative beta-lactamase  28.48 
 
 
386 aa  59.3  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.712716 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1388  putative beta-lactamase  22.17 
 
 
259 aa  59.3  0.00000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1202  beta-lactamase, putative  22.17 
 
 
259 aa  59.3  0.00000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.291582  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4436  beta-lactamase class A-like protein  29.71 
 
 
293 aa  58.2  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0101027  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2043  beta-lactamase  23.32 
 
 
271 aa  56.2  0.0000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0136357  normal  0.676262 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3960  hypothetical protein  29.51 
 
 
295 aa  53.5  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1458  beta-lactamase  31.63 
 
 
306 aa  53.5  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.755992  normal  0.236565 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1419  beta-lactamase  32.32 
 
 
305 aa  53.1  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.533278  hitchhiker  0.0000178355 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1250  hypothetical protein  21.11 
 
 
504 aa  53.1  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5947  hypothetical protein  23.08 
 
 
341 aa  52.8  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.125312  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1390  Beta-lactamase  27.45 
 
 
289 aa  52.8  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0585114  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5341  hypothetical protein  28.3 
 
 
350 aa  51.6  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2386  beta-lactamase  31.82 
 
 
302 aa  51.6  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.721784 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0183  beta-lactamase  30.43 
 
 
436 aa  51.6  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.975829 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1446  beta-lactamase related protein  25.53 
 
 
320 aa  51.6  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11351  Beta-lactamase class A  25.36 
 
 
356 aa  50.8  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.470021  normal  0.82694 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0182  beta-lactamase  29.79 
 
 
327 aa  50.1  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.689531 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2552  Beta-lactamase  23.81 
 
 
300 aa  48.5  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0802917  normal  0.0118018 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1476  hypothetical protein  22.56 
 
 
496 aa  47.4  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0195  Beta-lactamase  23.11 
 
 
288 aa  45.4  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.210334  normal  0.167544 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2553  beta-lactamase  21.86 
 
 
309 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1381  class A beta-lactamase  21.86 
 
 
314 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0489957  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2827  Beta-lactamase  23.93 
 
 
281 aa  44.3  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.940774  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1011  beta-lactamase  24.55 
 
 
290 aa  44.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2749  Beta-lactamase  23.93 
 
 
281 aa  44.3  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0003  beta-lactamase  23.93 
 
 
281 aa  44.3  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000347481  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0725  Beta-lactamase class A-like protein  27.87 
 
 
370 aa  43.9  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.725916  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1283  class A beta-lactamase  21.86 
 
 
295 aa  43.9  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.162345  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3023  hypothetical protein  23.39 
 
 
516 aa  43.9  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.698448  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1040  class A beta-lactamase  21.86 
 
 
314 aa  43.9  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.257126  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1301  class A beta-lactamase  21.86 
 
 
314 aa  43.9  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0527  class A beta-lactamase  21.86 
 
 
314 aa  43.9  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.29059  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0257  class A beta-lactamase  21.86 
 
 
314 aa  43.9  0.003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1080  Beta-lactamase  21.32 
 
 
301 aa  43.9  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0392714  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1283  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  25.9 
 
 
450 aa  43.5  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.176962  normal  0.173305 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1646  beta lactamase-related protein, putative  27.19 
 
 
399 aa  42.7  0.007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1434  beta-lactamase  27.46 
 
 
452 aa  42.4  0.008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.685838 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2988  Beta-lactamase class A-like protein  25.81 
 
 
286 aa  42.4  0.009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.599854  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0855  Beta-lactamase  23.88 
 
 
296 aa  42.4  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.689397  normal  0.580537 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>