More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5380 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_5380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
246 aa  504  9.999999999999999e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.64 
 
 
245 aa  401  1e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000035289  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.13 
 
 
246 aa  303  2.0000000000000002e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
272 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.22 
 
 
260 aa  248  5e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.42 
 
 
246 aa  245  4e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.56 
 
 
245 aa  231  6e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.978262  normal  0.20317 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7619  short chain oxidoreductase  44.17 
 
 
244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493234  normal  0.169233 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0664  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.34 
 
 
244 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120829  normal  0.282186 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
231 aa  171  7.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.376795 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.56 
 
 
245 aa  171  7.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.35 
 
 
241 aa  170  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.409582  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
244 aa  165  5e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.83 
 
 
250 aa  160  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0163958 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
252 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.519755  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.96 
 
 
263 aa  159  3e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.230027  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.32 
 
 
251 aa  159  4e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.350436  normal  0.454063 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0814  putative short-chain dehydrogenase/reductase  38.37 
 
 
257 aa  158  7e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.968056 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
257 aa  158  8e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.135845  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
250 aa  157  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0227742 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2677  putative short-chain dehydrogenase/oxidoreductase  39.15 
 
 
245 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.334903  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.42 
 
 
270 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
242 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.582501 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06450  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  42.13 
 
 
240 aa  149  4e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 
229 aa  148  6e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.95 
 
 
244 aa  147  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.72 
 
 
233 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.27 
 
 
232 aa  146  3e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
241 aa  146  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
250 aa  145  4.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.886047  decreased coverage  0.000126478 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.34 
 
 
227 aa  144  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.66 
 
 
239 aa  143  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.512494 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
249 aa  143  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0980  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.14 
 
 
238 aa  142  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633587  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.75 
 
 
238 aa  142  5e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0855  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.83 
 
 
247 aa  142  6e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.5116  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1084  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 
248 aa  141  9e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
237 aa  140  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.735027 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1782  short chain dehydrogenase  35.1 
 
 
236 aa  137  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
237 aa  135  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
234 aa  135  8e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
234 aa  135  8e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1818  short chain dehydrogenase  34.29 
 
 
236 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1616  short chain dehydrogenase  34.29 
 
 
236 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.124879  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3562  short chain dehydrogenase  34.29 
 
 
236 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
231 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0836078 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0285855 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.39 
 
 
240 aa  125  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2801  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.32 
 
 
248 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.32 
 
 
236 aa  123  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0167749  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.91 
 
 
229 aa  122  5e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02369  short chain dehydrogenase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G15350)  34.41 
 
 
309 aa  120  9.999999999999999e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.406317 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.729821 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.15 
 
 
239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475837  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0396  carbonyl reductase  33.63 
 
 
243 aa  111  8.000000000000001e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.75 
 
 
236 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497428  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.75 
 
 
236 aa  105  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 
235 aa  105  6e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07268  short chain dehydrogenase/reductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00840)  32.02 
 
 
245 aa  104  2e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.886513 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2564  short-chain dehydrogenase/reductase  32.85 
 
 
302 aa  102  5e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.554832  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00525  conserved hypothetical protein  34.74 
 
 
263 aa  101  1e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.30588 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  33.79 
 
 
247 aa  100  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01679  20-beta-hydroxysteroid dehydrogenase  29.92 
 
 
242 aa  99  6e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28960  Short-chain dehydrogenase/reductase, SDR family  37.98 
 
 
244 aa  98.2  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11468  acetoin(diacetyl)reductase  33.33 
 
 
254 aa  95.9  5e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0328388  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.2 
 
 
276 aa  94  2e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
227 aa  93.2  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.19 
 
 
236 aa  92.4  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.827556  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.54 
 
 
232 aa  92  8e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_45918  predicted protein  30.34 
 
 
288 aa  91.3  1e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.997663  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0141  carbonyl reductase  30.66 
 
 
245 aa  91.3  1e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4067  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  33.96 
 
 
298 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.122191  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0796  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
281 aa  90.9  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 
268 aa  90.1  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  32.54 
 
 
232 aa  90.1  3e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32 
 
 
271 aa  89.4  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.88 
 
 
268 aa  89.7  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3218  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.88 
 
 
268 aa  89.7  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.75 
 
 
234 aa  89.7  4e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00144491  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1018  short chain dehydrogenase  34.15 
 
 
298 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.176999  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
258 aa  89  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  31.82 
 
 
193 aa  89  6e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  29.76 
 
 
301 aa  89  6e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  33.64 
 
 
271 aa  89  7e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.64 
 
 
271 aa  89  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.29 
 
 
280 aa  88.6  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.824425  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 
248 aa  88.2  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.142802 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10208  probable oxidoreductase  31.28 
 
 
271 aa  88.2  1e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.34 
 
 
244 aa  88.2  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000989308  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
248 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.627882  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
248 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
248 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.412658  normal  0.910239 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.13 
 
 
232 aa  87.8  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  32.24 
 
 
316 aa  87.4  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.01 
 
 
248 aa  86.7  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  31.22 
 
 
303 aa  86.3  4e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
262 aa  86.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  30.05 
 
 
231 aa  85.9  5e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  31.19 
 
 
272 aa  85.9  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449424 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>