More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4552 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4552  histidine kinase  100 
 
 		 738 aa  1519    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00113459  normal  0.0314449 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2388  histidine kinase  44.1 
 
 		 653 aa  235  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.255891  normal  0.393123 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1697  histidine kinase  40.79 
 
 		 664 aa  221  3.9999999999999997e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.182651 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2961  ATP-binding region ATPase domain protein  44.77 
 
 		 645 aa  189  1e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.10084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4503  histidine kinase  37.84 
 
 		 643 aa  189  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.604782 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2136  histidine kinase  35.71 
 
 		 638 aa  182  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.204065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2111  ATP-binding region ATPase domain protein  38.61 
 
 		 645 aa  181  4.999999999999999e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.184163  normal  0.230765 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1733  histidine kinase  40.64 
 
 		 687 aa  168  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.568791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4277  histidine kinase  27.33 
 
 		 659 aa  167  5.9999999999999996e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.186124 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12538  two-component sensor histidine kinase  31.72 
 
 		 606 aa  157  9e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0257303  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4624  hypothetical protein  29.85 
 
 		 638 aa  152  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.706425  normal  0.495642 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0560  histidine kinase  34.48 
 
 		 670 aa  151  5e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.618015  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6528  histidine kinase  32.76 
 
 		 592 aa  149  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2641  hypothetical protein  28.04 
 
 		 603 aa  136  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.68 
 
 		 603 aa  130  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5844  histidine kinase  35.81 
 
 		 270 aa  127  7e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.330539 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5363  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.02 
 
 		 607 aa  121  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.423746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0415  histidine kinase  31.84 
 
 		 600 aa  120  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6033  histidine kinase  25.3 
 
 		 726 aa  120  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.579668 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1988  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.67 
 
 		 730 aa  118  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.465421  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1316  sensor histidine protein kinase  34.29 
 
 		 525 aa  118  3e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.176896  normal  0.0650582 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  40 
 
 		 1024 aa  118  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2102  histidine kinase  29.43 
 
 		 616 aa  118  5e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6439  histidine kinase  33.95 
 
 		 657 aa  117  7.999999999999999e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07820  putative histidine kinase  32.16 
 
 		 797 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0365473 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2908  histidine kinase  35.4 
 
 		 246 aa  115  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.108136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2962  histidine kinase  31.3 
 
 		 287 aa  115  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0895  sensor histidine kinase  35.9 
 
 		 451 aa  114  6e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.622783  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0744  sensory box histidine kinase  31.28 
 
 		 799 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.13864  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6241  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 748 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0030  ATPase domain-containing protein  31.07 
 
 		 1739 aa  110  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  33.8 
 
 		 515 aa  110  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4665  histidine kinase  29.2 
 
 		 306 aa  110  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3418  sensor histidine kinase  32.52 
 
 		 481 aa  110  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.986219  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 		 1229 aa  110  1e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02702  histidine kinase  33.33 
 
 		 456 aa  110  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1874  histidine kinase  32.37 
 
 		 293 aa  109  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3575  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 		 475 aa  109  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2056  histidine kinase  33.5 
 
 		 475 aa  108  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3044  Sensor DegS domain protein  31.73 
 
 		 381 aa  108  3e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000367044  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6470  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 		 471 aa  108  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.629472  normal  0.491206 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5809  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.99 
 
 		 366 aa  108  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.325789  normal  0.250191 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1399  PAS  31.33 
 
 		 683 aa  107  7e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.04458 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2294  histidine kinase  35.07 
 
 		 381 aa  107  9e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.02124  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  31.6 
 
 		 1101 aa  106  1e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0699  histidine kinase  29.29 
 
 		 526 aa  107  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00253859  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003135  sensor histidine kinase  33.85 
 
 		 451 aa  107  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.291514  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1557  putative signal transduction histidine kinase  29.73 
 
 		 273 aa  105  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6490  ATP-binding region ATPase domain protein  33.5 
 
 		 636 aa  105  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5127  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  32.3 
 
 		 799 aa  104  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.01 
 
 		 484 aa  104  5e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0729257  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6820  histidine kinase  29.86 
 
 		 278 aa  103  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.519919  normal  0.0817727 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1292  sensory box histidine kinase  31.19 
 
 		 384 aa  103  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2171  histidine kinase  33.16 
 
 		 594 aa  103  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5475  histidine kinase  34.78 
 
 		 267 aa  103  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.298595 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7760  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 		 486 aa  103  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0476  histidine kinase  31.97 
 
 		 464 aa  103  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0902  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.75 
 
 		 509 aa  103  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0939  histidine kinase  33.18 
 
 		 363 aa  103  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4289  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.27 
 
 		 552 aa  103  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3079  histidine kinase  32.67 
 
 		 223 aa  103  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1903  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.35 
 
 		 370 aa  102  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000111521  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.49 
 
 		 462 aa  102  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.140942  normal  0.159095 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0746  histidine kinase  33.02 
 
 		 387 aa  103  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 		 591 aa  102  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4427  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.49 
 
 		 462 aa  102  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1937  histidine kinase dimerisation and phosphoacceptor region  35.35 
 
 		 370 aa  102  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000507079  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0252  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.86 
 
 		 591 aa  102  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0165579 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1289  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.58 
 
 		 1168 aa  102  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3594  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 		 598 aa  102  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3614  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.68 
 
 		 298 aa  101  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.753486  normal  0.27992 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5716  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 		 700 aa  102  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00700823 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0789  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.46 
 
 		 469 aa  102  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.83 
 
 		 700 aa  101  5e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.6571 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4063  histidine kinase  30.56 
 
 		 249 aa  101  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.460066  normal  0.0775473 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4515  two-component regulatory system sensory histidine kinase  34.03 
 
 		 383 aa  101  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0377261  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3926  histidine kinase  34.58 
 
 		 598 aa  100  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0106  membrane-associated sensory histidine kinase-like ATPase  32.7 
 
 		 632 aa  100  7e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.100844  normal  0.392929 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_935  sensor histidine kinase  30.66 
 
 		 1226 aa  100  1e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0442  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 		 485 aa  100  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.12569  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08896  putative transmembrane protein  27.97 
 
 		 680 aa  100  1e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3087  PAS sensor signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 		 312 aa  99.8  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.230742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4477  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.46 
 
 		 471 aa  99.8  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3669  histidine kinase  31.15 
 
 		 489 aa  99.8  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2080  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.87 
 
 		 370 aa  99.8  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4528  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.21 
 
 		 461 aa  99.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25442  normal  0.575982 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4714  Two-component sensor histidine kinase  34.47 
 
 		 447 aa  99.4  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0711  histidine kinase  31.25 
 
 		 337 aa  99.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2077  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.29 
 
 		 594 aa  99  3e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0341  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.16 
 
 		 725 aa  99  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0143238  hitchhiker  0.0051816 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3498  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.95 
 
 		 596 aa  99  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492042 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5329  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.95 
 
 		 595 aa  98.6  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2783  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 		 513 aa  99  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2127  sensor histidine kinase  32.86 
 
 		 313 aa  98.6  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.289713  normal  0.113702 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1102  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 		 364 aa  98.6  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2298  histidine kinase  33.33 
 
 		 1093 aa  98.6  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3230  sensory box histidine kinase  33.49 
 
 		 518 aa  98.2  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1145  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.73 
 
 		 490 aa  98.2  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.894172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1763  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.09 
 
 		 594 aa  98.2  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1265  two-component sensor histidine kinase  28.81 
 
 		 585 aa  98.2  5e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>