30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3438 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_3438  Glycosyl hydrolase family 32 domain protein  100 
 
 
316 aa  662    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0527524  normal  0.0695696 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3109  glycoside hydrolase family protein  53.42 
 
 
644 aa  374  1e-102  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3223  putative beta-xylosidase  31.67 
 
 
377 aa  163  5.0000000000000005e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.222849  normal  0.126141 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2076  hypothetical protein  29.28 
 
 
314 aa  115  6.9999999999999995e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36540  hypothetical protein  31.69 
 
 
324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1856  hypothetical protein  29.18 
 
 
739 aa  110  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0763554  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4606  glycoside hydrolase family 43  29.11 
 
 
675 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.337279  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2139  alpha-L-arabinofuranosidase B  31.51 
 
 
982 aa  108  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2702  hypothetical protein  27.61 
 
 
348 aa  106  6e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000025037  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2785  hypothetical protein  28.33 
 
 
311 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0402448  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2119  hypothetical protein  27.04 
 
 
304 aa  99.8  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4087  hypothetical protein  28.19 
 
 
305 aa  97.8  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1354  hypothetical protein  26.06 
 
 
1139 aa  90.9  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3471  hypothetical protein  28.57 
 
 
274 aa  89  9e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1805  hypothetical protein  26.85 
 
 
300 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00065967  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01090  Ig-like domain-containing protein  25.79 
 
 
583 aa  84  0.000000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1971  alpha-L-arabinofuranosidase B  27.1 
 
 
478 aa  78.6  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000055654  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1511  surface protein  25.41 
 
 
1065 aa  77.8  0.0000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.36671  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01100  hypothetical protein  24.56 
 
 
992 aa  77.4  0.0000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0816  endo-1,4-beta-xylanase  25.08 
 
 
318 aa  77.4  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.854869  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02590  hypothetical protein  26.67 
 
 
345 aa  73.9  0.000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07781  arabinosidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G00650)  31.03 
 
 
340 aa  68.6  0.0000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.621545 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14440  hypothetical protein  24.76 
 
 
323 aa  66.6  0.0000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08472  conserved hypothetical protein  28.57 
 
 
346 aa  64.7  0.000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.327023  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2023  hypothetical protein  24.55 
 
 
342 aa  57.8  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.131758  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3927  Ricin B lectin  24.21 
 
 
436 aa  47.8  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4021  glycoside hydrolase family protein  28.48 
 
 
537 aa  45.1  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.701147 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2722  glycoside hydrolase family protein  26.14 
 
 
310 aa  45.1  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123508  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0718  glycosidase PH1107-related protein  28.57 
 
 
328 aa  44.3  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0779559  normal  0.015254 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5767  glycosidase PH1107-related  34.38 
 
 
561 aa  42.7  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.150112 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>