74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3159 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3159  Rhomboid family protein  100 
 
 		 228 aa  456  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000000555456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  27.55 
 
 		 523 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1000  rhomboid family protein  27.6 
 
 		 528 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0829  rhomboid family protein  26.47 
 
 		 520 aa  64.7  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.186643  normal  0.166239 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  31.01 
 
 		 358 aa  64.7  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3291  rhomboid family protein  27.21 
 
 		 525 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  25.24 
 
 		 554 aa  64.3  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3194  rhomboid family protein  25.74 
 
 		 520 aa  63.2  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  28.08 
 
 		 342 aa  62.8  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  26.39 
 
 		 541 aa  62.4  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  26.09 
 
 		 386 aa  62  0.000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  26.92 
 
 		 547 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  26.63 
 
 		 541 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  32.26 
 
 		 389 aa  60.1  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  27.4 
 
 		 342 aa  58.5  0.00000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  31.39 
 
 		 225 aa  58.5  0.00000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  35.16 
 
 		 511 aa  58.2  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2750  rhomboid family protein  32.92 
 
 		 369 aa  57.4  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.717687 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  29.84 
 
 		 569 aa  55.8  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  34.02 
 
 		 190 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0235  rhomboid family protein  37.35 
 
 		 186 aa  54.7  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  25.81 
 
 		 360 aa  53.9  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  25.23 
 
 		 513 aa  53.9  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  32.99 
 
 		 190 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  32.99 
 
 		 190 aa  53.1  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  32.99 
 
 		 190 aa  53.1  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  32.99 
 
 		 190 aa  53.1  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  26.54 
 
 		 362 aa  53.1  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  28.22 
 
 		 356 aa  52.8  0.000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  32.11 
 
 		 205 aa  52.8  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  23.24 
 
 		 519 aa  52.4  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0227  rhomboid family protein  31.91 
 
 		 182 aa  51.6  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  31.91 
 
 		 190 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  30.43 
 
 		 579 aa  50.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  29.03 
 
 		 226 aa  50.4  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  28.06 
 
 		 365 aa  50.8  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  24.09 
 
 		 371 aa  50.4  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0283  rhomboid family protein  31.91 
 
 		 190 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  32.97 
 
 		 223 aa  49.3  0.00005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  26.19 
 
 		 327 aa  48.9  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  25 
 
 		 489 aa  48.5  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  25.5 
 
 		 486 aa  48.5  0.00009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  27.5 
 
 		 487 aa  47.8  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2805  hypothetical protein  30.34 
 
 		 378 aa  48.1  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.404247  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  25.62 
 
 		 303 aa  48.1  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1088  Rhomboid family protein  26.45 
 
 		 205 aa  48.5  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  30.49 
 
 		 286 aa  48.1  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  27.5 
 
 		 487 aa  47.8  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  35.94 
 
 		 303 aa  47  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  29 
 
 		 236 aa  47.4  0.0002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  32.63 
 
 		 356 aa  47.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  27.21 
 
 		 219 aa  46.6  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0883  rhomboid family protein  25.2 
 
 		 172 aa  46.6  0.0004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  24.88 
 
 		 267 aa  46.6  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  34.38 
 
 		 303 aa  45.8  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  23.87 
 
 		 360 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  23.87 
 
 		 360 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  27.87 
 
 		 263 aa  44.7  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  30.85 
 
 		 207 aa  44.3  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  26.53 
 
 		 268 aa  44.7  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  24.26 
 
 		 396 aa  43.9  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  40 
 
 		 251 aa  44.3  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  31.87 
 
 		 243 aa  43.5  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0732  conserved hypothetical integral membrane protein, Rhomboid family  25.76 
 
 		 176 aa  42.7  0.004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000749647  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0264  rhomboid family protein  30.85 
 
 		 190 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.886981  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  25.19 
 
 		 556 aa  43.1  0.004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  28.44 
 
 		 515 aa  42.7  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  30 
 
 		 224 aa  42.7  0.005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5280  hypothetical protein  29.37 
 
 		 372 aa  42.4  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.274903  normal  0.237691 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  30.43 
 
 		 235 aa  42  0.007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  30.43 
 
 		 235 aa  42  0.007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  31.25 
 
 		 298 aa  42  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3705  rhomboid family protein  29 
 
 		 364 aa  42  0.009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  30 
 
 		 224 aa  41.6  0.009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>