16 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2760 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2760  hypothetical protein  100 
 
 
385 aa  793    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.120597 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0704  16S rRNA dimethylase  30.58 
 
 
675 aa  98.6  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0625805 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1017  protein of unknown function DUF1080  31.91 
 
 
786 aa  90.9  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0838366  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3959  hypothetical protein  27.72 
 
 
1066 aa  75.5  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383952  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3946  hypothetical protein  28.04 
 
 
555 aa  73.2  0.000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0704  Fibronectin type III domain protein  27.62 
 
 
718 aa  61.6  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6069  LamG domain-containing protein  27.89 
 
 
739 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1754  hypothetical protein  23.93 
 
 
386 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6366  putative transmembrane protein  27.1 
 
 
739 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3960  hypothetical protein  23.5 
 
 
405 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0698754  normal  0.0204382 
 
 
-
 
NC_003296  RS01652  putative transmembrane protein  24.89 
 
 
767 aa  51.6  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.993678  normal  0.0258768 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0310  hypothetical protein  22.69 
 
 
431 aa  47  0.0006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.321856  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0304  hypothetical protein  22.22 
 
 
431 aa  45.8  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0201932  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1284  hypothetical protein  26.47 
 
 
446 aa  44.3  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00324904  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5170  hypothetical protein  25.11 
 
 
432 aa  44.7  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4814  putative transmembrane protein  27.8 
 
 
757 aa  44.3  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>