112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2319 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2319  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
335 aa  696    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0063  transcriptional regulator, AraC family  23.32 
 
 
333 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 
333 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0060  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 
329 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  29.33 
 
 
328 aa  63.2  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  26.17 
 
 
343 aa  58.5  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  24.84 
 
 
368 aa  55.8  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 
332 aa  55.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  29.59 
 
 
294 aa  54.3  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  24.66 
 
 
333 aa  54.3  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  24.61 
 
 
270 aa  53.9  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  19.78 
 
 
334 aa  53.5  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 
312 aa  53.1  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1058  transcriptional regulator, AraC family  23.38 
 
 
322 aa  52.8  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.787566  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0047  transcriptional regulator, AraC family  22.33 
 
 
331 aa  52.8  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  27.75 
 
 
288 aa  52.4  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  23.08 
 
 
382 aa  51.6  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  25.76 
 
 
291 aa  50.8  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 
304 aa  50.8  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2271  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 
326 aa  50.8  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3631  transcriptional regulator, AraC family  24.59 
 
 
327 aa  50.4  0.00005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  18.99 
 
 
330 aa  50.1  0.00005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  22.88 
 
 
384 aa  49.7  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3978  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 
318 aa  49.7  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.250001  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  25.52 
 
 
314 aa  49.3  0.00009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0021  transcriptional regulator, AraC family  23.98 
 
 
334 aa  49.3  0.00009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1482  transcriptional regulator, AraC family  22.86 
 
 
345 aa  48.9  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4046  transcriptional regulator, AraC family  24.58 
 
 
327 aa  49.3  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.188489  normal  0.0112256 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  24.44 
 
 
259 aa  48.1  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0059  AraC family transcription regulator  31.11 
 
 
404 aa  48.5  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  26.04 
 
 
267 aa  48.1  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  20.93 
 
 
259 aa  48.1  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  20.34 
 
 
327 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  17.48 
 
 
332 aa  48.5  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1219  transcriptional regulator  27.55 
 
 
329 aa  47.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3481  transcriptional regulator  30 
 
 
336 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1826  AraC/XylS family transcription factor  30 
 
 
336 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2727  AraC family transcription regulator  30 
 
 
336 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0284  AraC family transcription regulator  30 
 
 
333 aa  47.4  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0985  transcriptional regulator, AraC family  21.7 
 
 
326 aa  47.4  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0070  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
406 aa  47  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0068  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
409 aa  47  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1334  putative transcriptional regulator  23.08 
 
 
317 aa  47  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 
322 aa  46.2  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  23.94 
 
 
278 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0990  transcriptional regulator, AraC family  32.53 
 
 
779 aa  46.6  0.0007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  24.54 
 
 
313 aa  46.2  0.0009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  25.64 
 
 
1349 aa  46.2  0.0009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  23.94 
 
 
278 aa  46.2  0.0009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  29.55 
 
 
305 aa  45.8  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  24.22 
 
 
398 aa  45.8  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 
263 aa  45.8  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  22.81 
 
 
311 aa  45.4  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2162  transcriptional regulator, AraC family  23 
 
 
284 aa  45.4  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.637504 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2535  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 
408 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2788  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 
408 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435011  hitchhiker  0.0000000035636 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  24.22 
 
 
399 aa  45.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15150  putative transcriptional regulator  22.01 
 
 
317 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.414846  hitchhiker  0.0000298096 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  24.51 
 
 
257 aa  45.1  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  30 
 
 
296 aa  45.1  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0686  AraC family transcriptional regulator  20.28 
 
 
330 aa  45.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.334624 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 
289 aa  44.7  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 
341 aa  45.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2517  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.62 
 
 
158 aa  45.1  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  21.43 
 
 
313 aa  45.1  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0050  hypothetical protein  19.86 
 
 
326 aa  44.7  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 
310 aa  44.7  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 
357 aa  44.3  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  24.55 
 
 
290 aa  44.3  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3263  transcriptional regulator  22.31 
 
 
322 aa  44.3  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2540  AraC family transcriptional regulator  24.24 
 
 
275 aa  44.3  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2332  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 
311 aa  44.7  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00477  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  35.53 
 
 
211 aa  44.7  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  22.68 
 
 
247 aa  44.3  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.569536 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.41 
 
 
325 aa  44.3  0.003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 
313 aa  44.3  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  26 
 
 
303 aa  43.9  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2196  transcriptional regulator  22.79 
 
 
334 aa  43.9  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  26.8 
 
 
322 aa  43.9  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 
324 aa  43.9  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 
324 aa  43.9  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 
324 aa  43.5  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 
324 aa  43.9  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  23.27 
 
 
312 aa  43.9  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  24.59 
 
 
338 aa  43.9  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1900  transcriptional regulator  25.26 
 
 
320 aa  43.5  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  21.88 
 
 
320 aa  43.5  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 
292 aa  43.5  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  28.12 
 
 
299 aa  43.5  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 
285 aa  43.5  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  29.67 
 
 
300 aa  43.1  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2415  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 
345 aa  43.5  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3737  AraC family transcriptional regulator  22.22 
 
 
348 aa  43.1  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.116286  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1645  two component transcriptional regulator, AraC family  24.11 
 
 
526 aa  43.1  0.006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.168722  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4599  transcriptional regulator, AraC family  24.58 
 
 
332 aa  43.1  0.006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  22.45 
 
 
188 aa  43.1  0.007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1295  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 
317 aa  43.1  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 
354 aa  43.1  0.007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3086  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 
317 aa  43.1  0.007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0131175  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 
279 aa  42.7  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>