39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2076 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4641  YD repeat protein  36.8 
 
 
1461 aa  650    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.32679  hitchhiker  0.00117662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2076  YD repeat protein  100 
 
 
1740 aa  3563    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1395  YD repeat protein  35.72 
 
 
1463 aa  610  9.999999999999999e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7099  YD repeat protein  34.61 
 
 
1480 aa  585  1.0000000000000001e-165  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00495038  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3185  hypothetical protein  31.94 
 
 
2418 aa  547  1e-154  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0865533 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4142  hypothetical protein  32.03 
 
 
1409 aa  481  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.369154  normal  0.17727 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4225  hypothetical protein  36.45 
 
 
809 aa  434  1e-119  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.317527  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4386  hypothetical protein  29.51 
 
 
1179 aa  385  1e-105  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.241332  decreased coverage  0.00292232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3008  hypothetical protein  35.6 
 
 
913 aa  290  2e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2668  hypothetical protein  28.35 
 
 
1743 aa  208  8e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3729  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  28.23 
 
 
1753 aa  207  2e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3007  hypothetical protein  30.56 
 
 
503 aa  146  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1098  hypothetical protein  24.14 
 
 
1172 aa  132  6e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00467719  unclonable  0.0000000000319304 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1050  YD repeat-containing protein  24.22 
 
 
1157 aa  130  3e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2123  YD repeat protein  24.35 
 
 
1073 aa  77.4  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0242  PKD domain containing protein  37.5 
 
 
1987 aa  77  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3622  conserved repeat domain protein  31.37 
 
 
4978 aa  74.7  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000013093 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3441  beta-glycosidase-like protein  33.12 
 
 
2807 aa  69.7  0.0000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3439  glycerol kinase-related  34.48 
 
 
2454 aa  68.9  0.0000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3654  hypothetical protein  34.48 
 
 
2411 aa  68.9  0.0000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3437  hypothetical protein  33.12 
 
 
2421 aa  68.6  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3435  hypothetical protein  33.12 
 
 
2367 aa  68.6  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0939  hypothetical protein  29.92 
 
 
1976 aa  67.4  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0134792  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0107  conserved repeat domain protein  37.04 
 
 
4896 aa  67  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.615678 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1525  Rhs family-like protein  25.93 
 
 
3794 aa  61.6  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.14033 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3613  hypothetical protein  49.09 
 
 
254 aa  60.8  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.389609  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3251  hypothetical protein  35.9 
 
 
976 aa  57  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3248  hypothetical protein  39.77 
 
 
953 aa  56.6  0.000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1251  hypothetical protein  32.48 
 
 
1259 aa  56.2  0.000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  22.83 
 
 
690 aa  55.1  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  22.83 
 
 
927 aa  54.3  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  26.25 
 
 
2035 aa  54.3  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0841  hypothetical protein  38.2 
 
 
2416 aa  52.8  0.00007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3440  glycoside hydrolase family 8 protein  31.35 
 
 
2772 aa  50.8  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3207  RHS repeat-containing protein  29.32 
 
 
2513 aa  49.3  0.0007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.127821 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  25.37 
 
 
3027 aa  47.8  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  28.77 
 
 
1464 aa  46.2  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0606  YD repeat-containing protein  27.59 
 
 
3662 aa  46.2  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  30.19 
 
 
1953 aa  46.2  0.006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.601825 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>