52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1135 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1135  YceI family protein  100 
 
 		 220 aa  451  1.0000000000000001e-126  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.387208 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5670  YceI family protein  34.09 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.575338 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08246  YCE I like family protein  35.07 
 
 		 223 aa  104  1e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2422  YceI family protein  33.7 
 
 		 202 aa  101  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.737877  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0931  rhodanese-like domain-containing protein  31.15 
 
 		 301 aa  94.7  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4376  rhodanese domain-containing protein  31.35 
 
 		 301 aa  93.2  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0351  YceI family protein  32.56 
 
 		 219 aa  92.8  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3996  hypothetical protein  31.64 
 
 		 184 aa  91.7  8e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3680  YceI family protein  35.14 
 
 		 197 aa  90.1  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3177  YceI family protein  32.29 
 
 		 199 aa  88.2  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2155  two component regulator propeller domain protein  33.17 
 
 		 534 aa  80.9  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.235717 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2319  YceI family protein  27.37 
 
 		 194 aa  79.3  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4888  hypothetical protein  31.28 
 
 		 188 aa  77.8  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.96184  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4578  YceI family protein  30.11 
 
 		 172 aa  76.3  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.234901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0371  YceI family protein  28.32 
 
 		 212 aa  74.3  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.777494  normal  0.121464 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4329  YceI family protein  27.32 
 
 		 200 aa  73.9  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.969804  normal  0.149474 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10138  YCE I like family protein  34.08 
 
 		 164 aa  72.4  0.000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3690  YceI family protein  28.06 
 
 		 190 aa  72  0.000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.442684  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06410  YCE I like family protein  31.64 
 
 		 188 aa  71.2  0.00000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2792  YceI family protein  25 
 
 		 314 aa  70.5  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1930  hypothetical protein  29.06 
 
 		 202 aa  66.6  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.822803  normal  0.390341 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2321  YceI  27.37 
 
 		 191 aa  58.2  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1935  YceI family protein  25.68 
 
 		 191 aa  55.1  0.0000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.321555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2178  YceI family protein  24.28 
 
 		 188 aa  51.2  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3683  YceI  23.2 
 
 		 192 aa  50.8  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.579212  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1860  YceI family protein  33.07 
 
 		 186 aa  49.7  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0089  YceI family protein  26.05 
 
 		 184 aa  48.9  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0963  YceI family protein  27.85 
 
 		 213 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00574961 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2817  YceI  29.73 
 
 		 190 aa  48.1  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0903  YceI family protein  26.14 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.150803  normal  0.443368 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2552  YceI family protein  29.46 
 
 		 190 aa  47  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370741  normal  0.285953 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2101  YceI family protein  26.51 
 
 		 219 aa  47  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.957341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2962  YceI family protein  30.23 
 
 		 190 aa  47  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0458  YceI family protein  24.66 
 
 		 190 aa  46.2  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0927  YceI family protein  27.85 
 
 		 213 aa  46.2  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.461867  normal  0.0884018 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0861  YceI family protein  27.41 
 
 		 177 aa  45.4  0.0006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.47771  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3001  YceI family protein  31.15 
 
 		 195 aa  45.4  0.0007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000127378  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2718  signal peptide protein  27.91 
 
 		 189 aa  45.1  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.495901  normal  0.071315 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2933  YceI family protein  22.56 
 
 		 182 aa  44.7  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.258273 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3540  YceI  28.68 
 
 		 185 aa  45.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.27831 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1371  YceI family protein  26.14 
 
 		 212 aa  43.9  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37826  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2458  YceI family protein  30.28 
 
 		 187 aa  43.9  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00319405  normal  0.0447487 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0470  YceI family protein  24.65 
 
 		 193 aa  43.9  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2530  YceI family protein  28.78 
 
 		 189 aa  43.9  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0989  YceI family protein  23.28 
 
 		 183 aa  43.1  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.324604  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3294  YceI family protein  28.57 
 
 		 182 aa  42.7  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1204  YceI  25.82 
 
 		 421 aa  42.7  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0992  YceI family protein  22.75 
 
 		 183 aa  42.7  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00460227  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0295  cytochrome b561  21.11 
 
 		 416 aa  42.4  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0256942  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1027  YceI family protein  27.19 
 
 		 193 aa  42.4  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1680  YceI family protein  30.89 
 
 		 200 aa  42  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4184  YceI family protein  30.97 
 
 		 193 aa  42  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>