More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0106 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_4039  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  47.99 
 
 		 811 aa  790    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1810  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  42.59 
 
 		 794 aa  640    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00809991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0106  Beta-galactosidase  100 
 
 		 815 aa  1687    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0081  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  35.11 
 
 		 808 aa  495  9.999999999999999e-139  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0857  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  34.18 
 
 		 837 aa  470  1.0000000000000001e-131  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3159  glycoside hydrolase family protein  33.99 
 
 		 799 aa  461  9.999999999999999e-129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3193  glycoside hydrolase family protein  35.25 
 
 		 825 aa  455  1.0000000000000001e-126  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3226  glycoside hydrolase family protein  35.85 
 
 		 829 aa  437  1e-121  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2757  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  34.08 
 
 		 805 aa  437  1e-121  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.000135785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1239  Carbohydrate binding family 6  33.66 
 
 		 1015 aa  427  1e-118  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000298242  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2111  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  34.32 
 
 		 787 aa  425  1e-117  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2197  carbohydrate-binding family 6 protein  34.03 
 
 		 928 aa  417  9.999999999999999e-116  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.71663  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0779  glycoside hydrolase family protein  32.39 
 
 		 827 aa  414  1e-114  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4074  glycoside hydrolase family protein  31.74 
 
 		 806 aa  408  1.0000000000000001e-112  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.275726  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6171  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  31.1 
 
 		 813 aa  403  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0434587  normal  0.0455178 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1474  beta-galactosidase  31 
 
 		 1355 aa  389  1e-106  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0590  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  29.69 
 
 		 824 aa  383  1e-105  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.429142  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1355  glycoside hydrolase family protein  32.13 
 
 		 873 aa  384  1e-105  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0102  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  31.88 
 
 		 1781 aa  376  1e-103  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.432951 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3378  glycoside hydrolase family protein  31.57 
 
 		 919 aa  371  1e-101  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.825793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2929  glycoside hydrolase family protein  30.24 
 
 		 807 aa  371  1e-101  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.113519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0290  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  31.66 
 
 		 986 aa  362  2e-98  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2527  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  30.39 
 
 		 882 aa  362  2e-98  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1719  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  29.66 
 
 		 922 aa  357  5e-97  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.149509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1177  threonine synthase  31.26 
 
 		 859 aa  352  1e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0725955  hitchhiker  0.0000211988 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3111  glycoside hydrolase family protein  29.31 
 
 		 806 aa  342  1e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.634657  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06388  beta-galactosidase (Eurofung)  30.23 
 
 		 891 aa  337  3.9999999999999995e-91  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4083  glycoside hydrolase family protein  31.49 
 
 		 832 aa  335  2e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2520  glycoside hydrolase family protein  30.9 
 
 		 925 aa  324  4e-87  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3160  glycoside hydrolase family protein  27.84 
 
 		 1185 aa  323  6e-87  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0804  glycoside hydrolase family protein  27.63 
 
 		 858 aa  313  7.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4659  glycoside hydrolase family protein  34.27 
 
 		 655 aa  301  3e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.398765  normal  0.788478 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3378  glycoside hydrolase family protein  28.68 
 
 		 984 aa  298  2e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2424  beta-galactosidase  28.62 
 
 		 964 aa  286  1.0000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.313743  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1016  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  28.68 
 
 		 805 aa  285  2.0000000000000002e-75  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3882  beta-galactosidase  28.04 
 
 		 961 aa  279  2e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0857074  normal  0.216431 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0992  glycoside hydrolase family protein  29.19 
 
 		 932 aa  269  1e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0295666  normal  0.0129496 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1941  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  34.77 
 
 		 903 aa  269  2e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.615536  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1608  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  34.42 
 
 		 1093 aa  241  2.9999999999999997e-62  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1095  Beta-galactosidase  25.79 
 
 		 743 aa  211  5e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1667  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  30.82 
 
 		 858 aa  206  2e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.611357  normal  0.331093 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00239  beta-galactosidase  26.09 
 
 		 763 aa  189  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20490  Beta-galactosidase  23.45 
 
 		 750 aa  184  6e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000040433  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0624  Beta-galactosidase  30.21 
 
 		 894 aa  172  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0265527  normal  0.150404 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2935  beta-galactosidase  36.3 
 
 		 604 aa  170  9e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1292  Beta-galactosidase  27.56 
 
 		 862 aa  169  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.016367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6868  Beta-galactosidase  26.49 
 
 		 707 aa  169  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2654  Beta-galactosidase  29 
 
 		 704 aa  167  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0659127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0684  DNA primase  29.52 
 
 		 785 aa  164  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.113069  hitchhiker  0.000000509357 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2734  Beta-galactosidase  28.99 
 
 		 897 aa  160  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0832  glycoside hydrolase family protein  22.89 
 
 		 979 aa  159  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0225317  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1917  beta-D-galactosidase  27.37 
 
 		 1044 aa  154  7e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3338  glycoside hydrolase family protein  30.02 
 
 		 781 aa  152  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0252466  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1071  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  29.79 
 
 		 781 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0819877  normal  0.0326582 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0539  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  29.21 
 
 		 913 aa  147  7.0000000000000006e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.160142 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1285  Beta-galactosidase/beta-glucuronidase-like  26.85 
 
 		 824 aa  147  9e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1011  Beta-galactosidase  30.48 
 
 		 1019 aa  146  1e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00111283  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4197  glycoside hydrolase family protein  26.5 
 
 		 803 aa  146  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2419  Beta-galactosidase  28.23 
 
 		 686 aa  145  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.29894  normal  0.49724 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5245  Beta-galactosidase  28.6 
 
 		 670 aa  145  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3122  Beta-galactosidase  30.08 
 
 		 972 aa  143  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2025  Beta-glucuronidase  28.02 
 
 		 603 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0602766  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1283  glycoside hydrolase family protein  29.6 
 
 		 987 aa  142  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.64034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2013  beta-D-glucuronidase  28.02 
 
 		 603 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.73903 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1825  beta-D-glucuronidase  28.02 
 
 		 603 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1692  beta-D-glucuronidase  28.02 
 
 		 603 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1582  beta-D-glucuronidase  28.07 
 
 		 603 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3903  Beta-galactosidase  27.86 
 
 		 1063 aa  143  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.120366  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1804  beta-D-glucuronidase  28.07 
 
 		 603 aa  142  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.521015  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2051  glycoside hydrolase family protein  22.81 
 
 		 766 aa  142  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2816  Beta-galactosidase  26.54 
 
 		 1171 aa  141  6e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01576  hypothetical protein  27.88 
 
 		 603 aa  140  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01586  beta-D-glucuronidase  27.88 
 
 		 603 aa  140  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2609  Beta-galactosidase  28.11 
 
 		 738 aa  139  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4018  beta-galactosidase  25.41 
 
 		 1059 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000751059 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4102  Beta-galactosidase  27.73 
 
 		 1108 aa  139  3.0000000000000003e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.283499  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3269  Beta-galactosidase  26.53 
 
 		 1076 aa  138  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00255337 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3669  glycoside hydrolase family protein  27.02 
 
 		 888 aa  137  6.0000000000000005e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3118  glycoside hydrolase family protein  25.9 
 
 		 1043 aa  137  6.0000000000000005e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1689  Beta-glucuronidase  27.72 
 
 		 563 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0566843  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3195  beta-D-glucuronidase  29.49 
 
 		 590 aa  136  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.167785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4139  Beta-galactosidase  28.08 
 
 		 1129 aa  136  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.852691 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1013  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  25.64 
 
 		 1033 aa  135  3e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.188379  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2782  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  26.74 
 
 		 920 aa  135  3e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.396863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4208  Beta-galactosidase  28.64 
 
 		 587 aa  134  5e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1807  Beta-galactosidase  25.14 
 
 		 1035 aa  134  6e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.489965  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4634  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  28.82 
 
 		 1424 aa  134  6e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.893507  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05361  beta-1,4-mannosidase (Eurofung)  27.58 
 
 		 644 aa  134  6.999999999999999e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.124619  normal  0.368896 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1086  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  30.92 
 
 		 614 aa  134  6.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.358579 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2632  HflK  27.95 
 
 		 607 aa  134  7.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000143868  normal  0.498277 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2082  Beta-glucuronidase  26.52 
 
 		 600 aa  132  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.177163  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0490  Beta-glucuronidase  26.39 
 
 		 564 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4225  glycoside hydrolase family protein  26.19 
 
 		 951 aa  132  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.812558  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3226  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  27.9 
 
 		 1033 aa  131  5.0000000000000004e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.553706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3352  Beta-glucuronidase  30.18 
 
 		 625 aa  131  5.0000000000000004e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0530012  normal  0.948257 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2019  beta-D-galactosidase  26.57 
 
 		 1035 aa  130  8.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0466092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4961  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  28.94 
 
 		 1018 aa  130  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0530  Beta-galactosidase  27.27 
 
 		 591 aa  130  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1218  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  28.54 
 
 		 1041 aa  130  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000962199  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2469  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  27.64 
 
 		 1036 aa  130  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.362924  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>