More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0061 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0022  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  60.5 
 
 		 609 aa  766    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1750  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  53.32 
 
 		 799 aa  824    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.266085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1816  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  50.31 
 
 		 800 aa  790    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0827193  decreased coverage  0.000000000316153 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0134  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  47.85 
 
 		 884 aa  797    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3194  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  49.83 
 
 		 905 aa  863    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.163194  normal  0.106396 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0061  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  100 
 
 		 901 aa  1869    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2605  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  61.86 
 
 		 757 aa  832    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0289193 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0084  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  47.02 
 
 		 614 aa  533  1e-150  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.190697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0247  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  45.34 
 
 		 620 aa  508  9.999999999999999e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2024  glycoside hydrolase family protein  43.62 
 
 		 603 aa  497  1e-139  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6190  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  43.53 
 
 		 640 aa  491  1e-137  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6173  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  44.2 
 
 		 614 aa  487  1e-136  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.873861  normal  0.124893 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14310  beta-galactosidase/beta-glucuronidase  44.61 
 
 		 864 aa  468  9.999999999999999e-131  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1872  alpha-L-arabinofuranosidase B  40.68 
 
 		 980 aa  446  1.0000000000000001e-124  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3323  Beta-galactosidase  40 
 
 		 584 aa  427  1e-118  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0719598  normal  0.43752 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28300  beta-galactosidase/beta-glucuronidase  42.1 
 
 		 575 aa  427  1e-118  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.290276  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2467  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  39.79 
 
 		 1064 aa  421  1e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3794  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  41.25 
 
 		 623 aa  403  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.012505  normal  0.0216504 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1730  glycosy hydrolase family protein  39.19 
 
 		 600 aa  396  1e-108  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0782233  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0711  glycoside hydrolase family protein  35.96 
 
 		 626 aa  391  1e-107  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1202  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  38.31 
 
 		 619 aa  381  1e-104  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.302396  normal  0.234387 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1591  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  37.27 
 
 		 932 aa  374  1e-102  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.149874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22300  beta-galactosidase/beta-glucuronidase  37.73 
 
 		 602 aa  372  1e-101  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0671399  normal  0.394797 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02395  hydrolase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G14520)  36.05 
 
 		 613 aa  335  3e-90  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.265336  normal  0.18645 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4066  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  31.78 
 
 		 590 aa  280  1e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2021  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  33.33 
 
 		 640 aa  270  1e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1086  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  32.48 
 
 		 614 aa  264  4e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.358579 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2878  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  32.12 
 
 		 614 aa  260  1e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00832134 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1940  glycoside hydrolase family protein  32.33 
 
 		 593 aa  256  1.0000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.590979  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4107  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  32.02 
 
 		 595 aa  251  3e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2104  glycoside hydrolase family protein  32.72 
 
 		 627 aa  244  5e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0966  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  32.62 
 
 		 621 aa  238  4e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0165303 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2483  glycoside hydrolase family protein  30.6 
 
 		 623 aa  234  5e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.455341  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03200  conserved hypothetical protein  29.28 
 
 		 645 aa  226  2e-57  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0625836 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20590  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  28.46 
 
 		 892 aa  224  4.9999999999999996e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4492  Beta-galactosidase  28.18 
 
 		 889 aa  205  3e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  decreased coverage  0.00800189  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07790  beta-galactosidase/beta-glucuronidase  29.52 
 
 		 651 aa  205  4e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.883217  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3622  glycoside hydrolase family protein  34.05 
 
 		 945 aa  202  1.9999999999999998e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0309  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  30.22 
 
 		 604 aa  196  2e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.83969  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0430  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  31.49 
 
 		 923 aa  189  2e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32470  beta-galactosidase/beta-glucuronidase  27.54 
 
 		 710 aa  184  5.0000000000000004e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.461642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1667  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  27.29 
 
 		 858 aa  127  8.000000000000001e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.611357  normal  0.331093 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2927  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  24.44 
 
 		 619 aa  126  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.817001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0826  glycosy hydrolase family protein  29.2 
 
 		 804 aa  125  3e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.241156  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2461  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  26.1 
 
 		 929 aa  123  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0815  beta-galactosidase  28.97 
 
 		 804 aa  120  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.57434  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4197  glycoside hydrolase family protein  29.23 
 
 		 803 aa  119  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4225  glycoside hydrolase family protein  28.21 
 
 		 951 aa  116  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.812558  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2609  Beta-galactosidase  27.15 
 
 		 738 aa  112  4.0000000000000004e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3212  hypothetical protein  36.14 
 
 		 198 aa  112  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2419  Beta-galactosidase  26.16 
 
 		 686 aa  111  6e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.29894  normal  0.49724 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1457  glycoside hydrolase family 2 immunoglobulin domain protein beta-sandwich  24.58 
 
 		 940 aa  110  9.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20490  Beta-galactosidase  29.06 
 
 		 750 aa  108  3e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000040433  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1285  Beta-galactosidase/beta-glucuronidase-like  27.03 
 
 		 824 aa  108  6e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4139  Beta-galactosidase  25.77 
 
 		 1129 aa  107  7e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.852691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2720  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  26.08 
 
 		 1053 aa  107  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2816  Beta-galactosidase  25.36 
 
 		 1171 aa  106  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1625  glycoside hydrolase family 42 protein  27.76 
 
 		 1084 aa  105  3e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00573488  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1292  Beta-galactosidase  23.21 
 
 		 862 aa  105  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.016367  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02463  beta-galactosidase (Eurofung)  25.19 
 
 		 1023 aa  103  1e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.220978 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1221  beta-galactosidase  25.33 
 
 		 1455 aa  103  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1559  glycoside hydrolase family protein  27.03 
 
 		 1084 aa  103  1e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000116157  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3122  Beta-galactosidase  27.04 
 
 		 972 aa  103  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0579  Beta-glucuronidase  27.98 
 
 		 597 aa  100  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.588322 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0684  DNA primase  25.35 
 
 		 785 aa  100  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.113069  hitchhiker  0.000000509357 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1330  beta-D-glucuronidase  24.29 
 
 		 596 aa  99.8  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.237196  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3226  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  22.87 
 
 		 1033 aa  100  2e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.553706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1095  Beta-galactosidase  26.34 
 
 		 743 aa  99  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2082  Beta-glucuronidase  26.02 
 
 		 600 aa  99.4  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.177163  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0715  Beta-galactosidase  25.68 
 
 		 1024 aa  99  4e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3871  Beta-glucuronidase  26.2 
 
 		 603 aa  98.2  6e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.311387 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4208  Beta-galactosidase  25.68 
 
 		 587 aa  97.8  8e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1017  Beta-galactosidase  25.78 
 
 		 717 aa  97.8  8e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2520  glycoside hydrolase family protein  24.21 
 
 		 925 aa  97.4  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1013  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  26.05 
 
 		 1033 aa  97.4  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.188379  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2717  Beta-galactosidase  26.53 
 
 		 1045 aa  95.9  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.945973 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2370  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  26.78 
 
 		 1026 aa  94.4  8e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0768675  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2632  HflK  25.96 
 
 		 607 aa  94  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000143868  normal  0.498277 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4634  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  26.51 
 
 		 1424 aa  93.6  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.893507  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4075  glycoside hydrolase family protein  26.58 
 
 		 1175 aa  93.6  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.589786  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4018  beta-galactosidase  24.89 
 
 		 1059 aa  93.6  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000751059 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0006  glycoside hydrolase family protein  24.86 
 
 		 734 aa  93.2  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00275  beta-D-galactosidase  25.36 
 
 		 1041 aa  93.6  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3269  Beta-galactosidase  23.83 
 
 		 1076 aa  92.4  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00255337 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5411  beta-galactosidase  23.08 
 
 		 1008 aa  92  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111624  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2842  Beta-glucuronidase  25.26 
 
 		 568 aa  92  4e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0277834  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1362  beta-D-galactosidase  22.54 
 
 		 1043 aa  91.3  7e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00215799  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0195  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  24.66 
 
 		 1329 aa  90.9  9e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2038  Beta-galactosidase  24.32 
 
 		 1046 aa  90.5  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4133  glycoside hydrolase family protein  25.32 
 
 		 754 aa  90.5  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.894535  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05361  beta-1,4-mannosidase (Eurofung)  23.74 
 
 		 644 aa  89.7  2e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.124619  normal  0.368896 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3244  glycoside hydrolase family protein  25.28 
 
 		 916 aa  89  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0368186  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0698  beta-D-glucuronidase  23.1 
 
 		 599 aa  89  4e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0580  glycoside hydrolase family protein  24.6 
 
 		 1077 aa  89  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0288  glycoside hydrolase family protein  25.07 
 
 		 628 aa  89  4e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000148878  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0920  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  22.98 
 
 		 1005 aa  88.6  5e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0700596  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3352  Beta-glucuronidase  24.64 
 
 		 625 aa  88.6  5e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0530012  normal  0.948257 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0102  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  26.27 
 
 		 1781 aa  88.6  5e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.432951 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6868  Beta-galactosidase  25.39 
 
 		 707 aa  88.2  6e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4102  Beta-galactosidase  25.59 
 
 		 1108 aa  88.2  7e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.283499  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>