59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3794 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3794  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 523 aa  1059    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0021  Peptidoglycan-binding LysM  25.15 
 
 		 522 aa  212  2e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2402  peptidoglycan-binding LysM  24.28 
 
 		 522 aa  207  5e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2402  Peptidoglycan-binding LysM  23.35 
 
 		 511 aa  139  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2189  lysM domain-containing protein  22.54 
 
 		 520 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2479  lysM domain-containing protein  21.82 
 
 		 520 aa  130  7.000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0598  peptidoglycan-binding LysM  22.86 
 
 		 508 aa  128  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21410  Peptidoglycan-binding LysM  21.05 
 
 		 530 aa  105  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0053  peptidoglycan-binding LysM  18.74 
 
 		 545 aa  92.4  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.60632  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2106  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  19.56 
 
 		 509 aa  90.9  6e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0193  Peptidoglycan-binding LysM  23.14 
 
 		 536 aa  83.2  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0082  peptidoglycan-binding LysM  18.46 
 
 		 567 aa  77.8  0.0000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0052  hypothetical protein  21.36 
 
 		 481 aa  68.9  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0618003  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21400  Peptidoglycan-binding LysM  17.4 
 
 		 500 aa  60.5  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  57.14 
 
 		 517 aa  53.9  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0888  M24/M37 family peptidase  49.23 
 
 		 427 aa  53.5  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  52.83 
 
 		 554 aa  52.8  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0884  M24/M37 family peptidase  49.23 
 
 		 427 aa  52.8  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  50 
 
 		 515 aa  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  50 
 
 		 515 aa  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  50 
 
 		 515 aa  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  50 
 
 		 519 aa  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2132  cell wall hydrolase SleB  54.76 
 
 		 216 aa  48.9  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  44.07 
 
 		 495 aa  47.8  0.0005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1354  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  42.86 
 
 		 372 aa  47.8  0.0005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.401236  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  44 
 
 		 514 aa  47.4  0.0006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  44 
 
 		 515 aa  47.4  0.0006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0673  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  43.75 
 
 		 372 aa  47.4  0.0007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  44 
 
 		 515 aa  47.4  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  45.28 
 
 		 553 aa  47.4  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0748  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  43.75 
 
 		 372 aa  47.4  0.0007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  52.38 
 
 		 519 aa  47  0.0008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1247  putative cell-wall associated endopeptidase  45.24 
 
 		 257 aa  47  0.0009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  50 
 
 		 546 aa  47  0.0009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0188  peptidase M23B  53.19 
 
 		 271 aa  46.2  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.248105  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2964  NLP/P60 protein  44.44 
 
 		 208 aa  46.2  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  47.62 
 
 		 515 aa  46.2  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  47.62 
 
 		 515 aa  46.6  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 		 409 aa  45.4  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  50 
 
 		 1556 aa  46.2  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  48 
 
 		 511 aa  45.8  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 		 620 aa  45.1  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0140  hypothetical protein  46.51 
 
 		 243 aa  45.1  0.003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.47781  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  48 
 
 		 519 aa  45.1  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0560  Peptidoglycan-binding LysM  40.91 
 
 		 507 aa  45.4  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0820449  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1251  cell wall hydrolase SleB  47.62 
 
 		 222 aa  45.1  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  42.86 
 
 		 447 aa  44.7  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5743  peptidoglycan-binding LysM  34.94 
 
 		 571 aa  44.7  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.538891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1800  peptidoglycan-binding LysM  42.31 
 
 		 503 aa  44.7  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.199953  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00645  hemagglutinin  46 
 
 		 283 aa  44.3  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  38.46 
 
 		 517 aa  44.3  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  46.3 
 
 		 341 aa  43.9  0.007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1493  Peptidase M23  50 
 
 		 530 aa  43.9  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.323244 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1626  cell wall hydrolase SleB  40 
 
 		 253 aa  43.9  0.008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.193546  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  42.86 
 
 		 797 aa  43.9  0.008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  42.59 
 
 		 338 aa  43.5  0.009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  44.44 
 
 		 548 aa  43.5  0.009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2634  peptidoglycan-binding LysM  46.51 
 
 		 302 aa  43.5  0.009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258799 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  51.16 
 
 		 495 aa  43.5  0.009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>