More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3621 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3621  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 203 aa  416  9.999999999999999e-116  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.941769  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  23.6 
 
 		 203 aa  67.4  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0457  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 189 aa  65.5  0.0000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6034  TetR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 223 aa  62.8  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2085  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4481  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.918639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1969  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0320964 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5045  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906168  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5815  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2365  TetR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227272  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1720  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 200 aa  57  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2291  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.857741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0457  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1778  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0789135  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6228  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.301912  normal  0.923303 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4364  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3413  transcriptional regulator, TetR family  40.68 
 
 		 246 aa  55.1  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2161  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4577  TetR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 247 aa  55.1  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2294  TetR family regulatory protein  28.45 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  22.79 
 
 		 213 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  22.79 
 
 		 213 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1827  regulatory protein, TetR  28.79 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2102  TetR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.526616  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2161  TetR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.720901  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3016  transcriptional regulator, TetR family  25.6 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.150997  normal  0.125451 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0955  TetR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 212 aa  53.9  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  22.79 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3562  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 216 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 192 aa  53.5  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1231  HTH-type transcriptional regulator RutR  26.92 
 
 		 212 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3290  transcriptional regulator, TetR family  24.43 
 
 		 225 aa  53.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.413178  normal  0.0802991 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0138  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 218 aa  53.5  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1087  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 215 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.9461  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3410  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000655293  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3295  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 208 aa  53.1  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2292  intercellular adhesion regulator  31.82 
 
 		 185 aa  52.8  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0364892  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1692  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 224 aa  53.1  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 		 199 aa  53.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0322  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 223 aa  53.1  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.541277 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  27.04 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1824  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 224 aa  52.8  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87921  normal  0.175095 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 210 aa  52.8  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4427  TetR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 216 aa  52.4  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  22.4 
 
 		 196 aa  52.8  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1941  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 189 aa  52.8  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.842083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1196  HTH-type transcriptional regulator RutR  26.15 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3035  transcriptional regulator, TetR family  24.43 
 
 		 225 aa  52.4  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.489456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 223 aa  52  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1186  HTH-type transcriptional regulator RutR  26.15 
 
 		 212 aa  52.4  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1081  HTH-type transcriptional regulator RutR  26.15 
 
 		 212 aa  52.4  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0059  transcriptional regulator, TetR family  31.62 
 
 		 194 aa  52.4  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00007304  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 198 aa  52  0.000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1216  HTH-type transcriptional regulator RutR  26.15 
 
 		 212 aa  52  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.591915 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5318  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 197 aa  52  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 200 aa  52  0.000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  25 
 
 		 224 aa  51.6  0.000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 203 aa  51.6  0.000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1444  transcriptional regulator, TetR family  39.24 
 
 		 225 aa  51.6  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0101817  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1423  TetR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 209 aa  51.2  0.000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.6699 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0536  transcriptional regulator, TetR family  25.66 
 
 		 204 aa  51.2  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.613933  normal  0.25181 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 214 aa  51.2  0.000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 207 aa  51.2  0.000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02063  putative transcription regulator transcription regulator protein  24.44 
 
 		 224 aa  50.8  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0495626  normal  0.936254 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4287  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 191 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4231  transcriptional regulator, TetR family  45.28 
 
 		 191 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4114  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 191 aa  50.8  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3955  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 191 aa  50.8  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.915843  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3966  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 191 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 212 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 203 aa  50.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2636  transcriptional regulator, TetR family  22.78 
 
 		 198 aa  50.8  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4434  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 191 aa  50.8  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4342  transcriptional regulator, TetR family  45.28 
 
 		 191 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1264  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 206 aa  50.8  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2710  TetR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 203 aa  51.2  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.466457  normal  0.498996 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 238 aa  50.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 198 aa  51.2  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2746  regulatory protein TetR  28.77 
 
 		 186 aa  51.2  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3673  transcriptional regulator, TetR family  34.18 
 
 		 230 aa  51.2  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2689  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 186 aa  51.2  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1636  TetR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 200 aa  50.8  0.00001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0910  transcriptional regulator, TetR family  45.28 
 
 		 191 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00546748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 203 aa  50.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  25.38 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  24.81 
 
 		 218 aa  50.4  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0142  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 288 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1036  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 288 aa  50.4  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 202 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  25.38 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 248 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  25.38 
 
 		 212 aa  50.1  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0144  TetR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 224 aa  50.4  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.522541  decreased coverage  0.0000264507 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 202 aa  50.1  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4323  transcriptional regulator, TetR family  45.28 
 
 		 191 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3375  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 196 aa  50.4  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1313  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 321 aa  50.4  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>