More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3438 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3438  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 
378 aa  793    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000261691  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2201  queuine tRNA-ribosyltransferase  77.24 
 
 
380 aa  621  1e-177  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1912  queuine tRNA-ribosyltransferase  77.24 
 
 
380 aa  621  1e-177  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.288264  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1791  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.96 
 
 
370 aa  399  9.999999999999999e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000378979  hitchhiker  0.00274251 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1187  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.79 
 
 
384 aa  399  9.999999999999999e-111  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00200873  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.45 
 
 
373 aa  388  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.99 
 
 
375 aa  390  1e-107  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0530  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.09 
 
 
373 aa  385  1e-106  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00176978  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1696  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.73 
 
 
379 aa  385  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3622  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.23 
 
 
372 aa  387  1e-106  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00110996  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.86 
 
 
372 aa  387  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.59 
 
 
369 aa  386  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0231453  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1259  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.48 
 
 
379 aa  387  1e-106  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.527316  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1729  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.73 
 
 
379 aa  385  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.37523  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0632  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.6 
 
 
392 aa  383  1e-105  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.6 
 
 
370 aa  384  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2109  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.27 
 
 
379 aa  382  1e-105  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2518  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.53 
 
 
380 aa  383  1e-105  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00624233  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12290  queuine tRNA-ribosyltransferase  50 
 
 
373 aa  382  1e-105  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000356741  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.32 
 
 
372 aa  384  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0382  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.28 
 
 
357 aa  379  1e-104  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1203  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.46 
 
 
379 aa  380  1e-104  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.261953  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.32 
 
 
371 aa  380  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0579  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.63 
 
 
370 aa  380  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.350695  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0958  queuine tRNA-ribosyltransferase  50 
 
 
374 aa  381  1e-104  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0452051  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1666  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.27 
 
 
370 aa  381  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.098612  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1194  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.32 
 
 
367 aa  378  1e-104  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0930  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.72 
 
 
380 aa  377  1e-103  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2398  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.72 
 
 
368 aa  376  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000165402  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0521  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.14 
 
 
371 aa  375  1e-103  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3134  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.26 
 
 
379 aa  377  1e-103  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.212476  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4264  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.72 
 
 
379 aa  373  1e-102  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000851523  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1307  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.49 
 
 
387 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.99285  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2075  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.36 
 
 
367 aa  374  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.698983  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0699  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.45 
 
 
379 aa  372  1e-102  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000227158  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4536  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.45 
 
 
379 aa  372  1e-102  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000578318  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2542  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.88 
 
 
387 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.213207  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1408  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.49 
 
 
387 aa  372  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.971065  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0820  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.73 
 
 
387 aa  373  1e-102  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2182  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.8 
 
 
374 aa  369  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1175  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.72 
 
 
368 aa  370  1e-101  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0539668  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4502  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.18 
 
 
379 aa  371  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000575969  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4551  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.18 
 
 
379 aa  371  1e-101  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000170513  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4312  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.18 
 
 
379 aa  371  1e-101  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000048864  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4150  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.18 
 
 
379 aa  371  1e-101  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000148017  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4161  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.18 
 
 
379 aa  371  1e-101  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000310592  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2808  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.98 
 
 
376 aa  369  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.634866  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1321  queuine tRNA-ribosyltransferase  45.76 
 
 
391 aa  368  1e-101  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4647  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.18 
 
 
379 aa  371  1e-101  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000256565  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1694  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.14 
 
 
373 aa  369  1e-101  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.556038 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3258  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.99 
 
 
368 aa  370  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000643926  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4497  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.18 
 
 
379 aa  371  1e-101  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000628432 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2944  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.28 
 
 
376 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0159  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.42 
 
 
382 aa  370  1e-101  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.95405  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0565  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.64 
 
 
373 aa  368  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.005662  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.95 
 
 
369 aa  368  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000114064  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1756  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.93 
 
 
377 aa  366  1e-100  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.185271  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0175  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.67 
 
 
381 aa  365  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3407  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.09 
 
 
370 aa  367  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.38542  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2011  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.21 
 
 
380 aa  367  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.638578  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1800  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.09 
 
 
374 aa  367  1e-100  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0396  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.23 
 
 
380 aa  365  1e-99  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000954967  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2844  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.27 
 
 
377 aa  365  1e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1428  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.03 
 
 
369 aa  364  1e-99  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00175971  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0514  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.57 
 
 
370 aa  363  2e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.28 
 
 
377 aa  363  4e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0019  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.71 
 
 
379 aa  362  4e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1759  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.23 
 
 
377 aa  362  5.0000000000000005e-99  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2429  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.77 
 
 
367 aa  362  7.0000000000000005e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0270  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.38 
 
 
379 aa  362  7.0000000000000005e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.147453  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0605  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.95 
 
 
395 aa  362  7.0000000000000005e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0276  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.53 
 
 
377 aa  362  8e-99  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000356589  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0931  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.17 
 
 
394 aa  361  1e-98  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3278  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.21 
 
 
369 aa  361  1e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.275264  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0712  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.13 
 
 
377 aa  361  1e-98  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2520  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.54 
 
 
376 aa  361  1e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783169  normal  0.199825 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0455  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.88 
 
 
384 aa  360  2e-98  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2757  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.53 
 
 
386 aa  360  2e-98  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.717518 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2997  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.58 
 
 
384 aa  360  2e-98  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.804004  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3296  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.77 
 
 
383 aa  360  3e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1894  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.85 
 
 
355 aa  360  3e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.3829100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.11 
 
 
374 aa  360  3e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.56 
 
 
377 aa  359  4e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3054  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.66 
 
 
379 aa  359  4e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0377683  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.83 
 
 
374 aa  358  7e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.83 
 
 
374 aa  358  7e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.79 
 
 
374 aa  358  7e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.83 
 
 
374 aa  358  7e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.83 
 
 
374 aa  358  8e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2476  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.4 
 
 
383 aa  358  8e-98  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0280  queuine tRNA-ribosyltransferase  45.73 
 
 
375 aa  358  9e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0681  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.17 
 
 
370 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111123  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2059  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.7 
 
 
371 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.83 
 
 
375 aa  358  9.999999999999999e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1717  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.7 
 
 
371 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.647195 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1771  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.99 
 
 
377 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3270  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.51 
 
 
379 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756074  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1404  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.72 
 
 
376 aa  357  1.9999999999999998e-97  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.2387 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  45.72 
 
 
374 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000654614  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1495  queuine tRNA-ribosyltransferase  46.26 
 
 
376 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.474706 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>