More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3145 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3145  integrase family protein  100 
 
 
438 aa  903    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00138908  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0926  integrase family protein  27.59 
 
 
438 aa  84.7  0.000000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  28.19 
 
 
325 aa  80.9  0.00000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  25.86 
 
 
414 aa  77  0.0000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  25.94 
 
 
378 aa  76.6  0.0000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2026  integrase family protein  27.31 
 
 
392 aa  76.3  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  25.65 
 
 
391 aa  70.9  0.00000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0880  phage integrase family protein  26.94 
 
 
291 aa  67.4  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0027577 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1247  phage integrase family site specific recombinase  26.13 
 
 
399 aa  67.4  0.0000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.357571  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1133  phage integrase  24.91 
 
 
454 aa  67.4  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00289406  hitchhiker  0.000832848 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  24.18 
 
 
305 aa  67.4  0.0000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  25.38 
 
 
275 aa  66.6  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  25.75 
 
 
369 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1568  integrase family protein  24.79 
 
 
357 aa  65.5  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  22.68 
 
 
390 aa  65.5  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  27.92 
 
 
435 aa  64.7  0.000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3952  integrase family protein  28.83 
 
 
310 aa  63.9  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  25.47 
 
 
369 aa  63.5  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  27.12 
 
 
400 aa  63.2  0.000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0795  integrase family protein  28.46 
 
 
362 aa  62.4  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.475603  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0512  phage integrase  27.01 
 
 
506 aa  62.4  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000591844  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6303  integrase family protein  29.38 
 
 
416 aa  62.8  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.66477  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  21.08 
 
 
477 aa  62.4  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  24.31 
 
 
363 aa  60.5  0.00000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2627  phage integrase family protein  24.5 
 
 
376 aa  60.5  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000511904  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  23.76 
 
 
369 aa  60.1  0.00000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2723  integrase family protein  27.89 
 
 
313 aa  60.1  0.00000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0938  Phage integrase  24.13 
 
 
393 aa  60.1  0.00000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.992929  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3350  integrase  21.56 
 
 
308 aa  60.1  0.00000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00359362  decreased coverage  0.00980373 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3836  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.99 
 
 
376 aa  58.5  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4134  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.99 
 
 
376 aa  58.5  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.62629  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  24.81 
 
 
284 aa  58.9  0.0000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  23.51 
 
 
311 aa  58.9  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2147  phage integrase family protein  28.72 
 
 
367 aa  58.5  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5534  integrase family protein  22.25 
 
 
426 aa  57.8  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5939  phage integrase family protein  29.14 
 
 
395 aa  57.8  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  25 
 
 
376 aa  57.8  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000192232  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2967  phage integrase family protein  23.74 
 
 
379 aa  57.4  0.0000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132884  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  21.36 
 
 
370 aa  57  0.0000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2923  phage integrase  23.74 
 
 
379 aa  57.4  0.0000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3508  integrase family protein  24.83 
 
 
443 aa  57  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1474  phage integrase family site specific recombinase  22.6 
 
 
386 aa  56.2  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0051357  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1704  phage integrase family protein  26.87 
 
 
364 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.91638 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  22.99 
 
 
368 aa  55.8  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5577  phage integrase  27.88 
 
 
344 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5980  phage integrase family protein  26.87 
 
 
364 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  20.07 
 
 
328 aa  55.8  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0959  Phage integrase  22.03 
 
 
392 aa  55.5  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
 
NC_007777  Francci3_3153  tyrosine recombinase XerD  25.93 
 
 
443 aa  55.5  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.408525  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0820  integrase family protein  29.61 
 
 
378 aa  55.8  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0415  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  22.35 
 
 
374 aa  54.7  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0427  prophage lambdaba04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  22.35 
 
 
374 aa  54.7  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  24.62 
 
 
387 aa  54.7  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  22.35 
 
 
308 aa  54.7  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2126  integrase family protein  22.5 
 
 
395 aa  54.7  0.000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.706316 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  30.25 
 
 
291 aa  54.3  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0709  phage integrase family protein  25.47 
 
 
386 aa  54.3  0.000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  21.4 
 
 
296 aa  54.3  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  28.08 
 
 
334 aa  53.9  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1451  integrase family protein  26.23 
 
 
371 aa  53.5  0.000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0217  phage integrase family site specific recombinase  25.62 
 
 
384 aa  53.5  0.000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.35128  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  23.12 
 
 
377 aa  53.1  0.000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3147  Tn554-related, transposase A  27.33 
 
 
372 aa  53.1  0.000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.85236  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20700  site-specific recombinase, integrase family  29.7 
 
 
395 aa  53.1  0.000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1993  phage integrase family site specific recombinase  23.96 
 
 
373 aa  52.8  0.00001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2797  phage integrase family protein  29.09 
 
 
451 aa  52.4  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0242  Tn554-related, transposase A  27.33 
 
 
519 aa  53.1  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  21.52 
 
 
313 aa  52.8  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4322  phage integrase family protein  25.6 
 
 
193 aa  52.8  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205034  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06590  site-specific recombinase, integrase family  29.7 
 
 
312 aa  53.1  0.00001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0527476  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0221  phage integrase  27.81 
 
 
349 aa  52.4  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.118358  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0423  integrase family protein  28.99 
 
 
304 aa  52.4  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0350  phage integrase family protein  30.82 
 
 
341 aa  52.4  0.00001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000105216  hitchhiker  0.0000498769 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0762  phage integrase family protein  25.52 
 
 
287 aa  52.8  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  26.97 
 
 
278 aa  52.4  0.00001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  21.74 
 
 
385 aa  52.4  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  22.46 
 
 
332 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  20.88 
 
 
292 aa  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000678444  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5359  integrase family protein  24.37 
 
 
204 aa  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.13733 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  28.93 
 
 
291 aa  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  25.15 
 
 
391 aa  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  24.14 
 
 
300 aa  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  22.94 
 
 
398 aa  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1434  phage integrase family protein  24.68 
 
 
322 aa  51.6  0.00003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0201  tyrosine recombinase XerC subunit  27.27 
 
 
345 aa  51.2  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000601095 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1617  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.07 
 
 
330 aa  51.6  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000155402  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3318  integrase family protein  28.09 
 
 
423 aa  51.2  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000001885  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  21.17 
 
 
308 aa  51.2  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  22.62 
 
 
314 aa  51.2  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  25.77 
 
 
283 aa  51.2  0.00004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2834  integrase family protein  21.64 
 
 
314 aa  51.2  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.061361  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0978  phage integrase family protein  19.39 
 
 
283 aa  50.4  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1001  integrase family protein  27.32 
 
 
333 aa  50.4  0.00006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  25.45 
 
 
373 aa  50.4  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  26.09 
 
 
367 aa  50.1  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4462  integrase family protein  29.48 
 
 
311 aa  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1163  phage integrase family protein  26.67 
 
 
472 aa  50.4  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.562087  normal  0.524123 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  24.29 
 
 
310 aa  50.1  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0370  phage integrase family protein  26.84 
 
 
304 aa  50.1  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  23.4 
 
 
295 aa  50.1  0.00009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>