100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2440 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_2440  BFD/(2Fe-2S)-binding domain-containing protein  100 
 
 
58 aa  115  1.9999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000802988  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1078  molybdopterin oxidoreductase  46 
 
 
897 aa  58.2  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.0000348039  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1453  assimilatory nitrate reductase (NADH) alpha subunit apoprotein  48 
 
 
942 aa  55.5  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.283802  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1119  assimilatory nitrate reductase (NADH) alpha subunit apoprotein  42.86 
 
 
895 aa  53.1  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2213  nitrite reductase-related protein  47.27 
 
 
60 aa  52.8  0.000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.334243 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4945  nitrate reductase  43.86 
 
 
905 aa  51.6  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2813  molybdopterin oxidoreductase  38.78 
 
 
899 aa  51.6  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3546  Nitrate reductase  47.92 
 
 
895 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.528678  normal  0.381606 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3222  nitrate reductase  47.92 
 
 
895 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2823  assimilatory nitrate reductase (NADH) alpha subunit apoprotein  47.92 
 
 
897 aa  50.8  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1450  molybdopterin oxidoreductase  43.75 
 
 
885 aa  50.8  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.16865  normal  0.891602 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1627  molybdopterin oxidoreductase  43.75 
 
 
885 aa  50.4  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.169804  normal  0.181312 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5892  nitrate reductase large subunit  37.25 
 
 
885 aa  50.4  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.32137  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2168  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  41.18 
 
 
483 aa  49.7  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.586503  hitchhiker  0.00172973 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2362  NifU domain-containing protein  46.15 
 
 
203 aa  50.1  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.201706  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2493  molybdopterin oxidoreductase  40.74 
 
 
880 aa  50.1  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3045  assimilatory nitrate reductase (NADH) alpha subunit apoprotein  47.92 
 
 
873 aa  48.9  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0250734  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3749  nitrate reductase  46 
 
 
910 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.391081  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2865  molybdopterin oxidoreductase  44 
 
 
894 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0734148  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2532  molybdopterin oxidoreductase  35.19 
 
 
967 aa  49.3  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.687904  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1442  molybdopterin oxidoreductase  43.75 
 
 
882 aa  49.3  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.056801  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2777  molybdopterin oxidoreductase  42 
 
 
1173 aa  49.3  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4523  molybdopterin oxidoreductase  40.82 
 
 
885 aa  48.5  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2321  assimilatory nitrate reductase (NADH) alpha subunit apoprotein  36.54 
 
 
835 aa  48.1  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.269586  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1669  nitrate reductase  38 
 
 
873 aa  48.1  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.761337  normal  0.453299 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0764  assimilatory nitrate reductase (NADH) alpha subunit apoprotein  34.62 
 
 
915 aa  48.1  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.136894 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4449  molybdopterin oxidoreductase  45.1 
 
 
870 aa  47.8  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0978  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  48 
 
 
484 aa  47  0.00009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0236  IscU protein  43.14 
 
 
203 aa  47  0.00009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3507  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  49.06 
 
 
857 aa  47  0.00009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.917816  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4046  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.9 
 
 
850 aa  46.6  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0366  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.31 
 
 
203 aa  46.2  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.041625  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2954  molybdopterin oxidoreductase  38.46 
 
 
901 aa  46.6  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4260  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  40.82 
 
 
837 aa  46.2  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00961758  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3284  molybdopterin oxidoreductase  44.68 
 
 
804 aa  46.2  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0178  molybdopterin oxidoreductase  41.67 
 
 
891 aa  46.6  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1744  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  38.18 
 
 
853 aa  46.6  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.662077 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2729  molybdopterin oxidoreductase  44.68 
 
 
902 aa  45.4  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6395  BFD domain protein (2Fe-2S)-binding domain protein  46 
 
 
85 aa  45.8  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.816862  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1914  BFD-like (2Fe-2S)-binding region  43.75 
 
 
70 aa  45.4  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.11607  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5033  BFD domain-containing protein (2Fe-2S)-binding domain-containing protein  40.82 
 
 
89 aa  44.7  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.354323 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3869  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.78 
 
 
837 aa  44.7  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1159  molybdopterin oxidoreductase  43.75 
 
 
907 aa  44.3  0.0005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0258  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  40.82 
 
 
880 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0309193  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03658  nitrate reductase  41.46 
 
 
942 aa  44.3  0.0006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0268  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  40.82 
 
 
880 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.229945 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0207  IscU protein  43.75 
 
 
203 aa  44.3  0.0006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0235  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  40 
 
 
848 aa  44.3  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0248  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  40.82 
 
 
880 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.120647  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4259  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.09 
 
 
478 aa  44.3  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0277148  hitchhiker  0.00210127 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3956  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  40 
 
 
848 aa  44.3  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3869  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  46.94 
 
 
850 aa  43.9  0.0007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.104514  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0319  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  35.85 
 
 
854 aa  43.5  0.0008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1026  molybdopterin oxidoreductase  46.94 
 
 
894 aa  43.5  0.0009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1266  assimilatory nitrate reductase (NADH) beta subunit  41.67 
 
 
537 aa  43.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.579609  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2412  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.62 
 
 
846 aa  43.5  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000434604  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2231  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.82 
 
 
203 aa  43.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2174  nitrogen-fixing NifU domain protein  41.18 
 
 
203 aa  43.5  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3417  Nitrate reductase  50 
 
 
895 aa  43.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2723  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  35.71 
 
 
452 aa  43.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0909618 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2413  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  33.93 
 
 
475 aa  43.5  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00187613  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1544  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.58 
 
 
1396 aa  43.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.673057  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3053  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  40.74 
 
 
827 aa  43.5  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.050716  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2722  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.22 
 
 
834 aa  42.4  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.11764 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1441  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.54 
 
 
1386 aa  42.4  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.281756  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0670  molybdopterin oxidoreductase  40.82 
 
 
896 aa  42  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.611773  normal  0.0334973 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0590  nitrate reductase  38.18 
 
 
879 aa  42.4  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2917  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  33.33 
 
 
864 aa  42  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.27206  normal  0.374599 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2730  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.58 
 
 
1396 aa  42.7  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3868  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  33.33 
 
 
478 aa  42.4  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2322  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor / assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit / assimilatory nitrate reductase (NADH) beta subunit  36.54 
 
 
1328 aa  42.4  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.286672  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2966  assimilatory nitrate reductase (NADH) alpha subunit apoprotein  42.31 
 
 
861 aa  42.7  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.295396  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10255  nitrite reductase NAD(P)H] large subunit  39.62 
 
 
853 aa  42.7  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.019775 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2906  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.58 
 
 
1381 aa  42.7  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2249  BFD/(2Fe-2S)-binding domain-containing protein  38.78 
 
 
64 aa  42.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0176531  decreased coverage  0.00631753 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1752  molybdopterin oxidoreductase  36.73 
 
 
897 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0232031 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4452  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  41.67 
 
 
810 aa  42  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1258  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  38.1 
 
 
879 aa  41.6  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.993726  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2905  molybdopterin oxidoreductase  35.42 
 
 
883 aa  41.6  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2297  molybdopterin oxidoreductase  45.83 
 
 
898 aa  42  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.354488  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1545  molybdopterin oxidoreductase  40.43 
 
 
902 aa  42  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1311  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  41.67 
 
 
520 aa  41.2  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000338816 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2497  molybdopterin oxidoreductase  39.58 
 
 
892 aa  41.6  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.790311 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2062  molybdopterin oxidoreductase  34.69 
 
 
1180 aa  41.2  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4818  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H-binding) large subunit precursor  35.85 
 
 
853 aa  41.6  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.601986 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2879  nitrite reductase (NAD(P)H)subunit  39.29 
 
 
971 aa  41.6  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4595  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  42.86 
 
 
849 aa  41.2  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.649797  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4164  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.45 
 
 
851 aa  41.2  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4276  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.45 
 
 
851 aa  41.2  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160671  normal  0.522332 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1222  nitrite reductase NADPH large subunit  47.5 
 
 
852 aa  41.2  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.356268  normal  0.678128 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1548  molybdopterin oxidoreductase  35.29 
 
 
1000 aa  40.8  0.006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.118876  normal  0.471457 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1875  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  32.08 
 
 
880 aa  40.8  0.007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.654316  hitchhiker  0.000051224 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1328  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  37.04 
 
 
870 aa  40.4  0.008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0740855  normal  0.335394 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1702  assimilatory nitrate reductase (NADH) alpha subunit apoprotein  31.48 
 
 
904 aa  40.4  0.008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0601205  normal  0.585454 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0051  Fe-S cluster assembly protein NifU  43.4 
 
 
281 aa  40.4  0.008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2360  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.19 
 
 
507 aa  40.4  0.008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.337068  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0043  nitrogen fixation protein NifU  46.81 
 
 
330 aa  40.4  0.009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1624  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  31.48 
 
 
878 aa  40.4  0.009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.623001  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2800  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  37.5 
 
 
541 aa  40.4  0.009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000731834 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0178  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  35.85 
 
 
844 aa  40.4  0.009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>