More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2230 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2230  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  592  1e-168  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2287  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 310 aa  85.5  8e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000984991  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1137  transcriptional regulator, AraC family  30.07 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000101216  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  32.35 
 
 		 530 aa  68.6  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 519 aa  67  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4599  transcriptional regulator, AraC family  32.11 
 
 		 332 aa  66.2  0.0000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 300 aa  65.9  0.0000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  31.43 
 
 		 292 aa  65.9  0.0000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 291 aa  64.7  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2344  AraC family DNA-binding response regulator  29.79 
 
 		 507 aa  63.5  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.627636  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 502 aa  63.2  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  28.07 
 
 		 288 aa  63.2  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 300 aa  63.2  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 279 aa  63.2  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  33 
 
 		 279 aa  63.2  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2056  AraC family DNA-binding response regulator  29.79 
 
 		 507 aa  62.4  0.000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  28.87 
 
 		 316 aa  62.8  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 548 aa  62  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  28.83 
 
 		 259 aa  61.6  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 199 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3298  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 275 aa  60.5  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3086  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 275 aa  60.8  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000257264  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3030  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 275 aa  60.8  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0147  two component transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 		 525 aa  60.5  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3328  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 275 aa  60.8  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 1201 aa  60.1  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  29.5 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 312 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 312 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 312 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.68 
 
 		 289 aa  60.1  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 250 aa  59.7  0.00000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 359 aa  59.7  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3306  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 		 275 aa  59.7  0.00000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 248 aa  59.7  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  24.51 
 
 		 255 aa  59.7  0.00000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1138  AraC family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 276 aa  59.3  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.283837  normal  0.0213707 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 311 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 278 aa  59.3  0.00000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5242  helix-turn-helix domain-containing protein  31.96 
 
 		 302 aa  58.9  0.00000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  27.56 
 
 		 293 aa  58.9  0.00000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 245 aa  58.2  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1482  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 345 aa  58.5  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  26.26 
 
 		 286 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 409 aa  58.2  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2976  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 275 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00165868  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 409 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3653  helix-turn-helix domain-containing protein  29 
 
 		 240 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  28.32 
 
 		 409 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3428  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 265 aa  58.5  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  32.99 
 
 		 144 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 324 aa  58.2  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1506  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 240 aa  57.8  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2480  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 354 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 339 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0347  transcriptional regulator, AraC family  28.83 
 
 		 405 aa  58.2  0.0000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1375  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 305 aa  57.8  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0970899 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6703  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 329 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 277 aa  57.8  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 286 aa  57.8  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1711  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 307 aa  58.2  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  28.83 
 
 		 513 aa  58.2  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2546  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  27.52 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3619  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 340 aa  57  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.425647 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  21.55 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  30.77 
 
 		 350 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 330 aa  57.4  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 332 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 350 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 150 aa  57.4  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 332 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 332 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  31.73 
 
 		 345 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  25.95 
 
 		 293 aa  56.6  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3508  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 196 aa  57  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0210792  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 		 292 aa  57  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1039  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 320 aa  57  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00683379  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 686 aa  56.6  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 686 aa  56.6  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1055  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 320 aa  57  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.300458 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1984  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 275 aa  56.6  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 282 aa  56.6  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 440 aa  56.6  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 330 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0360  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 131 aa  56.6  0.0000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 517 aa  56.2  0.0000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1459  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  30.11 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000164097 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6978  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain-like protein  28.09 
 
 		 302 aa  56.2  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3211  two component AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 548 aa  56.2  0.0000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  29.59 
 
 		 289 aa  56.2  0.0000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1065  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 306 aa  56.2  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.261016  normal  0.339627 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1312  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7100  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 292 aa  55.8  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.723966  normal  0.268951 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>