More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1115 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_3183  seryl-tRNA synthetase  84.71 
 
 		 425 aa  775    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0888971  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1115  seryl-tRNA synthetase  100 
 
 		 425 aa  881    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0581  seryl-tRNA synthetase  72.71 
 
 		 429 aa  656    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.547336  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0811  seryl-tRNA synthetase  41.16 
 
 		 425 aa  353  4e-96  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.016999  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2507  seryl-tRNA synthetase  40.28 
 
 		 425 aa  345  6e-94  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.781035 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1433  seryl-tRNA synthetase  40.47 
 
 		 425 aa  333  3e-90  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.00416248  decreased coverage  0.0000798458 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0710  seryl-tRNA synthetase  40.42 
 
 		 425 aa  318  2e-85  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.102517  normal  0.538462 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0022  seryl-tRNA synthetase  38.17 
 
 		 422 aa  309  8e-83  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1511  seryl-tRNA synthetase  38.23 
 
 		 421 aa  305  8.000000000000001e-82  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0147208 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1518  seryl-tRNA synthetase  37.14 
 
 		 426 aa  304  2.0000000000000002e-81  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1195  seryl-tRNA synthetase  38.57 
 
 		 417 aa  302  1e-80  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.877064  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21060  seryl-tRNA synthetase  38.72 
 
 		 422 aa  298  1e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0979  seryl-tRNA synthetase  36.92 
 
 		 423 aa  295  7e-79  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0102  seryl-tRNA synthetase  36.82 
 
 		 424 aa  294  2e-78  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.133347  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0349  seryl-tRNA synthetase  37.67 
 
 		 442 aa  291  2e-77  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1086  seryl-tRNA synthetase  37.67 
 
 		 424 aa  291  2e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0372  seryl-tRNA synthetase  36.07 
 
 		 421 aa  290  3e-77  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1338  seryl-tRNA synthetase  38.55 
 
 		 427 aa  289  5.0000000000000004e-77  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311598 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1382  seryl-tRNA synthetase  39.67 
 
 		 425 aa  289  7e-77  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.346171  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1764  seryl-tRNA synthetase  37.21 
 
 		 451 aa  288  9e-77  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0253  seryl-tRNA synthetase  35.87 
 
 		 425 aa  288  1e-76  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0013  seryl-tRNA synthetase  37.88 
 
 		 422 aa  288  1e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2020  seryl-tRNA synthetase  37.01 
 
 		 428 aa  288  2e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  hitchhiker  0.00090554 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1952  seryl-tRNA synthetase  38.15 
 
 		 455 aa  286  4e-76  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0695  seryl-tRNA synthetase  36.09 
 
 		 435 aa  286  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0015  seryl-tRNA synthetase  38.06 
 
 		 424 aa  286  7e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00255283  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1776  seryl-tRNA synthetase  36.57 
 
 		 428 aa  285  7e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0781762  hitchhiker  0.00882047 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0408  seryl-tRNA synthetase  38.32 
 
 		 452 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1300  seryl-tRNA synthetase  36.98 
 
 		 427 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.341204  normal  0.68468 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2932  seryl-tRNA synthetase  35.46 
 
 		 427 aa  283  4.0000000000000003e-75  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.426668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0449  seryl-tRNA synthetase  34.27 
 
 		 428 aa  283  4.0000000000000003e-75  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0872  seryl-tRNA synthetase  38.46 
 
 		 420 aa  283  4.0000000000000003e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000202567  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01270  seryl-tRNA synthetase  35.81 
 
 		 421 aa  283  4.0000000000000003e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.380237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1006  seryl-tRNA synthetase  36.08 
 
 		 427 aa  282  7.000000000000001e-75  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.224003  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0965  seryl-tRNA synthetase  36.17 
 
 		 426 aa  282  9e-75  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000308686  hitchhiker  0.0000000659657 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3186  seryl-tRNA synthetase  35.22 
 
 		 427 aa  281  1e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2031  seryl-tRNA synthetase  35.98 
 
 		 423 aa  281  1e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.19968  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1404  seryl-tRNA synthetase  34.6 
 
 		 425 aa  281  2e-74  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0506465  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2594  seryl-tRNA synthetase  35.86 
 
 		 434 aa  281  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.365068  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0934  seryl-tRNA synthetase  36.83 
 
 		 437 aa  280  3e-74  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.160638  normal  0.296979 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1770  seryl-tRNA synthetase  36.17 
 
 		 423 aa  280  4e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0876  seryl-tRNA synthetase  37.38 
 
 		 469 aa  280  5e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.213441  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0367  seryl-tRNA synthetase  35.43 
 
 		 459 aa  279  5e-74  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0885  seryl-tRNA synthetase  37.15 
 
 		 427 aa  279  6e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0628  seryl-tRNA synthetase  36.99 
 
 		 435 aa  279  6e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0256221  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2115  seryl-tRNA synthetase  35.68 
 
 		 426 aa  279  8e-74  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0145556 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0013  seryl-tRNA synthetase  38.06 
 
 		 425 aa  278  1e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3175  seryl-tRNA synthetase  36.89 
 
 		 426 aa  277  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.499903  normal  0.106811 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1799  seryl-tRNA synthetase  34.48 
 
 		 428 aa  278  2e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0591455  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4339  seryl-tRNA synthetase  36.56 
 
 		 423 aa  278  2e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.619806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2229  seryl-tRNA synthetase  36.43 
 
 		 428 aa  277  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0252643  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03450  seryl-tRNA synthetase  36.21 
 
 		 427 aa  276  3e-73  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.375203 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1667  seryl-tRNA synthetase  37.7 
 
 		 463 aa  276  4e-73  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.146167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1129  seryl-tRNA synthetase  35.55 
 
 		 432 aa  276  5e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.645427 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4645  seryl-tRNA synthetase  35.75 
 
 		 424 aa  276  6e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000263094  normal  0.52654 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3252  seryl-tRNA synthetase  35.71 
 
 		 433 aa  276  7e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00693553  hitchhiker  0.00000188332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1833  seryl-tRNA synthetase  37.27 
 
 		 426 aa  275  9e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000844174 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3345  seryl-tRNA synthetase  36.66 
 
 		 426 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0468703  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2131  seryl-tRNA synthetase  35.5 
 
 		 428 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0131347  normal  0.0177706 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2224  seryl-tRNA synthetase  35.46 
 
 		 425 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4000  seryl-tRNA synthetase  37.27 
 
 		 426 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.279963  hitchhiker  0.00302148 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2551  seryl-tRNA synthetase  33.79 
 
 		 438 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3582  seryl-tRNA synthetase  37.1 
 
 		 426 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0780205  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1908  seryl-tRNA synthetase  35.39 
 
 		 438 aa  274  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.301857  hitchhiker  0.00000878717 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3435  seryl-tRNA synthetase  35.33 
 
 		 431 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.280613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2319  seryl-tRNA synthetase  35.63 
 
 		 428 aa  274  3e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000145216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4082  seryl-tRNA synthetase  35.51 
 
 		 433 aa  274  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.159254  normal  0.389584 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2195  seryl-tRNA synthetase  35.86 
 
 		 428 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000518192  normal  0.265088 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2211  seryl-tRNA synthetase  35.63 
 
 		 428 aa  274  3e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000908788  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1756  seryl-tRNA synthetase  37.08 
 
 		 414 aa  273  3e-72  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1828  seryl-tRNA synthetase  35.53 
 
 		 430 aa  273  5.000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1967  seryl-tRNA synthetase  36.09 
 
 		 428 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000578776  normal  0.974041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2009  seryl-tRNA synthetase  36.09 
 
 		 428 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000634653  hitchhiker  0.000399612 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2160  seryl-tRNA synthetase  35.63 
 
 		 428 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0336189  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2054  seryl-tRNA synthetase  36.09 
 
 		 428 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00569868  hitchhiker  0.000126187 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0851  seryl-tRNA synthetase  34.97 
 
 		 433 aa  272  6e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165217  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2310  seryl-tRNA synthetase  35.86 
 
 		 428 aa  272  7e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26270  seryl-tRNA synthetase  36.07 
 
 		 428 aa  272  7e-72  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3605  seryl-tRNA synthetase  37.27 
 
 		 426 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837669 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2342  seryl-tRNA synthetase  36.68 
 
 		 442 aa  272  9e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261311  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0011  seryl-tRNA synthetase  37.59 
 
 		 427 aa  271  1e-71  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0824317  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2307  seryl-tRNA synthetase  34.74 
 
 		 424 aa  272  1e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0533  seryl-tRNA synthetase  37.23 
 
 		 411 aa  272  1e-71  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2626  seryl-tRNA synthetase  34.5 
 
 		 433 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.18292  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2073  seryl-tRNA synthetase  38.7 
 
 		 456 aa  271  2e-71  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.400527  normal  0.190866 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2118  seryl-tRNA synthetase  34.5 
 
 		 433 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.510487  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3072  seryl-tRNA synthetase  34.5 
 
 		 433 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0946131  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1986  seryl-tRNA synthetase  34.5 
 
 		 433 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2986  seryl-tRNA synthetase  34.5 
 
 		 433 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.340897  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0794  seryl-tRNA synthetase  34.5 
 
 		 433 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2145  seryl-tRNA synthetase  33.33 
 
 		 438 aa  271  2e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119162  normal  0.699626 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3038  seryl-tRNA synthetase  34.5 
 
 		 433 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0839  seryl-tRNA synthetase  34.97 
 
 		 433 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0768  seryl-tRNA synthetase  34.64 
 
 		 428 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0579537  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1503  seryl-tRNA synthetase  36.3 
 
 		 424 aa  270  2.9999999999999997e-71  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000981154 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1342  seryl-tRNA synthetase  38.12 
 
 		 414 aa  270  2.9999999999999997e-71  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2740  seryl-tRNA synthetase  36.71 
 
 		 424 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2692  seryl-tRNA synthetase  34.73 
 
 		 432 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.730114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0850  seryl-tRNA synthetase  35.36 
 
 		 426 aa  270  4e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.154901  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1968  seryl-tRNA synthetase  36.64 
 
 		 426 aa  270  4e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.355575  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>