170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_R0027 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_R0027  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.661326  normal  0.191981 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0044  tRNA-Leu  98.8 
 
 		 85 bp  157  5.0000000000000005e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000717769  normal  0.735401 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0019  tRNA-Leu  97.59 
 
 		 85 bp  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000257157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0036  tRNA-Leu  97.59 
 
 		 85 bp  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0041  tRNA-Leu  97.59 
 
 		 85 bp  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238248  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0035  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 82 bp  147  5e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000299197  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t25  tRNA-Leu  96.39 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0054  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0029  tRNA-Leu  85.37 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0125936  normal  0.289894 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0064  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0017  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000127557  hitchhiker  0.00355692 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0036  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0022  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0600671  normal  0.0213265 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0065  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0016  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0115264  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t14  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0010  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000723961  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0021  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000206459  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0027  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0059  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.418703 
 
 
-
 
NC_002950  PGt51  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_003295  RS02877  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000533754  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03726  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0825956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0024  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0072  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0073  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0017  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0037  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.17135  normal  0.776036 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0026  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0064  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169248 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0024  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0037  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.583149  normal  0.146154 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0038  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360445  normal  0.147869 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0033  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0594182 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0034  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0585247 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0013  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0021  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0050  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572114 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0025  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0042  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.574656  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0048  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.547841 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0076  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737133  normal  0.92014 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0077  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.941886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0078  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.914588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0079  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.966299  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t43  tRNA-Leu  85.25 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0642422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA33  tRNA-Leu  85.25 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.962701 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0037  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21797  normal  0.0832006 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0029  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000561598  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0039  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.368891  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60230  tRNA-Leu  85.25 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4256  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0047  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000181775  normal  0.0158723 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0331  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000146268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0075  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000964905  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0015  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211944 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0036  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.977915  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0036  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.230012  normal  0.790911 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0082  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00186312  normal  0.0281447 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0086  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0027  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.130394  normal  0.143761 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0082  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367959  normal  0.245583 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0051  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000888669  normal  0.130057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0052  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000145228  normal  0.134982 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0053  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000187871  normal  0.436888 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0022  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0031  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0043  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.100426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0045  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0150342  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0025  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0680936  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0045  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0249109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0028  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0191582  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0029  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00220383  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0030  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00192839  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0043  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.002346  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0044  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00489579  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0045  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481349  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65210  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65220  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0041  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00498551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0042  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00146649  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0043  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00579317  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0043  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00336489  normal  0.0463602 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0097  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0752348  normal  0.27021 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0098  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0692613  normal  0.384897 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5665  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5666  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01236  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0044  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.143319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0041  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.603186  normal  0.0670034 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0042  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00515288  normal  0.0896861 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0043  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0955991  normal  0.0560674 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>