32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_2053 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_2053  regulatory protein LuxR  100 
 
 
410 aa  842    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00334599  normal  0.0797865 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1855  hypothetical protein  42.82 
 
 
409 aa  314  1.9999999999999998e-84  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2054  hypothetical protein  37.53 
 
 
407 aa  265  8.999999999999999e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.247121  normal  0.0331118 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2052  hypothetical protein  36.14 
 
 
403 aa  262  6.999999999999999e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000379131  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1857  hypothetical protein  32.68 
 
 
412 aa  244  3e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1854  hypothetical protein  35.12 
 
 
409 aa  244  3e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1856  hypothetical protein  34.9 
 
 
407 aa  243  3.9999999999999997e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0389  hypothetical protein  34.01 
 
 
404 aa  239  5.999999999999999e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000587209  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0353  hypothetical protein  34.09 
 
 
409 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000000783451  normal  0.36441 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2043  hypothetical protein  35.13 
 
 
356 aa  230  4e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.0000000980864  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1214  hypothetical protein  30.81 
 
 
411 aa  224  3e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.636618 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2055  hypothetical protein  29.85 
 
 
412 aa  212  7.999999999999999e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0322363 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0142  hypothetical protein  30.81 
 
 
421 aa  207  4e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0129237  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0585  hypothetical protein  28.4 
 
 
413 aa  199  6e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.227182  normal  0.394141 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0522  sigma-70, region 4 type 2  28.68 
 
 
408 aa  194  2e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0216  response regulator receiver domain-containing protein  28.82 
 
 
398 aa  181  2e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0122145  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0390  hypothetical protein  26.73 
 
 
400 aa  164  3e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000281987  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2398  hypothetical protein  41.83 
 
 
167 aa  120  3e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0846  response regulator receiver domain-containing protein  42.45 
 
 
155 aa  90.5  5e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.321118 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0683  hypothetical protein  43.62 
 
 
169 aa  83.2  0.000000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0430882  normal  0.218421 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5110  Two component regulator three Y domain protein  28.81 
 
 
966 aa  69.7  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.58811  normal  0.312264 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1046  transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 
947 aa  58.5  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2397  TPR repeat-containing protein  34.29 
 
 
571 aa  51.6  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4178  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  42.31 
 
 
976 aa  52.4  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3526  response regulator receiver protein  38.46 
 
 
921 aa  51.6  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1127  two component regulator propeller domain protein  22.45 
 
 
924 aa  50.1  0.00007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3632  Two component regulator three Y domain protein  29.02 
 
 
966 aa  50.1  0.00008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1559  two component regulator  26.7 
 
 
959 aa  49.7  0.00009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2430  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  25.47 
 
 
918 aa  44.7  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.36505  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6308  transcriptional regulator, LuxR family  29.79 
 
 
268 aa  43.5  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.220056  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1033  TPR repeat-containing protein  35.38 
 
 
545 aa  43.5  0.007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4457  transcriptional regulator, LuxR family  32.26 
 
 
966 aa  43.1  0.008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547155  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>