More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0169 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0169  50S ribosomal protein L20  100 
 
 
115 aa  231  4.0000000000000004e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00435705  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0164  50S ribosomal protein L20  90.35 
 
 
115 aa  210  5.999999999999999e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.202979  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0153  50S ribosomal protein L20  83.33 
 
 
115 aa  197  3.9999999999999996e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.285094  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2504  50S ribosomal protein L20  82.46 
 
 
115 aa  194  3e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0173  50S ribosomal protein L20  82.14 
 
 
115 aa  191  3e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.258486  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0120  50S ribosomal protein L20  75.44 
 
 
115 aa  184  3e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.485473  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1712  50S ribosomal protein L20  77.88 
 
 
115 aa  181  3e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0580662  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00830  50S ribosomal protein L20  63.64 
 
 
114 aa  149  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.892905  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0562  50S ribosomal protein L20  59.46 
 
 
114 aa  139  1.9999999999999998e-32  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0199954 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1909  ribosomal protein L20  56.25 
 
 
114 aa  138  3e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0620  ribosomal protein L20  66.96 
 
 
115 aa  137  3e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0427  ribosomal protein L20  59.29 
 
 
117 aa  137  3e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000768971  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0939  50S ribosomal protein L20  60 
 
 
117 aa  137  6e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000748381  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2216  ribosomal protein L20  59.09 
 
 
114 aa  135  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.916767  normal  0.063756 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02082  50S ribosomal protein L20  59.29 
 
 
117 aa  134  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003713  LSU ribosomal protein L20p  59.29 
 
 
117 aa  134  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000104464  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0995  ribosomal protein L20  59.46 
 
 
114 aa  135  3.0000000000000003e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1453  ribosomal protein L20  58.72 
 
 
119 aa  134  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.111816  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1412  50S ribosomal protein L20  58.41 
 
 
119 aa  134  6.0000000000000005e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00164339  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1381  ribosomal protein L20  56.64 
 
 
120 aa  134  6.0000000000000005e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000161333  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1475  50S ribosomal protein L20  58.41 
 
 
119 aa  134  6.0000000000000005e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000544649  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2496  50S ribosomal protein L20  58.26 
 
 
118 aa  134  6.0000000000000005e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00192283  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0989  50S ribosomal protein L20  60 
 
 
115 aa  132  1.9999999999999998e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2123  50S ribosomal protein L20  58.41 
 
 
119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000359041  normal  0.016896 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2029  50S ribosomal protein L20  58.41 
 
 
119 aa  131  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000108915  hitchhiker  0.0000236508 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1736  50S ribosomal protein L20  57.52 
 
 
118 aa  132  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000116439  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1770  50S ribosomal protein L20  57.52 
 
 
118 aa  132  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000104745  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1979  50S ribosomal protein L20  59.29 
 
 
118 aa  130  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0347964  normal  0.0774628 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1242  50S ribosomal protein L20  56.64 
 
 
118 aa  131  3.9999999999999996e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000191981  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2468  50S ribosomal protein L20  59.29 
 
 
118 aa  130  6e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164678  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0696  50S ribosomal protein L20  55.65 
 
 
115 aa  130  6e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129228  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3222  50S ribosomal protein L20  59.29 
 
 
118 aa  130  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.888026 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3478  50S ribosomal protein L20  59.29 
 
 
118 aa  130  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800064  hitchhiker  0.00881726 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1970  50S ribosomal protein L20  59.29 
 
 
118 aa  130  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0648376  hitchhiker  0.00701004 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1757  50S ribosomal protein L20  61.32 
 
 
117 aa  130  6e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0134124  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2015  50S ribosomal protein L20  58.41 
 
 
118 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000132248  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2327  50S ribosomal protein L20  58.41 
 
 
118 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000174207  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2302  50S ribosomal protein L20  58.41 
 
 
118 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2187  50S ribosomal protein L20  58.41 
 
 
118 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144083  normal  0.0378081 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1708  50S ribosomal protein L20  58.41 
 
 
118 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0547661  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2151  50S ribosomal protein L20  58.41 
 
 
118 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000337835  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1958  50S ribosomal protein L20  58.41 
 
 
118 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000262165  normal  0.497021 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2018  50S ribosomal protein L20  58.41 
 
 
118 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000148558  normal  0.0497188 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2219  50S ribosomal protein L20  58.41 
 
 
118 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000521277  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2046  50S ribosomal protein L20  58.41 
 
 
118 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000387614  hitchhiker  0.00333012 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1608  50S ribosomal protein L20  53.1 
 
 
121 aa  130  9e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.248279  normal  0.0149786 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0915  ribosomal protein L20  57.52 
 
 
119 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1664  50S ribosomal protein L20  57.52 
 
 
118 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2488  50S ribosomal protein L20  57.52 
 
 
119 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000082554  hitchhiker  0.0000796215 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0027  50S ribosomal protein L20  57.27 
 
 
114 aa  129  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1628  50S ribosomal protein L20  52.21 
 
 
121 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0736554  hitchhiker  0.00508977 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2381  ribosomal protein L20  58.41 
 
 
118 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153219  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2165  50S ribosomal protein L20  58.41 
 
 
118 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000386102  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1934  50S ribosomal protein L20  58.41 
 
 
118 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000268188  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2397  50S ribosomal protein L20  57.14 
 
 
119 aa  128  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.703088  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2507  50S ribosomal protein L20  57.52 
 
 
118 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2260  50S ribosomal protein L20  57.52 
 
 
119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000555159  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2025  50S ribosomal protein L20  57.52 
 
 
119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.240457  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5320  50S ribosomal protein L20  53.1 
 
 
125 aa  128  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0625876 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28680  50S ribosomal protein L20  57.52 
 
 
118 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000531022 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1768  50S ribosomal protein L20  58.41 
 
 
119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000021709  normal  0.0190948 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1451  50S ribosomal protein L20  56.25 
 
 
119 aa  128  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2216  ribosomal protein L20  55.75 
 
 
118 aa  128  3e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000311515  normal  0.131567 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1802  50S ribosomal protein L20  56.64 
 
 
117 aa  127  4.0000000000000003e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0021941  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20450  50S ribosomal protein L20  56.64 
 
 
118 aa  127  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.834025  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3092  50S ribosomal protein L20  56.25 
 
 
119 aa  127  5.0000000000000004e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.493016  normal  0.0864607 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4613  50S ribosomal protein L20  58.18 
 
 
119 aa  127  6e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.167314  hitchhiker  0.00727098 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1872  50S ribosomal protein L20  55.96 
 
 
117 aa  127  6e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000476313  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1615  50S ribosomal protein L20  57.52 
 
 
118 aa  127  7.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000423443  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2767  50S ribosomal protein L20  59.43 
 
 
119 aa  126  9.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2640  50S ribosomal protein L20  59.43 
 
 
119 aa  126  9.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1421  50S ribosomal protein L20  55.75 
 
 
118 aa  126  9.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000852478  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1873  50S ribosomal protein L20  56.25 
 
 
119 aa  125  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.855478  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1224  ribosomal protein L20  55.45 
 
 
114 aa  126  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00301137  hitchhiker  0.00307166 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2594  ribosomal protein L20  54.87 
 
 
118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649926  hitchhiker  0.00570674 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0556  50S ribosomal protein L20  53.1 
 
 
118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000506915  hitchhiker  1.2511e-24 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4704  50S ribosomal protein L20  53.1 
 
 
118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000111354  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4469  50S ribosomal protein L20  53.1 
 
 
118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000222511  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4304  50S ribosomal protein L20  53.1 
 
 
118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.71931e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4315  50S ribosomal protein L20  53.1 
 
 
118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000569694  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4697  50S ribosomal protein L20  53.1 
 
 
118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000443116  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1143  50S ribosomal protein L20  53.1 
 
 
119 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000341848  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4817  50S ribosomal protein L20  53.1 
 
 
118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000468944  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2856  50S ribosomal protein L20  54.46 
 
 
120 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.366682  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4688  50S ribosomal protein L20  53.1 
 
 
118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.35886e-62 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1339  50S ribosomal protein L20  57.27 
 
 
119 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4681  50S ribosomal protein L20  53.1 
 
 
118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000654651  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5553  50S ribosomal protein L20  51.33 
 
 
125 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.129523  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4404  50S ribosomal protein L20  54.13 
 
 
118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000358516  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1645  50S ribosomal protein L20  54.05 
 
 
115 aa  124  4.0000000000000003e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0194936  normal  0.0586413 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1092  50S ribosomal protein L20  53.98 
 
 
118 aa  124  4.0000000000000003e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000110509  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1414  50S ribosomal protein L20  53.1 
 
 
117 aa  124  5e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000403686  normal  0.489901 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0430  ribosomal protein L20  49.57 
 
 
119 aa  124  5e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1580  50S ribosomal protein L20  54.87 
 
 
119 aa  124  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0800  50S ribosomal protein L20  53.1 
 
 
119 aa  124  5e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0206  50S ribosomal protein L20  47.79 
 
 
134 aa  123  9e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1580  50S ribosomal protein L20  53.64 
 
 
118 aa  123  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3259  50S ribosomal protein L20  53.1 
 
 
118 aa  122  1e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000143022  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3754  ribosomal protein L20  50 
 
 
114 aa  122  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00129982 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1748  50S ribosomal protein L20  54.55 
 
 
118 aa  122  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0111676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>