146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1328 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_1328  putative signal transducer  100 
 
 
427 aa  857    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0515  hypothetical protein  36.73 
 
 
580 aa  280  4e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.10461  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1645  AmpG protein  36.13 
 
 
433 aa  263  6e-69  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1618  major facilitator transporter  36.36 
 
 
433 aa  261  1e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2008  putative transmembrane permease  36.71 
 
 
423 aa  258  1e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0141901  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0963  major facilitator transporter  37.62 
 
 
428 aa  257  3e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.565393 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2121  major facilitator transporter  34.77 
 
 
423 aa  244  3e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0071  major facilitator transporter  36.14 
 
 
421 aa  241  2e-62  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.155501  hitchhiker  0.000000000000465333 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1629  major facilitator superfamily MFS_1  27.53 
 
 
412 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00218526  hitchhiker  0.00000020409 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1961  AmpG permease protein, putative  27.53 
 
 
412 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2561  major facilitator transporter  25.42 
 
 
517 aa  84.7  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.249955  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4017  major facilitator transporter  22.92 
 
 
412 aa  84.7  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.165032 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1388  major facilitator superfamily MFS_1  25.95 
 
 
517 aa  84.3  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.344668  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1287  major facilitator superfamily MFS_1  25.71 
 
 
517 aa  83.6  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0154  muropeptide transporter  24.79 
 
 
426 aa  82.8  0.000000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.679367  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0047  muropeptide transporter  24.1 
 
 
429 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0044  muropeptide transporter  23.82 
 
 
429 aa  80.1  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1218  major facilitator superfamily MFS_1  25.53 
 
 
425 aa  79.7  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.8639  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1901  AmpG  23.58 
 
 
433 aa  79.3  0.0000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.165833  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0289  AmpG protein  23.58 
 
 
433 aa  78.6  0.0000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1299  major facilitator transporter  27.04 
 
 
447 aa  76.3  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.333624  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0320  ampG protein, putative  25.68 
 
 
409 aa  75.1  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0191  muropeptide transporter  23.82 
 
 
419 aa  74.3  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10028  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3834  major facilitator transporter  22.57 
 
 
417 aa  73.6  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0470  major facilitator superfamily protein  23.06 
 
 
428 aa  71.6  0.00000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.807635  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3442  major facilitator transporter  22.01 
 
 
478 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.141995  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0600  AmpG protein  22.56 
 
 
428 aa  70.5  0.00000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.674312  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3600  major facilitator transporter  22.74 
 
 
471 aa  70.1  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3723  major facilitator transporter  22.74 
 
 
471 aa  70.1  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3380  RhtX/FptX family siderophore transporter  23.28 
 
 
271 aa  68.6  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3691  major facilitator transporter  21.45 
 
 
454 aa  68.9  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.639879  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3983  major facilitator superfamily MFS_1  23.64 
 
 
416 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.819094 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0377  major facilitator transporter  24.27 
 
 
506 aa  68.2  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0179804  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3644  major facilitator transporter  21.7 
 
 
472 aa  67  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0893526 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0146  muropeptide transporter  22.8 
 
 
426 aa  65.1  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.802826 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3268  muropeptide transporter  22.04 
 
 
495 aa  65.5  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.482744  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0711  major facilitator transporter  20.09 
 
 
471 aa  64.7  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3531  major facilitator superfamily MFS_1  20.09 
 
 
471 aa  64.7  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000125194 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0900  muropeptide transporter  22.91 
 
 
491 aa  64.3  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00841123  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0819  major facilitator transporter  19.86 
 
 
471 aa  64.3  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1044  muropeptide transporter  21.76 
 
 
495 aa  63.2  0.000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0385615  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4038  major facilitator transporter  23.7 
 
 
482 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.549121  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0139  beta-lactamase induction signal transducer protein  23.31 
 
 
509 aa  62.4  0.00000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.143308  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3063  major facilitator transporter  20.48 
 
 
452 aa  62  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.797307  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0122  major facilitator transporter  22.46 
 
 
509 aa  62  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00126713  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00384  muropeptide transporter  22.83 
 
 
491 aa  61.6  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000202049  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3814  ampG protein, putative  20.79 
 
 
461 aa  61.6  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00388  hypothetical protein  22.83 
 
 
491 aa  61.6  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000464324  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3176  AmpG-related permease  22.83 
 
 
491 aa  60.8  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000022392  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0486  muropeptide transporter  23.2 
 
 
491 aa  60.8  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00924697  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0253  putative transport transmembrane protein  22.02 
 
 
462 aa  61.2  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0517  muropeptide transporter  22.83 
 
 
491 aa  60.8  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000689062  normal  0.616646 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0503  muropeptide transporter  23.2 
 
 
491 aa  61.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000985164  normal  0.643991 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0355  muropeptide transporter  22.83 
 
 
491 aa  61.2  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000149162  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0547  muropeptide transporter  23.2 
 
 
491 aa  61.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0508  muropeptide transporter  22.83 
 
 
491 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000051766  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0484  muropeptide transporter  23.2 
 
 
493 aa  61.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000603755  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0468  muropeptide transporter  22.83 
 
 
491 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000134905  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4408  major facilitator superfamily MFS_1  23.46 
 
 
482 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3200  muropeptide transporter  22.83 
 
 
491 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00206592  hitchhiker  0.000120766 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0492  muropeptide transporter  23.2 
 
 
493 aa  61.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00144184  decreased coverage  0.00023941 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0474  muropeptide transporter  22.83 
 
 
491 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000168996  normal  0.779827 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0771  major facilitator transporter  22.04 
 
 
465 aa  60.5  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00332718  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3032  major facilitator superfamily MFS_1  22.82 
 
 
411 aa  60.5  0.00000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.998579  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2584  major facilitator superfamily transporter  22.22 
 
 
439 aa  60.1  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.11871  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4520  major facilitator superfamily MFS_1  24.17 
 
 
504 aa  60.1  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.623775  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3244  AmpG-related permease  20.67 
 
 
437 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2905  AmpG-related permease  20.67 
 
 
437 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2184  AmpG-related permease  20.67 
 
 
437 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.452697  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3443  AmpG-related permease  20.67 
 
 
437 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4990  major facilitator superfamily MFS_1  23.74 
 
 
424 aa  59.7  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0375  major facilitator superfamily muropeptide transporter  20.67 
 
 
437 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0770  major facilitator transporter  20.8 
 
 
455 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.742854 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3155  major facilitator transporter  20.89 
 
 
465 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0180  major facilitator transporter  20.67 
 
 
437 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.277448  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0190  major facilitator transporter  20.67 
 
 
437 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3239  muropeptide transporter  25.85 
 
 
492 aa  59.3  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.83474  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2483  major facilitator transporter  23.08 
 
 
411 aa  58.5  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0812  major facilitator transporter  19.63 
 
 
463 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0783  major facilitator transporter  20.79 
 
 
463 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191663  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2892  major facilitator transporter  21.16 
 
 
472 aa  58.9  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0730175  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3113  major facilitator transporter  20.79 
 
 
476 aa  58.9  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2556  AmpG protein, putative  21.19 
 
 
466 aa  58.2  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  25.89 
 
 
1565 aa  58.2  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  25.89 
 
 
1565 aa  58.2  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3096  muropeptide transporter  25.85 
 
 
492 aa  58.2  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0966625  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3058  muropeptide transporter  25.85 
 
 
492 aa  58.2  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000335083  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0706  putative ampG protein  22.91 
 
 
426 aa  57.8  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6452  major facilitator transporter  19.09 
 
 
473 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.554159  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7099  major facilitator superfamily MFS_1  24.82 
 
 
447 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.835982  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0623  major facilitator superfamily MFS_1  20.58 
 
 
459 aa  57  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.89214  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2276  major facilitator superfamily MFS_1  22.89 
 
 
416 aa  56.6  0.0000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0083  major facilitator transporter  20.28 
 
 
457 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0365182 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3156  major facilitator transporter  18.87 
 
 
473 aa  54.7  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3039  major facilitator transporter  19.09 
 
 
473 aa  54.7  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1309  major facilitator transporter  24.74 
 
 
475 aa  54.3  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.327307  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7340  major facilitator superfamily permease  21.79 
 
 
460 aa  54.3  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3098  major facilitator transporter  18.95 
 
 
473 aa  54.7  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6531  major facilitator transporter  23.36 
 
 
443 aa  53.9  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.118713  normal  0.219837 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2009  major facilitator transporter  22.62 
 
 
415 aa  53.5  0.000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.872827  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>