More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2370 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_2370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  500  1e-141  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.7 
 
 
266 aa  314  7e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
258 aa  214  9.999999999999999e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1861  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.85 
 
 
252 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7637  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
251 aa  175  6e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.897824 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
231 aa  137  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
231 aa  137  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
233 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
233 aa  132  5e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
252 aa  128  8.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.12 
 
 
230 aa  127  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.35089 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
233 aa  126  3e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
232 aa  123  3e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
251 aa  123  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0924  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.16 
 
 
232 aa  122  4e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
254 aa  122  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.495407 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  31.87 
 
 
247 aa  122  7e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1309  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.6 
 
 
236 aa  121  9e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.142802 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
247 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
252 aa  119  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
264 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
249 aa  116  3e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
233 aa  116  3e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
249 aa  115  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
252 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
257 aa  115  8.999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  29.96 
 
 
239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  29.41 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  29.02 
 
 
257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  31.35 
 
 
239 aa  113  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  33.2 
 
 
246 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.4 
 
 
253 aa  112  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.49 
 
 
317 aa  112  7.000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.23 
 
 
257 aa  111  9e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
230 aa  111  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224966  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.865881  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.72 
 
 
248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.37 
 
 
243 aa  109  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.98 
 
 
256 aa  109  4.0000000000000004e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
252 aa  109  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.5 
 
 
243 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.5 
 
 
239 aa  109  5e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
232 aa  109  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.798057  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
254 aa  109  5e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10492  short-chain type oxidoreductase  35.34 
 
 
251 aa  108  5e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.591118  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
246 aa  108  6e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  33.33 
 
 
252 aa  108  7.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.55 
 
 
243 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
261 aa  108  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268545  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.08 
 
 
248 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0091  putative serine dehydrogenase  28.17 
 
 
252 aa  108  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
254 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
253 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1991  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
242 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
245 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
253 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0977  NADP-dependent l-serine/l-allo-threonine dehydrogenase ydfg  30.04 
 
 
248 aa  107  2e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.616956  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.71 
 
 
239 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 
246 aa  106  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.44 
 
 
239 aa  106  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0676  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.11 
 
 
253 aa  106  4e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.153885 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2119  3-hydroxy acid dehydrogenase  31.33 
 
 
248 aa  106  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000142813  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
244 aa  106  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1629  3-hydroxy acid dehydrogenase  31.33 
 
 
248 aa  106  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.5514199999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
244 aa  106  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1939  3-hydroxy acid dehydrogenase  30.36 
 
 
248 aa  105  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
257 aa  105  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.197802 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.04 
 
 
239 aa  105  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
256 aa  105  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292404 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
246 aa  105  7e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2130  3-hydroxy acid dehydrogenase  30.65 
 
 
249 aa  104  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.76 
 
 
243 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.138701 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
244 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0663055  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2155  3-hydroxy acid dehydrogenase  30.92 
 
 
248 aa  104  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000180953  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
251 aa  104  1e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0363598  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
244 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.932372  normal  0.125579 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01498  L-allo-threonine dehydrogenase, NAD(P)-binding  30.92 
 
 
248 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000675994  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 
248 aa  103  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000149507  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2050  3-hydroxy acid dehydrogenase  30.24 
 
 
249 aa  104  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1682  3-hydroxy acid dehydrogenase  31.33 
 
 
248 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97667  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01509  hypothetical protein  30.92 
 
 
248 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000865743  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1614  3-hydroxy acid dehydrogenase  31.33 
 
 
248 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1623  3-hydroxy acid dehydrogenase  31.33 
 
 
248 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1826  3-hydroxy acid dehydrogenase  31.33 
 
 
248 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0315451  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1748  3-hydroxy acid dehydrogenase  30.92 
 
 
248 aa  103  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124318  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1626  3-hydroxy acid dehydrogenase  30.92 
 
 
248 aa  103  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000177661  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.24 
 
 
261 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>