More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0446 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_0446  50S ribosomal protein L1  100 
 
 		 233 aa  472  1e-132  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0241504  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1459  50S ribosomal protein L1  87.98 
 
 		 233 aa  417  1e-116  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000386293  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0525  50S ribosomal protein L1  87.98 
 
 		 233 aa  417  1e-116  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.546526  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0506  50S ribosomal protein L1  87.98 
 
 		 233 aa  417  1e-116  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.0000000000000573906  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1666  50S ribosomal protein L1  80.69 
 
 		 233 aa  392  1e-108  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0783627  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0178  50S ribosomal protein L1  86.27 
 
 		 233 aa  385  1e-106  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0966549  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0350  ribosomal protein L1  78.21 
 
 		 234 aa  382  1e-105  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0695995  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0171  50S ribosomal protein L1  85.41 
 
 		 233 aa  376  1e-103  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0655529  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1319  50S ribosomal protein L1  82.48 
 
 		 234 aa  367  1e-101  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000101939  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0350  50S ribosomal protein L1  68.12 
 
 		 230 aa  331  7.000000000000001e-90  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0156912  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2564  50S ribosomal protein L1  59.39 
 
 		 232 aa  279  3e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0511824 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1822  50S ribosomal protein L1  58.52 
 
 		 232 aa  278  6e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.122687  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0616  50S ribosomal protein L1  58.52 
 
 		 234 aa  276  2e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000217065 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2957  50S ribosomal protein L1  58.67 
 
 		 231 aa  276  2e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0502013 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2471  50S ribosomal protein L1  59.11 
 
 		 231 aa  273  1.0000000000000001e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  hitchhiker  0.00777473 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2866  50S ribosomal protein L1  57.64 
 
 		 234 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2545  50S ribosomal protein L1  64.04 
 
 		 232 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2726  ribosomal protein L1  56.33 
 
 		 233 aa  272  4.0000000000000004e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181132  normal  0.31349 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1058  50S ribosomal protein L1  57.96 
 
 		 233 aa  271  5.000000000000001e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.30711  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1441  50S ribosomal protein L1  57.64 
 
 		 232 aa  271  6e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0252476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0388  ribosomal protein L1  55.95 
 
 		 241 aa  271  7e-72  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2278  50S ribosomal protein L1  57.73 
 
 		 229 aa  270  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.360769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3200  50S ribosomal protein L1  57.27 
 
 		 229 aa  270  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0212  50S ribosomal protein L1  55.65 
 
 		 231 aa  270  1e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0231088  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3691  50S ribosomal protein L1  58.18 
 
 		 229 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1336  50S ribosomal protein L1  57.21 
 
 		 233 aa  268  5e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.167533  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1805  50S ribosomal protein L1P  56.39 
 
 		 232 aa  268  5.9999999999999995e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.163663 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0744  50S ribosomal protein L1  58.67 
 
 		 233 aa  268  8e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00583178 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1820  50S ribosomal protein L1  56.33 
 
 		 231 aa  268  8e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0975  50S ribosomal protein L1  56.44 
 
 		 232 aa  267  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0199586 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1702  50S ribosomal protein L1  62.56 
 
 		 232 aa  266  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.311882  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0336  50S ribosomal protein L1  62.56 
 
 		 232 aa  266  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28407  normal  0.840151 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0350  50S ribosomal protein L1  62.56 
 
 		 232 aa  266  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.81183  normal  0.731209 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0357  50S ribosomal protein L1  56.33 
 
 		 230 aa  266  2e-70  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000538139 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0275  50S ribosomal protein L1  56.09 
 
 		 232 aa  266  2.9999999999999995e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000501108  hitchhiker  0.000549627 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01060  ribosomal protein L1  54.55 
 
 		 235 aa  265  4e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.745230000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1589  50S ribosomal protein L1  59.53 
 
 		 234 aa  264  8.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0923  50S ribosomal protein L1  56 
 
 		 233 aa  263  2e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2723  ribosomal protein L1  55.95 
 
 		 233 aa  263  2e-69  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.302793  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0564  50S ribosomal protein L1  54.63 
 
 		 232 aa  262  3e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0670  50S ribosomal protein L1  56.77 
 
 		 233 aa  262  3e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.759589  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3338  50S ribosomal protein L1  56 
 
 		 233 aa  262  4e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000142685 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0354  50S ribosomal protein L1  55.11 
 
 		 229 aa  262  4e-69  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000103528  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2362  50S ribosomal protein L1  58.6 
 
 		 234 aa  261  4.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.193513  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2274  50S ribosomal protein L1  58.6 
 
 		 234 aa  261  4.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0316  50S ribosomal protein L1  55.11 
 
 		 229 aa  261  6.999999999999999e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000103871  hitchhiker  0.000950319 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2851  50S ribosomal protein L1  54.15 
 
 		 232 aa  260  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441128  normal  0.418553 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1321  50S ribosomal protein L1  56.56 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.18039 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1419  50S ribosomal protein L1  56.82 
 
 		 233 aa  259  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.560035  normal  0.451837 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00693  ribosomal protein L1  55.56 
 
 		 282 aa  258  4e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000527661  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0265  50S ribosomal protein L1  53.28 
 
 		 232 aa  258  4e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.516489  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0256  50S ribosomal protein L1  53.28 
 
 		 232 aa  258  4e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0257763  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3436  50S ribosomal protein L1  53.71 
 
 		 232 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3471  50S ribosomal protein L1  53.78 
 
 		 230 aa  258  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.409515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3865  50S ribosomal protein L1  55.9 
 
 		 231 aa  258  6e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.100026 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1928  ribosomal protein L1  57.39 
 
 		 232 aa  258  6e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0450124  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0595  50S ribosomal protein L1  54.15 
 
 		 233 aa  257  9e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00100936  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1344  50S ribosomal protein L1  57.33 
 
 		 231 aa  257  1e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0377064  normal  0.0460128 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2657  50S ribosomal protein L1P  53.81 
 
 		 235 aa  257  1e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.106941  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2224  50S ribosomal protein L1  56.74 
 
 		 234 aa  257  1e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.009605 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0691  50S ribosomal protein L1  58.69 
 
 		 233 aa  257  1e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.4447699999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0834  50S ribosomal protein L1  56.09 
 
 		 233 aa  256  2e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0303  50S ribosomal protein L1  52.84 
 
 		 232 aa  256  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2770  50S ribosomal protein L1  53.28 
 
 		 232 aa  256  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0316  50S ribosomal protein L1  53.28 
 
 		 232 aa  256  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00176824  normal  0.225661 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0337  50S ribosomal protein L1  53.28 
 
 		 232 aa  256  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29393  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1530  50S ribosomal protein L1  57.47 
 
 		 230 aa  256  3e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000127232  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3819  50S ribosomal protein L1  52.84 
 
 		 232 aa  255  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3037  50S ribosomal protein L1  54.59 
 
 		 231 aa  255  4e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0489009 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2644  50S ribosomal protein L1  52.84 
 
 		 232 aa  255  4e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0687921  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3789  50S ribosomal protein L1  52.84 
 
 		 232 aa  255  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.042669  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3757  50S ribosomal protein L1  52.84 
 
 		 232 aa  255  4e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0092623  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3181  50S ribosomal protein L1  52.84 
 
 		 232 aa  255  4e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000145836  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3466  50S ribosomal protein L1  52.84 
 
 		 232 aa  255  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0147067  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3079  50S ribosomal protein L1  52.84 
 
 		 232 aa  255  4e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1911  50S ribosomal protein L1  52.84 
 
 		 232 aa  255  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299291  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0577  ribosomal protein L1  51.71 
 
 		 236 aa  255  4e-67  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0677262  hitchhiker  0.00322479 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3655  50S ribosomal protein L1  53.33 
 
 		 232 aa  255  4e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0381514  hitchhiker  0.000000879291 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0261  50S ribosomal protein L1  54.91 
 
 		 232 aa  254  7e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0238  50S ribosomal protein L1  52.4 
 
 		 232 aa  254  7e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.629603  normal  0.0137855 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0230  50S ribosomal protein L1  56 
 
 		 232 aa  253  1.0000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.365606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1373  50S ribosomal protein L1  51.71 
 
 		 242 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00191675  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3870  ribosomal protein L1  53.28 
 
 		 237 aa  253  2.0000000000000002e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2283  50S ribosomal protein L1  52.84 
 
 		 229 aa  253  2.0000000000000002e-66  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00159003  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2970  50S ribosomal protein L1  54.15 
 
 		 231 aa  252  3e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0182  LSU ribosomal protein L1P  53.33 
 
 		 233 aa  253  3e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000240107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3317  50S ribosomal protein L1  54.15 
 
 		 231 aa  252  3e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3361  50S ribosomal protein L1  57.78 
 
 		 232 aa  252  3e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.235181  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4354  ribosomal protein L1  52.91 
 
 		 236 aa  251  7e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0480  50S ribosomal protein L1  53.25 
 
 		 233 aa  251  9.000000000000001e-66  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.841279  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0193  50S ribosomal protein L1  54.22 
 
 		 229 aa  250  1e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000225522  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0148  ribosomal protein L1  53.71 
 
 		 233 aa  249  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000518131  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0868  ribosomal protein L1  51.09 
 
 		 231 aa  249  2e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0309  50S ribosomal protein L1  54.26 
 
 		 253 aa  249  2e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000338213  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1896  50S ribosomal protein L1  55.22 
 
 		 235 aa  249  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0132214  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0465  50S ribosomal protein L1  53.25 
 
 		 233 aa  249  3e-65  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00222885  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00228  50S ribosomal protein L1  51.53 
 
 		 233 aa  249  3e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002170  LSU ribosomal protein L1p (L10Ae)  51.53 
 
 		 233 aa  249  3e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000179792  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1173  ribosomal protein L1  52.44 
 
 		 235 aa  248  4e-65  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000649528  unclonable  0.0000000262625 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0170  50S ribosomal protein L1  52.4 
 
 		 229 aa  248  5e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000255215  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>